洪武三年，太祖以太廟時享，未足以展孝思，復建奉先殿於宮門內之東。以太廟象外朝，以奉先殿象內朝。正殿五間，南向，深二丈五尺。前軒五間，深半之。製四代帝后神位、衣冠，定儀物、祝文。每日朝晡，帝及皇太子諸王二次朝享。皇后率嬪妃日進膳羞。諸節致祭，月朔薦新，其品物視元年所定。惟三月不用鮆魚，四月減鰣魚，益以王瓜、彘，五月益以茄，九月減柿、蟹，十月減木瓜、蘆菔，益以山藥，十一月減天鵝、鷀䳓，益以獐。皆太常奏聞，送光祿寺供薦。凡遇時新品物，太常供獻。又錄皇考妣忌日，歲時享祀以為常。成祖遷都北京，建如制。宣德元年奉太宗祔廟畢，復遣鄭王瞻埈詣奉先殿，設酒果祭告，奉安神位。天順七年奉孝恭皇后祔廟畢，帝還行奉安神位禮，略如祔廟儀。弘治十七年，吏部尚書馬文升言：「南京進鮮船，本為奉先殿設。輓夫至千人，沿途悉索。今揚、徐荒旱，願倣古凶年殺禮之意，減省以甦民困。」命所司議行之。武宗即位，祧熙祖。奉先殿神位亦遷德祖之西，其衣冠、牀幔、儀物貯於神庫。
嘉靖十四年定內殿之祭幷禮儀。清明、中元、聖誕、冬至、正旦，有祝文，樂如宴樂。兩宮壽旦，皇后幷妃嬪生日，皆有祭，無祝文、樂。立春、元宵、四月八日、端陽、中秋、重陽、十二月八日，皆有祭，用時食。舊無祝文，今增告詞。舊儀，但一室一拜，至中室跪祝畢，又四拜，焚祝帛。今就位四拜，獻帛爵，祝畢，后妃助亞獻，執事終獻，徹饌又四拜。忌祭，舊具服作樂，今更淺色衣，去樂。凡祭方澤、朝日夕月，出告、回參，及冊封告祭，朔望行禮，皆在焉。十五年，禮部尚書夏言等奏：「悼靈皇后神主，先因祔於所親，暫祔奉慈殿孝惠太后之側。茲三后神主既擬遷於陵殿，則悼靈亦宜暫遷奉先殿旁室，享祀祭告，則一體設饌。」從之。隆慶元年，禮部言：「舊制，太廟一歲五享，而節序忌辰等祭，則行於奉先殿。今孝潔皇后既祔太廟，則奉先殿亦宜奉安神位。」乃設神座、儀物於第九室，遣官祭告如儀。萬曆三年，帝欲以孝烈、孝恪二后神位，奉安於奉先殿。禮官謂世宗時，議祔陵祭，不議祔內殿。帝曰：「奉先殿見有孝肅、孝穆、孝惠三后神位，俱皇祖所定，宜遵行祔安。」蓋當時三后既各祔陵廟，仍幷祭於奉先殿，而外廷莫知也。命輔臣張居正等入視。居正等言：「奉先殿奉安列聖祖妣，凡推尊為后者，俱得祔享內殿，比之太廟一帝一后者不同，今亦宜奉安祔享。」從之。
先是，冊封告祭，以太常寺官執事，仍題請遣官。至萬曆元年，帝親行禮，而遣官之請廢。二年，太常寺以內殿在禁地，用內官供事便。帝俞其請。凡聖節、中元、冬至、歲暮，嘉靖初俱告祭於奉先殿。十五年罷中元祭。四十五年罷歲暮祭。隆慶元年罷聖節、冬至祭。其方澤、朝日、夕月，出告、回參，嘉靖中行於景神殿。隆慶元年仍行於奉先殿。諸帝后忌辰，嘉靖以前行於奉先殿。十八年改高皇帝、后忌辰於景神殿，文皇帝、后以下於永孝殿。二十四年仍行於奉先殿。凡內殿祭告，自萬曆二年後，親祭則祭品告文執事，皆出內監。遣官代祭，則皆出太常。惟品用脯醢者，即親祭亦皆出太常。萬曆十四年，禮臣言：「近年皇貴妃冊封，祭告奉先殿，祝文執事出內庭，而祭品取之太常，事體不一。夫太常專主祀享，而光祿則主膳羞。內庭祭告，蓋取象於食時上食之義也。宜遵舊制，凡祭告內殿，無論親行、遣官，其祭品光祿寺供；惟告文執事人，親行則辦之內庭，遣官則暫用太常寺。」從之。
