樞密院，秩從一品，掌天下兵甲機密之務。凡宮禁宿衛，邊庭軍翼，征討戍守，簡閱差遣，舉功轉官，節制調度，無不由之。世祖中統四年，置樞密副使二員，僉書樞密事一員。至元七年，置同知樞密院事一員，院判一員。二十八年，始置知院一員，增院判一員，又以中書平章商量院事。大德十年，增置知院二員，同知五員，副樞五員，僉院五員，同僉三員，院判二員。至大三年，知院七員，同知二員，副樞二員，僉院一員，同僉一員，院判二員，革去議事平章。延祐四年，以分鎮北邊，增知院一員。五年，增同知一員。後定置知院六員，從一品；同知四員，正二品；副樞二員，從二品；僉院二員，正三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；參議二員，正五品；經歷二員，從五品；都事四員，正七品；承發兼照磨二員，正八品；架閣庫管勾一員，正九品；同管勾一員，從九品；掾史二十四人，譯史一十四人，通事三人，司印二人，宣使一十九人，銓寫二人，蒙古書寫二人，典吏一十七人，院醫二人。
斷事官，秩正三品，掌處決軍府之獄訟。至元元年，始置斷事官二員。八年，增二員。十九年，又增一員。二十年，又增二員。大德十一年，又增四員。皇慶元年，省二員。後定置斷事官八員，正三品；經歷一員，從七品；令史六人，譯史一人，通事、知印、奏差、典吏各一人。
西川行樞密院，中統四年始置，設官二員，管四川軍民課稅交鈔、打捕鷹房人匠，及各投下應管公事，節制官吏諸色人等，並軍官遷授征進等事。始置於成都。至元十年，又於重慶別置東川行樞密院，設官一員。十三年，併為一院，尋復分東川行院。十六年，罷兩川行院。二十八年，復立四川行院於成都。
江南行樞密院。至元十年，罷河南省統軍司、漢軍都元帥、山東行院，置荊湖等路行院，設官三員；淮西行院，設官二員。掌調度軍馬之事。十二年，罷行院。十九年，詔於楊州、岳州俱立行院，各設官五員。二十一年，立沿江行院。二十二年，立江西行院，馬軍戍江州，步軍戍撫州。二十八年，徙岳州行院於鄂州，徙江淮行院於建康，其後行院悉併歸行省。
嶺北行樞密院，天曆二年置。知院一員，同知二員，副樞一員，僉院二員，同僉一員，院判二員，經歷一員，都事二員，蒙古必闍赤四人，掾史二人，怯里馬赤一人，知印一人，宣使四人。掌邊庭軍務，凡大小事宜，悉從裁決。
右衛，秩正三品。中統三年，初置武衛。至元元年，改為侍衛。八年，改為左、右、中三衛，掌宿衛扈從，兼屯田。國有大事，則調度之。二十年，增都指揮使一員、副都指揮使一員。二十一年，置僉事二員。大德十一年，增都指揮使二員、副都指揮使一員。至大元年，增都指揮使三員、副都指揮使一員。四年，省都指揮使五員、副都指揮使二員。後定置都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人。又其屬十有五：
左衛，秩正三品。至元八年，以侍衛改置。掌宿衛扈從，兼屯田。國有大事，則調度之。是年，增副指揮使一員。十六年，增副都指揮使一員。二十年，置僉事一員。二十二年，增僉事一員。二十四年，省都指揮使、副都指揮使一員。大德十一年，增都指揮使五員、副都指揮使二員、僉事二員。至大四年，省都指揮使六員、副都指揮使二員。其後定制，衛官：都指揮使二員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人。其屬十有五：
中衛，秩正三品。至元八年，以侍衛改置。掌宿衛扈從，兼營屯田。國有大事，則調度之。是年，置都指揮使一員、副都指揮使一員。二十年，增副都指揮使一員。二十一年，置僉事二員。二十三年，增都指揮使一員。大德十一年，增都指揮使二員、副使三員。至大元年，增都指揮使一員。四年，省都指揮使三員、副都指揮使三員。其後定置都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，承發架閣照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人。其屬十有五：
