明官制，沿漢、唐之舊而損益之。自洪武十三年罷丞相不設，析中書省之政歸六部，以尚書任天下事，侍郎貳之。而殿閣大學士祇備顧問，帝方自操威柄，學士鮮所參決。其糾劾則責之都察院，章奏則達之通政司，平反則參之大理寺，是亦漢九卿之遺意也。分大都督府為五，而征調隸於兵部。外設都、布、按三司，分隸兵刑錢穀，其考核則聽於府部。是時吏、戶、兵三部之權為重。
迨仁、宣朝，大學士以太子經師恩，累加至三孤，望益尊。而宣宗內柄無大小，悉下大學士楊士奇等參可否。雖吏部蹇義、戶部夏原吉時召見，得預各部事，然希濶不敵士奇等親。自是，內閣權日重，即有一二吏、兵之長與執持是非，輒以敗。
至世宗中葉，夏言、嚴嵩迭用事，遂赫然為真宰相，壓制六卿矣。然內閣之擬票，不得不決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人。於是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉顛倒於其手。伴食者承意指之不暇，間有賢輔，卒蒿目而不能救。
初，領五都督府者，皆元勳宿將，軍制肅然。永樂間，設內監監其事，猶不敢縱。沿習數代，勳戚紈袴司軍紀，日以惰毀。既而內監添置益多，邊塞皆有巡視，四方大征伐皆有監軍，而疆事遂致大壞，明祚不可支矣。跡其興亡治亂之由，豈不在用人之得失哉！
宗人府。宗人令一人，左、右宗正各一人，左、右宗人各一人，掌皇九族之屬籍，以時修其玉牒，書宗室子女適庶、名封、嗣襲、生卒、婚嫁、諡葬之事。凡宗室陳請，為聞於上，達材能，錄罪過。初，洪武三年置大宗正院。二十二年改為宗人府，並以親王領之。其後，以勳戚大臣攝府事，不備官，而所領亦盡移之禮部。其屬，經歷司，經歷一人，典出納文移。
太師、太傅、太保為三公，少師、少傅、少保為三孤，掌佐天子理陰陽，經邦弘化，其職至重。無定員，無專授。洪武三年授李善長太師，徐達太傅。三孤無兼領者。建文、永樂間罷公、孤官，仁宗復設。宣德三年敕太師、英國公張輔，少師、吏部尚書蹇義，少傅、兵部尚書、華蓋殿大學士楊士奇，少保兼太子少傅、戶部尚書夏原吉，各輟所領，侍左右，咨訪政事。公孤之官，幾於專授。逮義、原吉卒，士奇還領閣務。自此以後，公、孤但虛銜，為勳戚文武大臣加官、贈官。而文臣無生加三公者，惟贈乃得之。嘉靖二年加楊廷和太傅，辭不受。其後文臣得加三公，惟張居正，萬曆九年加太傅，十年加太師。
太子太師、太子太傅、太子太保，掌以道德輔導太子，而謹護翼之。太子少師、太子少傅、太子少保，掌奉太子以觀三公之道德而教諭焉。太子賓客，掌侍太子贊相禮儀，規誨過失。皆東宮大臣，無定員，無專授。洪武元年，太祖有事親征，慮太子監國，別設宮僚或生嫌隙，乃以朝臣兼宮職：李善長兼太子少師，徐達兼太子少傅，常遇春兼太子少保，治書侍御史文原吉、范顯祖兼太子賓客。三年，禮部尚書陶凱請選人專任東宮官，罷兼領，庶於輔導有所責成。帝諭以江充之事可為明鑑，立法兼領，非無謂也。由是，東宮師傅，止為兼官、加官及贈官。惟永樂間，成祖幸北京，以姚廣孝專為太子少師，留輔太子。自是以後，終明世皆為虛銜，於太子輔導之職無與也。