孝宗即位，追上母妃孝穆太后紀氏諡，祔葬茂陵。以不得祔廟，遂於奉先殿右，別建奉慈殿以祀。一歲五享，薦新忌祭，俱如太廟奉先殿儀。弘治十七年，孝肅周太后崩。先是成化時，預定周太后祔葬、祔祭之議，至是召輔臣議祔廟禮。劉健等言：「議誠有之，顧當年所引唐、宋故事，非漢以前制也。」帝以事當師古，乃援孝穆太后別祭奉慈殿為言，而命廷臣議。健退，復疏論其事，以堅帝心。於是英國公張懋、吏部尚書馬文升等言：「宗廟之禮，乃天下公議，非子孫得以私之。殷、周七廟，父昭子穆，各有配座，一帝一后，禮之正儀。春秋書『考仲子之宮』，胡安國傳云：『孟子入惠公之廟，仲子無祭享之所。』以此見魯秉周禮，先王之制猶存，祖廟無二配故也。伏覩憲宗敕諭，有曰『朕心終不自安』。竊窺先帝至情，以重違慈意，因勉從並配之議。羣臣欲權以濟事，亦不得已而為此也。據禮區處，上副先帝在天遺志，端有待於今日。稽之周禮，有祀先妣之文，疏云『姜嫄也』，詩所謂『閟宮』是已。唐、宋推尊太后，不配食祖廟者，則別立殿以享之，亦得閟宮之義。我朝祖宗迄今已溢九廟，配皆無二。今宜於奉先殿外建一新廟，如詩之閟宮，宋之別殿，歲時薦享，仍稱太皇太后，則情義兩盡。」議上，復召健等至素幄，袖出奉先殿圖，指西一區曰：「此奉慈殿也。」又指東一區曰：「此神廚也。欲於此地別建廟，奉遷孝穆神主，併祭於此。」健等皆對曰：「最當。」已而欽天監奏，年方有礙，廷議暫奉於奉慈殿正中，徙孝穆居左。
及孝宗崩，武宗即位，禮部始進奉安孝肅神主儀。前期致齋三日，告奉先殿及孝宗几筵。是日早，帝具黑翼善冠、淺淡色服、黑犀帶，告孝穆神座。禮畢，帝詣神座前，請神主降座。帝捧主立，內執事移神座於殿左間。帝奉安訖，行叩頭禮。至午，帝詣清寧宮孝肅几筵，行禮畢，內侍進神主輿於殿前，衣冠輿於丹陛上。帝詣拜位，親王吉服後隨，四拜，興。帝捧神主由殿中門出，奉安輿內。執事捧衣冠置輿後隨。帝率親王步從。至寶善門外，太皇太后、皇太后率宮妃迎於門內。先詣奉慈殿，序立於殿西。神主輿至奉先殿門外，少駐。帝詣輿前跪，請神主詣奉先殿，俯伏，興，捧神主由殿左門入，至殿內褥位，跪，置神主。帝行五拜三叩頭禮畢，捧神主，仍由左門出，安輿內。至奉慈殿門外，帝捧神主由中門入，奉安於神座訖，行安神禮，三獻如常儀。太皇太后以下四拜。禮畢，內侍官設褥位於殿正中之南。帝詣孝穆皇太后神座前，跪請神主謁孝肅太皇太后，跪置於褥位上，俯伏，興，行五拜三叩頭禮。畢，帝捧主，興，仍安於神座訖，行安神禮如前。皇太后以下四拜。