前衛，秩正三品。至元十六年，以侍衛親軍創置前、後二衛。掌宿衛扈從，兼營屯田。國有大事，則調度之。是年，置都指揮使一員、副都指揮使二員。十八年，增都指揮使二員。二十年，置僉事一員。大德十一年，增都指揮使五員、副都指揮使一員、僉事三員。至大四年，省都指揮使五員、副都指揮使一員、僉事三員。後定置衛官，都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷一員，從七品；知事二員，承發架閣照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人。又其屬十有七：
弩軍千戶一，秩正五品。達魯花赤一員，千戶一員，彈壓二員，百戶十員。屯田千戶所二，秩正五品。達魯花赤二員，千戶二員，彈壓二員，百戶四十員。門尉二，平則門尉一員，順承門尉一員。教官二，蒙古字教授一員，儒學教授一員。
後衛，秩正三品。至元十六年，以侍衛親軍創置。掌宿衛扈從，兼營屯田。國有大事，則調度之。是年，置都指揮使二員、副都指揮使二員，後增設副都指揮使一員。十八年，增都指揮使二員。二十年，置僉事二員。大德十一年，增都指揮使五員、副都指揮使一員、僉事二員。至大四年，省都指揮使五員、副指揮使二員、僉事二員。後定置都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史二人，知印一人，通事二人。其屬十有四：
武衛親軍都指揮使司，秩正三品，掌修治城隍及京師內外工役，兼大都屯田等事。至元二十六年，樞密院以六衛六千人，大都屯田三千人，近路迤南萬戶府一千人，緫一萬人，立武衛，設官五員。元貞、大德年間，累增都指揮使四員。至大三年，省都指揮使四員、副都指揮使一員。後定置衛官，達魯花赤一員，正三品；都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人。其屬十有五：
隆鎮衛親軍都指揮使司，秩正三品，掌屯軍徼巡盜賊於居庸關南、北口，統領欽察、阿速護軍三千六百九十三人，屯駐東西四十三處。皇慶元年，陞隆鎮萬戶府為隆鎮衛，置都指揮使三員、副都指揮使二員、僉事二員。延祐二年，又以哈兒魯軍千戶所，併隸東衛。四年，置色目經歷一員。至治二年，置愛馬知事一員。後定置衛官，都指揮使三員，正三品；副指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，承發兼照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人。其屬十有二：
左右翼屯田萬戶府二，秩從三品，分掌斡端、別十八里迴還漢軍，及大名、衛輝新附之軍，並迤東迴軍，合為屯田。至元二十六年置。延祐五年，隸詹事院，併入衛率府。復改隸樞密院。定置兩府達魯花赤各一員，萬戶各一員，副萬戶各一員，經歷各一員，知事各一員，提控案牘各一員，令史各五人，屬官鎮撫各二員。
左衛率府，秩正三品。至大元年，撥江南行省萬戶府精銳漢軍為東宮衛軍，立衛率府，設官十一員。延祐四年，始改為忠翊府，又改為御臨親軍指揮司，又以御臨非古典，改為羽林。六年，復隸東宮，仍為左衛率府。定置率使三員，正三品；副使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷一員，從七品；知事一員，照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各二人。其屬十有五：
右衛率府，秩正三品。延祐五年，以速怯那兒萬戶府、迤東女直兩萬戶府、右翼屯田萬戶府兵，合為右衛率府，置官十二員。後定置率使二員，正三品；副使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各二人。其屬七：
河南淮北蒙古軍都萬戶府，秩正三品。至元二十四年，以四萬戶奧魯赤改為蒙古軍都萬戶府，設府官四員、奧魯官四員。大德七年後，改為河南淮北蒙古軍都萬戶府。延祐五年，罷奧魯官、副鎮撫等員，定置都萬戶一員，正三品；副都萬戶一員，從三品；經歷一員，從七品；知事一員，提控案牘一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事各一人。屬官鎮撫二員。八撒兒萬戶府，萬戶一員，副萬戶一員，經歷、知事、提控案牘各一員。鎮撫一員。
千戶所九翼，千戶九員，百戶六十二員，彈壓九員。和尚萬戶府，萬戶一員，副萬戶一員，經歷一員，知事、提控案牘各一員，鎮撫一員。千戶所六翼，達魯花赤四員，千戶六員，副千戶四員，百戶四十七員，彈壓六員。砲手千戶所一翼，千戶一員，百戶六員，彈壓一員。