中極殿大學士，建極殿大學士，文華殿大學士，武英殿大學士，文淵閣大學士，東閣大學士，掌獻替可否，奉陳規誨，點檢題奏，票擬批答，以平允庶政。凡上之達下，曰詔，曰誥，曰制，曰冊文，曰諭，曰書，曰符，曰令，曰檄，皆起草進畫，以下之諸司。下之達上，曰題，曰奏，曰表，曰講章，曰書狀，曰文冊，曰揭帖，曰制對，曰露布，曰譯，皆審署申覆而修畫焉，平允乃行之。凡車駕郊祀、巡幸則扈從。御經筵，則知經筵或同知經筵事。東宮出閤講讀，則領其事，敍其官，而授之職業。冠婚，則充賓贊及納徵等使。修實錄、史志諸書，則充總裁官。春秋上丁釋奠先師，則攝行祭事。會試充考試官，殿試充讀卷官。進士題名，則大學士一人撰文，立石於太學。大典禮、大政事，九卿、科道官會議已定，則按典制，相機宜，裁量其可否，斟酌入告。頒詔則捧授禮部。會敕則稽其由狀以請。宗室請名、請封，諸臣請諡，並擬上。以其授餐大內，常侍天子殿閣之下，避宰相之名，又名內閣。
先是，太祖承前制，設中書省，置左、右丞相，平章政事，左、右丞，參知政事，以統領衆職。置屬官，左、右司，郎中，員外郎，都事、檢校，照磨、管勾，參議府，參議，參軍、斷事官，斷事、經歷，知事，都鎮撫司，都鎮撫，考功所，考功郎。
洪武九年汰平章政事、參知政事。十三年正月誅丞相胡惟庸，遂罷中書省。九月置四輔官，以儒士王本等為之。尋亦罷。十五年倣宋制，置華蓋殿、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，又置文華殿大學士，以輔導太子。秩皆正五品。二十八年敕諭羣臣：「國家罷丞相，設府、部、院、寺以分理庶務，立法至為詳善。以後嗣君，其毋得議置丞相。臣下有奏請設立者，論以極刑。」當是時，以翰林、春坊詳看諸司奏啟，兼司平駁。大學士特侍左右，備顧問而已。建文中，改大學士為學士。
仁宗以楊士奇、楊榮東宮舊臣，陞士奇為禮部侍郎兼華蓋殿大學士，榮為太常卿兼謹身殿大學士，閣職漸崇。其後士奇、榮等皆遷尚書職，雖居內閣，官必以尚書為尊。景泰中，王文始以左都御史進吏部尚書，入內閣。自後，誥敕房、制敕房俱設中書舍人，六部承奉意旨，靡所不領，而閣權益重。世宗時，三殿成，改華蓋為中極，謹身為建極，閣銜因之。嘉靖以後，朝位班次，俱列六部之上。
文選掌官吏班秩遷陞、改調之事，以贊尚書。凡文官之品九，品有正從，為級一十八。不及九品曰未入流。凡選，每歲有大選，有急選，有遠方選，有歲貢就教選，間有揀選，有舉人乞恩選。選人咸登資簿，釐其流品，平其銓注而序遷之。凡陞必考滿，若員缺當補，不待考滿，曰推陞。類推上一人，單推上二人。三品以上，九卿及僉都御史、祭酒，廷推上二人或三人。內閣，吏、兵二部尚書，廷推上二人。凡王官不外調，王姻不內除，大臣之族不得任科道，僚屬同族則以下避上。外官才地不相宜，則酌其繁簡互換之。有傳陞、乞陞者，並得執奏。以署職、試職、實授奠年資，以開設、裁併、兼攝適繁簡，以薦舉、起廢、徵召振幽滯，以帶俸、添注寄恩冗，以降調、除名馭罪過，以官程督吏治，以寧假悉人情。
驗封掌封爵、襲廕、褒贈、吏算之事，以贊尚書。凡爵非社稷軍功不得封，封號非特旨不得與。或世，或不世，皆給誥券。衍聖公及戚里恩澤封，不給券。凡券，左右各一，左藏內府，右給功臣之家。襲封則徵其誥券，稽其功過，覈其宗支，以第其世流降除之等。土官則勘其應襲與否，移文選司注擬。
凡封贈，公、侯、伯之追封，皆遞進一等。三品以上政績顯異及死諫、死節、陣亡者，皆得贈官。其見任則初授散階，京官滿一考，及外官滿一考而以最聞者，皆給本身誥敕。七品以上皆得推恩其先。五品以上授誥命，六品以下授敕命。曾祖、祖、父皆如其子孫官。公、侯、伯視一品。外內命婦視夫若子之品。生曰封，死曰贈。若先有罪譴則停給。