嘉靖元年，世宗奉孝惠邵太后祔祀。八年二月，禮部尚書方獻夫等言：「悼靈皇后，禮宜祔享太廟，但今九廟之制已備。考唐、宋故事，后於太廟，未有本室，則創別廟。故曲臺禮有別廟皇后，禘祫於太廟之文。又禮記·喪服小記：『婦祔於祖姑，祖姑有三人，則祔於親者。』釋之者曰：『親者謂舅所生母也。』今孝惠太皇太后實皇考獻皇帝之生母，則悼靈皇后當祔於側。」詔可。三月，行祔廟禮。先期祭告諸殿。至期，請悼靈后主詣奉慈殿奉安。內侍捧神主、諡冊、衣冠隨帝至奉先殿謁見。帝就位，行五拜三叩頭禮。次詣崇先殿，次詣奉慈殿，謁三太后，內侍捧主安神座，皇妃以下四拜。
十五年，帝以三太后別祀奉慈殿，不若奉於陵殿為宜。廷臣議：「古天子宗廟，惟一帝一后，所生母，薦於寢，身歿而已。孝宗奉慈殿之祭，蓋子祀生母，以盡終身之孝焉耳。然禮『妾母不世祭』，疏曰：『不世祭者，謂子祭之，於孫則止。』明繼祖重，故不復顧其私祖母也。今陛下於孝肅，曾孫也；孝穆，孫屬也；孝惠，孫也。禮不世祭，議當祧。考宋熙寧罷奉慈廟故事，與今同。宜遷主陵廟，歲時祔享如故。」報可。奉慈殿遂罷。世宗孝烈后，隆慶時，祀弘孝殿，萬曆三年遷祔奉先殿。穆宗母孝恪皇太后，隆慶初，祀神霄殿，又祔孝懿后於其側。六年，孝懿祔太廟，萬曆三年，孝恪遷祔奉先殿，二殿俱罷。
嘉靖二年四月始命興獻帝家廟享祀，樂用八佾。初，禮官議廟制未決，監生何淵上書，請立世室於太廟東。禮部尚書汪俊等皆謂不可。帝諭奉先殿側別立一室，以盡孝思。禮官集議言：「奉慈之建，禮臣據姜嫄特廟而言。至為本生父立廟大內，古所未有。惟漢哀為定陶共王建廟京師，不可為法。」詹事石珤等亦言不可。不聽。葺奉慈殿後為觀德殿以奉之。四年四月，淵已授光祿寺署丞，復上書請立世室，崇祀皇考於太廟。禮部尚書席書等議：「天子七廟，周文、武並有功德，故立文、武世室於三昭穆之上。獻皇帝追稱帝號，未為天子。淵妄為諛詞，乞寢其奏。」帝令再議，書等言：「將置主於武宗上，則武宗君也，分不可僭。置武宗下，則獻皇叔也，神終未安。」時廷臣於稱考稱伯，異同相半，至議祔廟，無一人以為可者。學士張璁、桂萼亦皆以為不可，書復密疏爭之。帝不聽，復令會議。乃準漢宣故事，於皇城內立一禰廟，如文華殿制。籩豆樂舞，一用天子禮。帝親定其名曰世廟。五年七月諭工部以觀德殿窄隘，欲別建於奉天殿左。尚書趙璜謂不可，不聽。乃建於奉先之東，曰崇先殿。十三年命易承天家廟曰隆慶殿。十五年，以避渠道，遷世廟，更號曰獻皇帝廟，遂改舊世廟曰景神殿，寢殿曰永孝殿。
十七年以豐坊請，稱宗以配明堂。禮官不敢違，集議者久之，言：「古者父子異昭穆，兄弟同世數。故殷有四君一世而同廟，宋太祖、太宗同居昭位。今皇考與孝宗當同一廟。」遂奉獻皇帝祔太廟。二十二年更新太廟，廷議睿宗、孝宗並居一廟，同為昭。帝責諸臣不竭忠任事，寢其議。已而左庶子江汝璧請遷皇考廟於穆廟首，以當將來世室，與成祖廟並峙。右贊善郭希顏又欲於太祖廟文世室外，止立四親廟，而祧孝宗、武宗。以禮臣斥其妄而止。二十四年六月，新太廟成，遂奉睿宗於太廟之左第四，序躋武宗上，而罷特廟之祀。四十四年以舊廟柱產芝，更號曰玉芝宮，定日供時享儀。穆宗初，因禮臣請，乃罷時享及節序、忌辰、有事奉告之祭，但進日供而已。隆慶元年，禮科王治請罷獻皇祔廟，而專祀之世廟，章下所司。萬曆九年，禮科丁汝謙請仍專祭玉芝宮，復奉宣宗帝后冠服於太廟。帝責汝謙妄議，謫外任。天啟元年，太常少卿李宗延奏祧廟宜議，言：「睿宗入廟，世宗無窮之孝思也，然以皇上視之，則遠矣。俟光宗升祔時，或從舊祧，或從新議。蓋在孝子固以恩事親，而在仁人當以義率祖。」章下禮部，卒不能從。