右阿速衛親軍都指揮使司，秩正三品，掌宿衛城禁，兼營潮河、蘇沽兩川屯田，供給軍儲。至元九年，初立阿速拔都達魯花赤，置屬官。二十三年，遂名為阿速之軍。至大二年，改立右阿速衛親軍都指揮使司，置達魯花赤三員、都指揮使三員、副都指揮使二員、僉事二員。四年，省達魯花赤三員。後定置達魯花赤一員，正三品；都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，承發架閣照磨一員，從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人，鎮撫二員。其屬五：
左阿速衛親軍都指揮使司，品秩職掌同右阿速衛。至元九年，初立阿速拔都達魯花赤，置屬官。二十三年，遂名為阿速之軍。至大二年，改立左衛阿速親軍都指揮使司，置達魯花赤二員、都指揮使六員、副都指揮使四員、僉事二員。四年，省達魯花赤一員、都指揮使三員。後定置達魯花赤一員，都指揮使三員，副都指揮使二員，僉事二員，經歷二員，知事二員，照磨一員，鎮撫二員。其屬四：
回回砲手軍匠上萬戶府，秩正三品。至元十一年，置砲手緫管府。十八年，始立為都元帥府。二十二年，改為萬戶府。後定置達魯花赤一員，萬戶一員，副萬戶一員，經歷、知事、提控案牘各一員，令史四人，譯史一人。鎮撫二員。
唐兀衛親軍都指揮使司，秩正三品。緫領河西軍三千人，以備征討。至元十八年始立，置都指揮使二員、副都指揮使二員。二十二年，增都指揮使一員、僉事一員。大德五年，增指揮使二員。至大元年，增都指揮一員。四年，省都指揮使三員，副都指揮使一員。後定置都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷一員，從七品；知事一員，照磨一員，俱從八品；令史七人，通事、譯史、知印各一人，鎮撫二員，奧魯官正副各一員。
貴赤衛親軍都指揮使司，秩正三品。至元二十四年立，置都指揮使二員、副都指揮二員、僉事二員。二十九年，置達魯花赤一員。大德十一年，增達魯花赤一員、都指揮使四員、副都指揮一員。至大元年，省達魯花赤一員、都指揮使四員、副都指揮使三員。後定置達魯花赤一員，正三品；都指揮使二員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，令史七人，知印一人，通事、譯史各一人，鎮撫二員。
千戶所八翼，每所置達魯花赤一員，千戶一十六員，百戶八十員，彈壓八員，門尉二員。延安屯田打捕緫管府，秩從三品。管析居放良人戶，並兀裡吉思田地北來蒙古人戶。至元十八年始設，定置達魯花赤一員，緫管一員，同知一員，經歷、知事各一員。屬官打捕屯田官一十二員。
忠翊侍衛親軍都指揮使司，秩正三品。至元二十九年，始立屯田府。大德十一年，增軍數，立為大同等處指揮使司。至大四年，屬徽政院。延祐元年，改中都威衛使司，仍隸徽政院，尋復改屬樞密院。至治元年，改為忠翊侍衛。後定置都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，俱從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人，鎮撫二員。
西域親軍都指揮使司，秩正三品。元貞元年始立，設官十一員。大德十一年，增都指揮使二員，又增指揮使三員、副都指揮使二員、僉事二員。至大四年，省都指揮使五員、副都指揮使二員、僉事二員。後定置達魯花赤一員，正三品；都指揮使二員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，承發架閣兼照磨一員，並從八品；令史七人，通事、譯史、知印各一人，鎮撫二員。
宗仁蒙古侍衛親軍都指揮使司，秩正三品。至治二年，以亦乞列思人氏二百戶，與所收蒙古子女通三千戶，及清州匠二千戶，屯田漢軍二千戶，立宗仁衛以統之。定置都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，俱從八品；令史七人，知印二人，怯裡馬赤二人，譯史二人，鎮撫二員。
山東河北蒙古軍大都督府，秩從二品，掌各路軍民科差征進，及調遣緫攝軍馬公事。至元二十一年，罷統軍司都元帥府，立蒙古軍都萬戶府。大德七年，改山東河北蒙古軍都萬戶府。延祐五年罷。天曆二年，改立為大都督府。定置正官大都督三員，從二品；同知一員，從三品；副使一員，從四品；經歷一員，從六品；都事二員，從七品；承發兼照磨一員，正八品；令史八人，譯史、通事、知印各二人，宣使五人，典吏三人，鎮撫二員。