文之散階四十有二，以歷考為差。外命婦之號九。因其子孫封者，加太字，夫在則否。凡封贈之次，七品至六品一次，五品一次，三品、二品、一品各一次。三母不並封，兩封從優品。父職高於子，則進一階。父應停給，及子為人後者，皆得移封。嫡在不封生母，生母未封不先封其妻。妻之封，止於一嫡一繼。其封贈後而以墨敗者，則追奪。
稽勳掌勳級、名籍、喪養之事，以贊尚書。凡文勳十。自五品以上，歷再考，乃授勳。凡百官遷除、降調皆開寫年甲、鄉貫、出身。每歲十二月貼黃，春秋清黃，皆赴內府。有故，揭而去之。凡父母年七十，無兄弟，得歸養。凡三年喪，解職守制，糾擿其奪喪、匿喪、短喪者。惟欽天監官，奔喪三月復任。
考功掌官吏考課、黜陟之事，以贊尚書。凡內外官給由，三年初考，六年再考，並引請九年通考，奏請綜其稱職、平常、不稱職而陟黜之。陟無過二等，降無過三等，其甚者黜之、罪之。京官六年一察，察以巳、亥年。五品下考察其不職者，降罰有差；四品上自陳，去留取旨。外官三年一朝，朝以辰、戌、丑、未年。前期移撫、按官，各綜其屬三年內功過狀註考，彙送覆核以定黜陟。倉場庫官一年考，巡檢三年考，教官九年考。府州縣官之考，以地之繁簡為差。吏之考，三、六年滿，移驗封司撥用。九年滿，又試授官。惟王官及欽天、御用等監官不考。凡內外官彈章，稽其功過，擬去留以請上裁。薦舉、保留，則核其政績旌異焉。
明初，設四部於中書省，分掌錢穀、禮儀、刑名、營造之務。洪武元年始置吏、戶、禮、兵、刑、工六部，設尚書、侍郎、郎中、員外郎、主事，仍隸中書省。六年，部設尚書二人，侍郎二人。吏部設總部、司勳、考功三屬部，部設郎中、員外郎各一人，主事各二人。十三年罷中書省，倣周官六卿之制，陞六部秩，各設尚書、侍郎一人。每部分四屬部，吏部屬部加司封。每屬部設郎中、員外郎、主事各一人，尋增侍郎一人。二十二年改總部為選部。二十九年定為文選、驗封、稽勳、考功四司幷五部屬，皆稱清吏司。建文中，改六部尚書為正一品，設左、右侍中正二品，位侍郎上，除去諸司清吏字。成祖初，悉復舊制。
永樂元年，以北平為北京，置北京行部尚書二人，侍郎四人，其屬置六曹清吏司。。後又分置六部，各稱行在某部。十八年定都北京，罷行部及六曹，以六部官屬移之北，不稱行在。其留南京者，加「南京」字。洪熙元年復置各部官屬於南京，去「南京」字，而以在北京者加「行在」字，仍置行部。宣德三年復罷行部。正統六年，於北京去「行在」字，於南京仍加「南京」字，遂為定制。景泰中，吏部嘗設二尚書。天順初，復罷其一。
按吏部尚書，表率百僚，進退庶官，銓衡重地，其禮數殊異，無與並者。永樂初，選翰林官入直內閣。其後大學士楊士奇等加至三孤，兼尚書銜，然品敍列尚書蹇義、夏原吉下。景泰中，左都御史王文陞吏部尚書，兼學士，入內閣，其班位猶以原銜為序次。自弘治六年二月，內宴，大學士邱濬遂以太子太保、禮部尚書，居太子太保、吏部尚書王恕之上。其後由侍郎、詹事入閣者，班皆列六部上矣。