洪武三年定以皇伯考壽春王、王夫人劉氏為一壇，皇兄南昌王、霍丘王、下蔡王、安豐王、霍丘王夫人翟氏、安豐王夫人趙氏為一壇，皇兄蒙城王、盱眙王、臨淮王、臨淮王夫人劉氏為一壇，後定夫人皆改稱妃，皇姪寶應王、六安王、來安王、都梁王、英山王、山陽王、昭信王為一壇，凡一十九位。春夏於仁祖廟東廡，秋冬及歲除於德祖廟東廡，皇帝行初獻禮，時獻官詣神位分獻。四年進親王於殿內東壁。九年，新太廟成，增祀蒙城王妃田氏、盱眙王妃唐氏。正德中，御史徐文華言：「族有成人而無後者，祭終兄弟之孫之身。諸王至今五六世矣，宜祧。」禮官議不可。嘉靖間，仍序列東廡。二十四年，新建太廟成，復進列東壁，罷分獻。萬曆十四年，太常卿裴應章言：「諸王本從祖祔食。今四祖之廟已祧，而諸王無所於祔，宜罷享，而祔之祧廟。」禮部言：「祧以藏毀廟之主，為祖非為孫。禮有祧，不聞有配祧者。請仍遵初制，序列東廡為近禮。」報可。
洪武二年享太廟，以廖永安、俞通海、張得勝、桑世傑、耿再成、胡大海、趙德勝配。設青布幃六於太廟庭中，遣官分獻。俟皇帝亞獻將畢，行禮。每歲春秋享廟，則配食於仁祖廟之東廡。三年定配享功臣常遇春以下凡八位。春夏於仁祖廟西廡，秋冬於德祖廟西廡，設位東向，遂罷幃次之設。更定三獻禮，皇帝初獻，時獻官即分詣行禮，不拜。四年，太祖謂中書省臣：「太廟之祭，以功臣配列廡間。今既定太廟合祭禮，朕以祖宗具在，使功臣故舊歿者得少依神靈，以同享祀，不獨朝廷宗廟盛典，亦以寓朕不忘功臣之心。」於是禮官議：「凡合祭時，為黃布幄殿，中祖考神位，旁設兩壁，以享親王及功臣，令大臣分獻。」制可。已而命去布幄。九年，新太廟成，以徐達、常遇春、李文忠、鄧愈、湯和、沐英、俞通海、張德勝、胡大海、趙得勝、耿再成、桑世傑十二位配於西廡，罷廖永安。建文時，禮部侍郎宋禮言：「功臣自有雞籠山廟，請罷太廟配享。」帝以先帝所定，不從。且令候太廟享畢，別遣官即其廟祭之。洪熙元年以張玉、朱能、姚廣孝配享太廟。遣張輔、朱勇、王通及尚寶少卿姚繼各祭其父。
嘉靖九年以廖道南言，罷姚廣孝。十年以刑部郎中李瑜議，進劉基位次六王。十六年以武定侯郭勛奏，進其祖英。初二廟功臣，位各以爵，及進基位公侯上，至是復令禮官議合二廟功臣敍爵。於是列英於桑世傑上，張玉、朱能於沐英下，基於世傑下。二十四年進諸配位於新太廟西壁，罷分獻。萬曆十四年，太常卿裴應章言：「廟中列后在上，異姓之臣禮當別嫌。且至尊拜俯於下，諸臣之靈亦必不安。」命復改西廡，遣官分獻。天啟元年，太常少卿李宗延言：「前代文臣皆有從祀，我朝不宜獨闕。」下禮部議，不行。