左翊蒙古侍衛親軍都指揮使司，秩正三品。至元十八年，以蒙古侍衛緫管府依五衛之例，為指揮使司，設官十二員，奧魯官二員。大德七年，奏改為左翊蒙古侍衛親軍都指揮使司。延祐五年，罷奧魯官。後定置司官，都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，承發架閣兼照磨一員，並從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人，典吏二人，鎮撫二員。
右翊蒙古侍衛親軍都指揮使司，品秩同左衛。至元十八年，以蒙古侍衛緫管府依五衛例，為指揮使司，設官犬十二員，奧魯官二員。大德七年，奏改為右翊蒙古侍衛親軍都指揮使司。延祐五年，罷奧魯官。後定置司官，都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，承發兼照磨架閣一員，並從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人，典吏二人，鎮撫二員。
虎賁親軍都指揮使司，秩正三品，管領上都路元籍軍人，兼奧魯之事。至元十六年，立虎賁軍，設官二員。十七年，置都指揮使二員、副都指揮使一員，又增置副都指揮使一員。元貞元年，以虎賁軍改為虎賁親軍都指揮使司。十一年，增置都指揮使六員。至大四年，省都指揮使九員。後定置司官，都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷一員，從七品；知事、照磨兼承發各一員，並從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人，典吏二人，鎮撫二員，都目一員。
大都督府，正二品，管領左右欽察兩衛、龍翊侍衛、東路蒙古軍元帥府、東路蒙古軍萬戶府、哈剌魯萬戶府。天曆二年，始立欽察親軍都督府，秩從二品。後改大都督府。置大都督三員，正二品；同知二員，正三品；副都督三員，從三品；僉都督事二員，正四品；經歷二員，從六品；都事二員，從七品；管勾一員，照磨一員，俱正八品；令史八人，蒙古必闍赤二人，怯裡馬赤二人，知印二人，宣使六人。
右欽察衛，秩正三品。至元二十三年，依河西等衛例，立欽察衛，設官十員。至治二年，分為左右衛。天曆二年，撥隸大都督府。定置達魯花赤一員，正三品；都指揮二員，正三品；副使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨二員，並從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人，鎮撫一員。
行軍千戶十八所，達魯花赤各一員，千戶三十六員，百戶一百八十員，彈壓一十八員。屯田千戶所二，達魯花赤二員，千戶二員，百戶二十員，彈壓二員。門尉二員。儒學教授一員，至大四年始置；蒙古字教授一員，延祐四年始置。
左欽察衛，秩正三品。至治二年，依阿速衛例，分為兩衛，設官十員。天曆二年，撥隸大都督府。定置衛官，都指揮使三員，正三品；副都指揮二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷二員，從七品；知事二員，照磨一員，從八品；令史七人，譯史、通事、知印各一人，屬官鎮撫二員。
行軍千戶所一十翼，千戶一十員，百戶八十二員，彈壓九員，奧魯官四員。守城千戶所一翼，達魯花赤一員，千戶一員，百戶九員，彈壓一員。屯田千戶所一翼，達魯花赤一員，千戶一員，百戶十員，彈壓一員。教官，儒學教授一員。
龍翊侍衛親軍都指揮使司，秩正三品。天曆元年始立，設官十四員。二年，又置愛馬知事一員，又以左欽察衛唐吉失九千戶隸本衛。定置官，都指揮使三員，正三品；副都指揮使二員，從三品；僉事二員，正四品；經歷一員，從七品；知事二員，照磨一員，並從八品；令史七人，譯史二人，怯裡馬赤二人，知印二人，鎮撫二員。
哈剌魯萬戶府，掌守禁門等處應直宿衛。至元二十四年，招集哈剌魯軍人，立萬戶府。尋移屯襄陽，後征交趾。大德二年置司南陽。天曆二年，奏隸大都督府。定置官，達魯花赤一員，萬戶一員，經歷、知事各一員，提控案牘一員，鎮撫一員，吏目一員。