戶部。尚書一人，左、右侍郎各一人，其屬，司務廳，司務二人，浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三清吏司，各郎中一人，員外郎一人，主事二人，照磨所，照磨一人，檢校一人，所轄，寶鈔提舉司，提舉一人，副提舉一人，典史一人，鈔紙局，大使、副使各一人，印鈔局，大使、副使各一人，寶鈔廣惠庫，大使一人，副使二人，廣積庫，大使一人，副使一人，典史一人，贓罰庫，大使一人，副使二人，甲字、乙字、丙字、丁字、戊字庫，大使五人，副使六人，廣盈庫，大使一人，副使二人，外承運庫，大使二人，副使二人，承運庫，大使一人，副使一人，行用庫，大使、副使各一人，太倉銀庫，大使、副使各一人，御馬倉，大使一人，副使一人。軍儲倉，大使一人，副使一人，長安、東安、西安、北安門倉，各副使一人，張家灣鹽倉檢校批驗所，大使、副使各一人，
尚書掌天下戶口、田賦之政令。侍郎貳之。稽版籍、歲會、賦役實徵之數，以下所司。十年攢黃冊，差其戶上下畸零之等，以周知其登耗。凡田土之侵占、投獻、詭寄、影射有禁，人戶之隱漏、逃亡、朋充、花分有禁，繼嗣、婚姻不如令有禁。皆綜覈而糾正之。天子耕耤，則尚書進耒耜。以墾荒業貧民，以占籍附流民，以限田裁異端之民，以圖帳抑兼幷之民，以樹藝課農官，以芻地給馬牧，以召佃盡地利，以銷豁清賠累，以撥給廣恩澤，以給除差優復，以鈔錠節賞賚，以讀法訓吏民，以權量和市糴，以時估平物價，以積貯之政恤民困，以山澤、陂池、關市、坑冶之政佐邦國，贍軍輸，以支兌、改兌之規利漕運，以蠲減、振貸、均糴、捕蝗之令憫災荒，以輸轉、屯種、糴買、召納之法實邊儲，以祿廩之制馭貴賤。
條為四科：曰民科，主所屬省府州縣地理、人物、圖志、古今沿革、山川險易、土地肥瘠寬狹、戶口物產多寡登耗之數；曰度支，主會計夏稅、秋糧、存留、起運及賞賚、祿秩之經費；曰金科，主市舶、魚鹽、茶鈔稅課，及贓罰之收折；曰倉科，主漕運、軍儲出納料糧。
初，洪武元年置戶部。六年設尚書二人，侍郎二人。分為五科：一科，二科，三科，四科，總科。每科設郎中、員外郎各一人，主事四人。惟總科郎中、員外郎各二人，主事五人。八年，中書省奏戶、刑、工三部事繁，戶部五科，每科設尚書、侍郎各一人，郎中、員外郎各二人，主事五人，內會總科主事六人，外牽照科主事二人，司計四人，照磨二人，管勾一人。又置在京行用庫，隸戶部。十三年陞部秩，定設尚書一人，侍郎二人。分四屬部：總部，度支部，金部，倉部。每部郎中、員外郎各一人。總部主事四人，度支部、金部主事各三人，倉部主事二人。尋罷在京行用庫。二十二年改總部為民部。二十三年又分四部為河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部。部設郎中、員外郎各一人，主事二人，各領一布政司戶口、錢糧等事，量其繁簡，帶管京畿。每一部內仍分四科管理。又置照磨、檢校各一人，稽文書出入之數，而程督之。
永樂元年改北平司為北京司。十八年革北京司，設雲南、貴州、交阯三清吏司。宣德十年革交阯司，定為十三司。其後歸併職掌。凡宗室、勳戚、文武官吏之廩祿，陝西司兼領之。北直隸府州衞所，福建司兼領之。南直隸府州衞所，四川司兼領之。天下鹽課，山東司兼領之。關稅，貴州司兼領之。漕運及臨、德諸倉，雲南司兼領之。御馬、象房諸倉，廣西司兼領之。