洪武四年，禮部尚書陶凱等議定，王國宮垣內，左宗廟，右社稷。廟制，殿五間，寢殿如之，門三間。永樂八年建秦愍王享堂，命視晉恭王制，加高一尺。因定享堂七間，廣十丈九尺五寸，高二丈九尺，深四丈三尺五寸。弘治十三年，寧王宸濠奏廟祀禮樂未有定式，乞頒賜遵守。禮部議：「洪武元年，學士宋濂等奏定諸王國祭祀禮樂，用清字，但有曲名，而無曲辭，請各王府稽考。於是靖江王長史具上樂章，且言四孟上旬及除夕五祭所用品物、俎豆、佾舞，禮節悉遵國初定制。」從之。嘉靖八年，秦王充燿言：「代懿王當祔廟，而自始封至今，已盈五廟之數，請定祧廟之制。」禮臣言：「親王祧廟，古制未聞，宜推太廟祧祔之禮而降殺之。始封居中，百世不遷，以下四世，親盡而祧。但諸侯無祧廟，祧主宜祔始祖之室，置櫝藏之，每歲暮則出祧主合祭。」詔如議。
明初未有定制，權倣朱子祠堂之制，奉高曾祖禰四世神主，以四仲之月祭之，加臘月忌日之祭與歲時俗節之薦。其庶人得奉祖父母、父母之祀，已著為令。至時享於寢之禮，略同品官祠堂之制。堂三間，兩階三級，中外為兩門。堂設四龕，龕置一桌。高祖居西，以次而東，藏主櫝中。兩壁立櫃，西藏遺書衣物，東藏祭器。旁親無後者，以其班附。庶人無祠堂，以二代神主置居室中間，無櫝。
洪武六年定公侯以下家廟禮儀。凡公侯品官，別為祠屋三間於所居之東，以祀高曾祖考，幷祔位。祠堂未備，奉主於中堂享祭。二品以上，羊一豕一，五品以上，羊一，以下豕一，皆分四體熟薦。不能具牲者，設饌以享。所用器皿，隨官品第，稱家有無。前二日，主祭者聞於上，免朝參。凡祭，擇四仲吉日，或春、秋分，冬、夏至。前期一日，齋沐更衣，宿外舍。質明，主祭者及婦率預祭者詣祠堂。主祭者捧正祔神主櫝，置於盤，令子弟捧至祭所。主祭開櫝，捧各祖考神主，主婦開櫝，捧各祖妣神主，以序奉安。子弟捧祔主，置東西壁。執事者進饌，讀祝者一人，就贊禮，以子弟親族為之。陳設神位訖，各就位，主祭在東，伯叔諸兄立於其前稍東，諸親立於其後，主婦在西，母及諸母立於其前稍西，婦女立於後。贊拜，皆再拜。主祭者詣香案前跪，三上香，獻酒奠酒，執事酌酒於祔位前。讀祝者跪讀訖。贊拜，主祭者復位，與主婦皆再拜。再獻終獻並如之，惟不讀祝。每獻，執事者亦獻於祔位。禮畢，再拜，焚祝幷紙錢於中庭，安神主於櫝。
成化十一年，祭酒周洪謨言：「臣庶祠堂神主，俱自西而東。古無神道尚右之說，惟我太祖廟制，合先王左昭右穆之義。宜令一品至九品，皆立一廟，以高卑廣狹為殺。神主則高祖居左，曾祖居右，祖居次左，考居次右。」帝下禮臣參酌更定。嘉靖十五年，禮部尚書夏言言：「按三代有五廟、三廟、二廟、一廟之制者，以其有諸侯、卿、大夫上中下之爵也。後世官職既殊，無世封采邑，豈宜過泥於古。至宋儒程頤乃始約之而歸於四世。自公卿以及士庶，莫不皆然。謂五服之制，皆至高祖，則祭亦當如之。今定官自三品以上立五廟，以下皆四廟。為五廟者，亦如唐制。五間九架，厦旁隔板為五室，中祔五世祖，旁四室，祔高曾祖禰。為四廟者，三間五架，中一室祔高曾，左右二室祔祖禰。若當祀始祖，則如朱熹所云臨祭時，作紙牌，祭訖焚之。其三品以上者，至世數窮盡，則以今之得立廟者為世世奉祀之祖，而不遷焉。四品以下，四世遞遷而已。」從之。