御史臺，秩從一品。大夫二員，從一品；中丞二員，正二品；侍御史二員，從二品；治書侍御史二員，正三品，掌糾察百官善惡、政治得失。至元五年，始立臺建官，設官七員。大夫從二品，中丞從三品，侍御史從五品，治書侍御史從六品，典事從七品，檢法二員，獄丞一員。七年，改典事為都事。十九年，罷檢法、獄丞。二十一年，陞大夫為從一品，中丞為正三品，侍御史為正五品，治書為正六品。二十七年，大夫以下品從各陞一等，始置蒙古經歷一員。大德十一年，陞中丞為正二品，侍御史為從二品，治書侍御史為正三品。皇慶元年，增中丞為三員。二年，減一員。至治二年，大夫一員。後定置御史大夫二員、中丞二員、侍御史二員、治書侍御史二員，品秩如上；經歷一員，從五品；都事二員，正七品；照磨一員，正八品；承發管勾兼獄丞一員，正八品；架閣庫管勾兼承發一員，正九品；掾史一十五人，譯史四人，知印二人，通事二人，宣使十人，臺醫二人，蒙古書寫二人，典吏六人，庫子二人。其屬有二：
殿中司，殿中侍御史二員，正四品。至元五年始置，秩正七品，後陞正四品。凡大朝會，百官班序，其失儀失列，則糾罰之；在京百官到任假告事故，出三日不報者，則糾舉之；大臣入內奏事，則隨以入，凡不可與聞之人，則糾避之。知班四人，通事、譯史各一人。
江南諸道行御史臺，設官品秩同內臺。至元十四年，始置江南行御史臺於楊州，尋徙杭州，又徙江州。二十三年，遷於建康，以監臨東南諸省，統制各道憲司，而緫諸內臺。初置大夫、中丞、侍御史、治書侍御史各一員，統淮東、淮西、湖北、浙東、浙西、江東、江西、湖南八道提刑按察司。十五年，增江南湖北、嶺南廣西、福建廣東三道。二十三年，以淮東、淮西、山南三道，撥隸內臺。三十年，增海北海南一道。大德元年，定為江南諸道行御史臺，設官九員，以監江浙、江西、湖廣三省，統江東、江西、浙東、浙西、湖南、湖北、廣東、廣西、福建、海南十道。大夫一員，中丞二員，侍御史二員，治書侍御史二員，經歷一員，都事二員，照磨一員，架閣庫管勾一員，承發管勾兼獄丞一員，令史一十六人，譯史四人，回回掾史、通事、知印各二人，宣使十人，典吏、庫子、臺醫各有差。
陝西諸道行御史臺，設官品秩同內臺。至元二十七年，始置雲南諸路行御史臺，官止四員。大德元年，移雲南行臺於京兆，為陝西行臺，而雲南改立廉訪司。延祐元年罷。二年復立，統漢中、隴北、四川、雲南四道。定置大夫一員、御史中丞二員、侍御史二員、治書侍御史二員、經歷一員、都事二員、照磨一員、架閣庫管勾一員、承發司管勾兼獄丞一員、掾史一十二人、蒙古必闍赤二人、回回掾史一人、通事二人、知印一人、宣使十人、典吏五人、庫子二人。
肅政廉訪司。國初，立提刑按察司四道：曰山東東西道，曰河東陝西道，曰山北東西道，曰河北河南道。至元六年，以提刑按察司兼勸農事。八年，置河東山西道、陝西四川道。十二年，分置燕南河北道。十三年，以省併衙門，罷按察司。十四年復置，增立八道：曰江北淮東道，曰淮西江北道，曰山南江北道，曰浙東海右道，曰江南浙西道，曰江東建康道，曰江西湖東道，曰嶺北湖南道。十五年，復增三道：曰江南湖北道，曰嶺南廣西道，曰福建廣東道。十九年，增西蜀四川道。二十年，增海北廣東道，改福建廣東道曰福建閩海道。以雲南七路，置雲南道。以女直之地，置海西遼東道。二十三年，以淮東、淮西、山南三道，撥隸內臺。二十四年，增河西隴右道。是年，罷雲南道。二十五年，罷海西遼東。二十七年，以雲南按察司所治，立雲南行御史臺。二十八年，改按察司曰肅政廉訪司。大德元年，徙雲南行臺於陝西，復立雲南道。三十年，增海北海南道，其後遂定為二十二道。每道廉訪使二員，正三品；副使二員，正四品；僉事四員，兩廣、海南止二員，正五品；經歷一員，從七品；知事一員，正八品；照磨兼管勾一員，正九品；書吏十六人，譯史、通事各一人，奏差五人，典吏二人。
內道八，隸御史臺：山東東西道，濟南路置司。河東山西道，冀寧路置司。燕南河北道，真定路置司。江北河南道，汴梁路置司。山南江北道，中興路置司。淮西江北道，廬州路置司。江北淮東道，楊州路置司。山北遼東道，大寧路置司。
江南十道，隸江南行臺：江東建康道，寧國路置司。江西湖東道，龍興路置司。江南浙西道，杭州路置司。浙東海右道，婺州路置司。江南湖北道，武昌路置司。嶺北湖南道，天臨路置司。嶺南廣西道，靜江府置司。海北廣東道，廣州路置司。海北海南道，雷州路置司。福建閩海道，福州路置司。