總督倉場一人，掌督在京及通州等處倉場糧儲。洪武初，置軍儲倉二十所，各設官司其事。永樂中，遷都北京，置京倉及通州諸倉，以戶部司員經理之。宣德五年始命李昶為戶部尚書，專督其事，遂為定制。以後，或尚書，或侍郎，俱不治部事。嘉靖十五年又命兼督西苑農事。隆慶初，罷兼理。萬曆二年另撥戶部主事一人陪庫，每日偕管庫主事收放銀兩，季終更替。九年裁革，命本部侍郎分理之。十一年復設。二十五年以右侍郎張養蒙督遼餉。四十七年增設督餉侍郎。天啟五年又增設督理錢法侍郎。
儀制分掌諸禮文、宗封、貢舉、學校之事。天子即位，天子冠、大婚，冊立皇太子、妃嬪、太子妃，上慈宮徽號，朝賀、朝見，大饗、宴饗，大射、宴射，則舉諸儀注條上之。若經筵、日講、耕耤、視學、策士、傳臚、巡狩、親征、進曆、進春、獻俘、奏捷，若皇太子出閤、監國，親王讀書、之藩，皇子女誕生、命名，以及百官、命婦朝賀皇太子、后妃之禮，與諸王國之禮，皆頒儀式於諸司。
凡傳制、誥，開讀詔、敕、表、箋及上下百官往來移文，皆授以程式焉。凡歲請封宗室王、郡王、將軍、中尉、妃、主、君，各以其親疏為等。百官於宗王，具官稱名而不臣。王臣稱臣於其王。凡宗室、駙馬都尉、內命婦、蕃王之誥命，則會吏部以請。凡諸司之印信，領其制度。刓敝則換給之。
祠祭分掌諸祀典及天文、國恤、廟諱之事。凡祭有三，曰天神、地祇、人鬼。辨其大祀、中祀、小祀而敬供之。飭其壇壝、祠廟、陵寢而數省閱之。蠲其牢醴、玉帛、粢羹、水陸瘞燎之品，第其配侑、從食、功德之上下而秩舉之。天下神祇在祀典者，則稽諸令甲，播之有司，以時謹其祀事。督日官頒曆象於天下。日月交食，移內外諸司救護。有災異即奏聞，甚者乞祭告修省。
凡喪葬、祭祀，貴賤有等，皆定其程則而頒行之。凡諡，帝后妃、太子、太子妃親王郡王以字為差。勳戚、文武大臣請葬祭贈諡，必移所司，覈行能，傅公論，定議以聞。其侍從勤勞、忠諫死者，官品未應諡，皆得特賜。凡帝后愍忌，祀於陵，輟朝不廢務。凡天文、地理、醫藥、卜筮、師巫、音樂、僧道人，並籍領之，有興造妖妄者罪無赦。
主客分掌諸蕃朝貢接待給賜之事。諸蕃朝貢，辨其貢道、貢使、貢物遠近多寡豐約之數，以定王若使迎送、宴勞、廬帳、食料之等，賞賚之差。凡貢必省閱之，然後登內府，有附載物貨，則給直。若蕃國請嗣封，則遣頒冊於其國。使還，上其風土、方物之宜，贈遺禮文之節。諸蕃有保塞功，則授敕印封之。各國使人往來，有誥敕則驗誥敕，有勘籍則驗勘籍，毋令闌入。土官朝貢，亦驗勘籍。其返，則以鏤金敕諭行之，必與銅符相比。凡審言語，譯文字，送迎館伴，考稽四夷館譯字生、通事之能否，而禁飭其交通漏泄。凡朝廷賜賚之典，各省土物之貢，咸掌之。
精膳分掌宴饗、牲豆、酒膳之事。凡御賜百官禮食，曰宴，曰酒飯，為上中下三等，視其品秩。蕃使、土官有宴，有下程，皆辨其等。親王之藩，王、公、將軍來朝，及其使人，亦如之。凡膳羞、酒醴、品料，光祿是供，會其數，而程其出納焉。凡廚役，僉諸民，以給使於太常、光祿；年深者，得選充王府典膳。凡歲藏冰、出冰，移所司謹潔之。
初，洪武元年置禮部。六年設尚書二人，侍郎二人。分四屬部：總部，祠部，膳部，主客部。每部設郎中、員外郎各一人，主事各三人。十三年陞部秩，設尚書、侍郎各一人，每屬部設郎中、員外郎、主事各一人。尋復增置侍郎一人。二十二年改總部為儀部。二十九年改儀部、祠部、膳部為儀制、祠祭、精膳，惟主客仍舊，俱稱為清吏司。
按周宗伯之職雖掌邦禮，而司徒既掌邦教，所謂禮者，僅鬼神祠祀而已。至合典樂典教，內而宗藩，外而諸蕃，上自天官，下逮醫師、膳夫、伶人之屬，靡不兼綜，則自明始也。成、弘以後，率以翰林儒臣為之。其由此登公孤任輔導者，蓋冠於諸部焉。
歲凡六選。有世官，有流官。世官九等，皆有襲職，有替職。其幼也，有優給。其不得世也，有減革，有通革。流官八等，以世官陞授，或由武舉用之，皆不得世。即有世者，出特恩。非真授者曰署職，曰試職，曰納職。戰功二等：奇功為上，頭功次之。首功四等：迤北為大，遼東次之，西番、苗蠻又次之，內地反寇又次之。
凡除授出自中旨者，必覆奏然後行之。以貼黃徵圖狀，以初績徵誥敕，以効功課將領，以比試練卒徒，以優養恩故絕，以褒恤勵死戰，以寄祿馭恩倖，以殺降、失陷、避敵、激叛之法肅軍機，以典刑、敗倫、行劫、退陣之科斷世祿。
職方掌輿圖、軍制、城隍、鎮戍、簡練、征討之事。凡天下地里險易遠近，邊腹疆界，俱有圖本，三歲一報，與官軍車騎之數偕上。凡軍制內外相維，武官不得輒下符徵發。自都督府，都指揮司，留守司，內外衞守禦、屯田、羣牧千戶所，儀衞司，土司，諸番都司衞所，各統其官軍及其部落，以聽征調、守衞、朝貢、保塞之令。以時修浚其城池而閱視之。凡鎮戍將校五等：曰鎮守，曰協守，曰分守，曰守備，曰備倭。皆因事增置，視地險要，設兵屯戍之。凡京營操練，統以文武大臣，皆科道官巡視之。若將軍營練，將軍四衞營練，及勇士、幼官、舍人等營練，則討其軍實，稽其什伍，察其存逸閒否，以教其坐作、進退、疾徐、疏數之節，金鼓、麾旗之號。征討請命將出師，懸賞罰，調兵食，紀功過，以黜陟之。以堡塞障邊徼，以烽火傳聲息，以關津詰姦細，以緝捕弭盜賊，以快壯簡鄉民，以勾解、收充、抽選、併豁、疏放、存恤之法整軍伍。
車駕掌鹵簿、儀仗、禁衞、驛傳、廐牧之事。凡鹵簿大駕，大典禮、大朝會設之；丹陛駕，常朝設之；武陳駕，世宗南巡時設之。皆辨其物數，以授所司。慈宮、中宮之鹵簿，東宮、宗藩之儀仗，亦如之。凡侍衞，御殿全直，常朝番直，守衞、親軍衞，畫前、後、左、右四門為四行，而日夜巡警之。凡郵傳，在京師曰會同館，在外曰驛，曰遞運所，皆以符驗關券行之。凡馬政，其專理者，太僕、苑馬二寺，稽其簿籍，以時程其登耗，惟內廐不會。
武庫掌戎器、符勘、尺籍、武學、薪隸之事。凡內外官軍有征行，移工部給器仗，籍紀其數，制敕下各邊徵發。及使人出關，必驗勘合。軍伍缺，下諸省府州縣勾之。以跟捕、紀錄、開戶、給除、停勾之法，覈其召募、垜集、罪謫、改調營丁尺籍之數。凡武職幼官，及子弟未嗣官者，於武學習業，以主事一人監督之。考稽學官之賢否、肄習之勤怠以聞。諸司官署供應有柴薪，直衙有皁隸，視官品為差。
初，洪武元年置兵部。六年增尚書一人，侍郎一人。置總部、駕部幷職方三部，設郎中、員外郎、主事，如吏部之數。十三年陞部秩，設尚書、侍郎各一人，又增置庫部為四屬部，部設郎中、員外郎、主事各一人。十五年增試侍郎一人。二十二年改總部為司馬部。二十九年定改四部為武選、職方、車駕、武庫四清吏司。景泰中，增設尚書一人，協理部事，天順初罷。隆慶四年添注侍郎二人，尋罷。萬曆末年復置。
協理京營戎政一人，掌京營操練之事。永樂初，設三大營，總於武將。景泰元年始設提督團營，命兵部尚書于謙兼領之，後罷。成化三年復設，率以本部尚書或都御史兼之。嘉靖二十年始命尚書劉天和輟部務，另給關防，專理戎政。二十九年以「總督京營戎政」之印畀仇鸞，而改設本部侍郎協理戎政，不給關防。萬曆九年裁革，十一年復設。天啟初，增設協理一人，尋革。崇禎二年復增一人，以庶吉士劉之綸為兵部侍郎充之。
刑部。尚書一人，左、右侍郎各一人，其屬，司務廳，司務二人。浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南十三清吏司，各郎中一人，員外郎一人，主事二人。照磨所，照磨，檢校各一人。司獄司，司獄六人。
照磨、檢校，照刷文卷，計錄贓贖。司獄，率獄吏，典囚徒。凡軍民、官吏及宗室、勳戚麗於法者，詰其辭，察其情偽，傅律例而比議其罪之輕重以請。詔獄必據爰書，不得逢迎上意。凡有殊旨、別敕、詔例、榜例，非經請議著為令甲者，不得引比。凡死刑，即決及秋後決，並三覆奏。兩京、十三布政司，死罪囚歲讞平之。五歲請敕遣官，審錄冤滯。霜降錄重囚，會五府、九卿、科道官共錄之。矜疑者戍邊，有詞者調所司再問，比律者監候。夏月熱審，免笞刑，減徒、流，出輕繫。遇歲旱，特旨錄囚亦如之。凡大祭止刑。凡贖罪，視罪輕重，斬、絞、雜犯、徒末減者，聽收贖。詞訴必自下而上，有事重而迫者，許擊登聞鼓。四方有大獄，則受命往鞫之。四方決囚，遣司官二人往涖。凡斷獄，歲疏其名數以聞，曰歲報；月上其拘釋存亡之數，曰月報。獄成，移大理寺覆審，必期平允。凡提牢，月更主事一人，修葺囹圄，嚴固扃鑰，省其酷濫，給其衣糧。囚病，許家人入視，脫械鎖醫藥之。簿錄俘囚，配沒官私奴婢，咸籍知之。官吏有過，並紀錄之。歲終請湔滌之。以名例攝科條，以八字括辭議，以五服參情法，以墨涅識盜賊。籍產不入塋墓，籍財不入度支，宗人不即市，宮人不即獄，悼耄疲癃不即訊。
洪武元年置刑部。六年增尚書、侍郎各一人。設總部、比部、都官部、司門部，部設郎中、員外郎各二人，惟都官各一人。總部、比部主事各六人，都官、司門主事各四人。八年，以部事浩繁，增設四科，科設尚書、侍郎、郎中各一人，員外郎二人，主事五人。十三年陞部秩，設尚書一人，侍郎一人，仍分四屬部，部設郎中、員外郎各一人，總部、比部主事各四人，都官、司門主事各二人，尋增侍郎一人。二十二年改總部為憲部。二十三年分四部為河南、北平、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建十二部，部各設官，如戶部之制。二十九年改為十二清吏司。永樂元年以北平為北京。十九年革北京司，增置雲南、貴州、交阯三司。宣德十年革交阯司，遂定為十三清吏司。
工部。尚書一人，左、右侍郎各一人，其屬，司務廳，司務二人，營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司，各郎中一人，員外郎一人，主事二人。所轄，營繕所，所正一人，所副二人，所丞二人。文思院，大使一人，副使二人。皮作局，大使一人，副使二人。鞍轡局，大使一人。副使一人，寶源局，大使一人，副使一人。顏料局，大使一人。軍器局，大使一人，副使二人。節慎庫，大使一人。織染所、雜造局，大使一人，副使一人。廣積、通積、盧溝穚、通州、白河各抽分竹木局，大使各一人，副使各一人。大通關提舉司，提舉一人，副提舉二人，典史一人。柴炭司，大使一人，副使一人。
營繕典經營興作之事。凡宮殿、陵寢、城郭、壇場、祠廟、倉庫、廨宇、營房、王府邸第之役，鳩工會材，以時程督之。凡鹵簿、儀仗、樂器，移內府及所司，各以其職治之，而以時省其堅潔，而董其窳濫。凡置獄具，必如律。凡工匠二等：曰輪班，三歲一役，役不過三月，皆復其家；曰住坐，月役一旬，有稍食。工役二等，以處罪人輸作者，曰正工，曰雜工。雜工三日當正工一日，皆視役大小而撥節之。凡物料儲偫，曰神木廠，曰大木廠，以蓄材木，曰黑窰廠，曰琉璃廠，以陶瓦器，曰臺基廠，以貯薪葦，皆籍其數以供修作之用。
虞衡典山澤採捕、陶冶之事。凡鳥獸之肉、皮革、骨角、羽毛，可以供祭祀、賓客、膳羞之需，禮器、軍實之用，歲下諸司採捕。水課禽十八、獸十二，陸課獸十八、禽十二，皆以其時。冬春之交，罝罛不施川澤；春夏之交，毒藥不施原野。苗盛禁蹂躪，穀登禁焚燎。若害獸，聽為陷穽獲之，賞有差。凡諸陵山麓，不得入斧斤、開窰冶、置墓墳。凡帝王、聖賢、忠義、名山、岳鎮、陵墓、祠廟有功德於民者，禁樵牧。凡山場、園林之利，聽民取而薄征之。凡軍裝、兵械，下所司造，同兵部省之，必程其堅緻。凡陶甄之事，有歲供，有暫供，有停減，籍其數，會其入，毋輕毀以費民。凡諸冶，飭其材，審其模範，付有司。錢必準銖兩，進於內府而頒之。牌符、火器，鑄於內府，禁其以法式洩於外。凡顏料，非其土產不以征。
都水典川澤、陂池、橋道、舟車、織造、券契、量衡之事。水利曰轉漕，曰灌田。歲儲其金石、竹木、卷埽，以時修其閘壩、洪淺、堰圩、隄防，謹蓄洩以備旱潦，無使壞田廬、墳隧、禾稼。舟楫、磑碾者不得與灌田爭利，灌田者不得與轉漕爭利。凡諸水要會，遣京朝官專理，以督有司。役民必以農隙，不能至農隙，則僝功成之。凡道路、津梁，時其葺治。有巡幸及大喪、大禮，則修除而較比之。凡舟車之制，曰黃船，以供御用，曰遮洋船，以轉漕於海，曰淺船，以轉漕於河，曰馬船、曰風快船，以供送官物，曰備倭船、曰戰船，以禦寇賊，曰大車，曰獨轅車，曰戰車，皆會其財用，酌其多寡、久近、勞逸而均劑之。凡織造冕服、誥敕、制帛、祭服、淨衣諸幣布，移內府、南京、浙江諸處，周知其數而慎節之。凡公、侯、伯鐵券，差其高廣。凡祭器、冊寶、乘輿、符牌、雜器皆會則於內府。凡度量、權衡，謹其校勘而頒之，懸式於市，而罪其不中度者。
屯田典屯種、抽分、薪炭、夫役、墳塋之事。凡軍馬守鎮之處，其有轉運不給，則設屯以益軍儲。其規辦營造、木植、城磚、軍營、官屋及戰衣、器械、耕牛、農具之屬。凡抽分征諸商，視其財物各有差。凡薪炭，南取洲汀，北取山麓，或徵諸民，有本、折色，酌其多寡而撙節之。夫役伐薪、轉薪，皆僱役。凡墳塋及堂碑、碣獸之制，第宗室、勳戚、文武官之等而定其差。
洪武初，置工部及官屬，以將作司隸焉。六年增尚書、侍郎各一人，設總部、虞部、水部幷屯田為四屬部。總部設郎中、員外郎各二人，餘各一人。總部主事八人，餘各四人。又置營造提舉司。八年增立四科，科設尚書、侍郎、郎中各一人，員外郎二人，主事五人，照磨二人。十年罷將作司。十三年定官制，設尚書一人，侍郎一人，四屬部各郎中、員外郎一人，主事二人。十五年增侍郎一人。二十二年改總部為營部。二十五年置營繕所。二十九年又改四屬部為營繕、虞衡、都水、屯田四清吏司。嘉靖後添設尚書一人，專督大工。
提督易州山廠一人，掌督御用柴炭之事。明初，於沿江蘆洲幷龍江、瓦屑二場，取用柴炭。永樂間，遷都於北，則於白羊口、黃花鎮、紅螺山等處採辦。宣德四年始設易州山廠，專官總理。景泰間，移於平山，又移於滿城，相繼以本部尚書或侍郎督廠事。天順元年仍移於易州。嘉靖八年罷革，改設主事管理。
