明成祖肇建北京，轉漕東南，水陸兼輓，仍元人之舊，參用海運。逮會通河開，海陸並罷。南極江口，北盡大通橋，運道三千餘里。綜而計之，自昌平神山泉諸水，匯貫都城，過大通橋，東至通州入白河者，大通河也。自通州而南至直沽，會衞河入海者，白河也。自臨清而北至直沽，會白河入海者，衞水也。自汶上南旺分流，北經張秋至臨清，會衞河，南至濟寧天井閘，會泗、沂、洸三水者，汶水也。自濟寧出天井閘，與汶合流，至南陽新河，舊出茶城，會黃、沁後出夏鎮，循泇河達直口，入黃濟運者，泗、洸、小沂河及山東泉水也。自茶城秦溝，南歷徐、呂，浮邳，會大沂河，至清河縣入淮後，從直河口抵清口者，黃河水也。自清口而南，至於瓜、儀者，淮、揚諸湖水也。過此則長江矣。長江以南，則松、蘇、浙江運道也。淮、揚至京口以南之河，通謂之轉運河，而由瓜、儀達淮安者，又謂之南河，由黃河達豐、沛曰中河，由山東達天津曰北河，由天津達張家灣曰通濟河，而總名曰漕河。其踰京師而東若薊州，西北若昌平，皆嘗有河通，轉漕餉軍。
閘漕者，即會通河，北至臨清，與衞河會，南出茶城口，與黃河會，資汶、洸、泗水及山東泉源。泉源之派有五。曰分水者，汶水派也，泉百四十有五。曰天井者，濟河派也，泉九十有六。曰魯橋者，泗河派也，泉二十有六。曰沙河者，新河派也，泉二十有八。曰邳州者，沂河派也，泉十有六。諸泉所匯為湖，其浸十五。曰南旺，東西二湖，周百五十餘里，運渠貫其中。北曰馬蹋，南曰蜀山，曰蘇魯。又南曰馬場。又南八十里曰南陽，亦曰獨山，周七十餘里。北曰安山，周八十三里。南曰大、小昭陽，大湖袤十八里，小湖殺三之一，周八十餘里。由馬家橋留城閘而南，曰武家，曰赤山，曰微山，曰呂孟，曰張王諸湖，連注八十里，引薛河由地浜溝出，會於赤龍潭，並趨茶城。自南旺分水北至臨清三百里，地降九十尺，為閘二十有一；南至鎮口三百九十里，地降百十有六尺，為閘二十有七。其外又有積水、進水、減水、平水之閘五十有四。又為壩二十有一，所以防運河之洩，佐閘以為用者也。其後開泇河二百六十里，為閘十一，為壩四。運舟不出鎮口，與黃河會於董溝。
河漕者，即黃河。上自茶城與會通河會，下至清口與淮河會。其道有三：中路曰濁河，北路曰銀河，南路曰符離河。南近陵，北近運，惟中路去陵遠，於運有濟。而河流遷徙不常，上流苦潰，下流苦淤。運道自南而北，出清口，經桃、宿，溯二洪，入鎮口，陟險五百餘里。自二洪以上，河與漕不相涉也。至泇河開而二洪避，董溝闢而直河淤，運道之資河者二百六十里而止，董溝以上，河又無病於漕也。
湖漕者，由淮安抵揚州三百七十里，地卑積水，匯為澤國。山陽則有管家、射陽，寶應則有白馬、汜光，高郵則有石臼、甓社、武安、邵伯諸湖。仰受上流之水，傍接諸山之源，巨浸連亙，由五塘以達於江。慮淮東侵，築高家堰拒其上流，築王簡、張福二堤禦其分洩。慮淮侵而漕敗，開淮安永濟、高郵康濟、寶應弘濟三月河以通舟。至揚子灣東，則分二道：一由儀真通江口，以漕上江湖廣、江西；一由瓜洲通西江嘴，以漕下江兩浙。本非河道，專取諸湖之水，故曰湖漕。
太祖初起大軍北伐，開蹋場口、耐牢坡，通漕以餉梁、晉。定都應天，運道通利：江西、湖廣之粟，浮江直下；浙西、吳中之粟，由轉運河；鳳、泗之粟，浮淮；河南、山東之粟，下黃河。嘗由開封運粟，泝河達渭，以給陝西，用海運以餉遼卒，有事於西北者甚鮮。淮、揚之間，築高郵湖堤二十餘里，開寶應倚湖直渠四十里，築堤護之。他小修築，無大利害也。
永樂四年，成祖命平江伯陳瑄督轉運，一仍由海，而一則浮淮入河，至陽武，陸輓百七十里抵衞輝，浮於衞，所謂陸海兼運者也。海運多險，陸輓亦艱。九年二月乃用濟寧州同知潘叔正言，命尚書宋禮、侍郎金純、都督周長濬會通河。會通河者，元轉漕故道也，元末已廢不用。洪武二十四年，河決原武，漫安山湖而東，會通盡淤，至是復之。由濟寧至臨清三百八十五里，引汶、泗入其中。泗出泗水陪尾山，四泉並發，西流至兗州城東，合於沂。汶河有二。小汶河出新泰宮山下。大汶河出泰安仙臺嶺南，又出萊蕪原山陰及寨子村，俱至靜豐鎮合流，遶徂徠山陽，而小汶河來會。經寧陽北堈城，西南流百餘里，至汶上。其支流曰洸河，出堈城西南，流三十里，會寧陽諸泉，經濟寧東，與泗合。元初，畢輔國始於堈城左汶水陰作斗門，導汶入洸。至元中，又分流北入濟，由壽張至臨清，通漳、御入海。
南旺者，南北之脊也。自左而南，距濟寧九十里，合沂、泗以濟；自右而北，距臨清三百餘里，無他水，獨賴汶。禮用汶上老人白英策，築壩東平之戴村，遏汶使無入洸，而盡出南旺，南北置閘三十八。又開新河，自汶上袁家口左徙五十里至壽張之沙灣，以接舊河。其秋，禮還，又請疏東平東境沙河淤沙三里，築堰障之，合馬常泊之流入會通濟運。又於汶上、東平、濟寧、沛縣並湖地設水櫃、陡門。在漕河西者曰水櫃，東者曰陡門，櫃以蓄泉，門以洩漲。純復濬賈魯河故道，引黃水至塌場口會汶，經徐、呂入淮。運道以定。
其後，宣宗時，嘗發軍民十二萬，濬濟寧以北自長溝至棗林閘百二十里，置閘諸淺，濬湖塘以引山泉。正統時，濬滕、沛淤河，又於濟寧、滕三州縣疏泉置閘，易金口堰土壩為石，蓄水以資會通。景帝時，增置濟寧抵臨清減水閘。天順時，拓臨清舊閘，移五十丈。憲宗時，築汶上、濟寧決堤百餘里，增南旺上、下及安山三閘。命工部侍郎杜謙勘治汶、泗、洸諸泉。武宗時，增置汶上袁家口及寺前舖石閘，濬南旺淤八十里，而閘漕之治詳。惟河決則挾漕而去，為大害。
陳瑄之督運也，於湖廣、江西造平底淺船三千艘。二省及江、浙之米皆由江以入，至淮安新城，盤五壩過淮。仁、義二壩在東門外東北，禮、智、信三壩在西門外西北，皆自城南引水抵壩口，其外即淮河。清江浦者，直淮城西，永樂二年嘗一修閘。其口淤塞，則漕船由二壩，官民商船由三壩入淮，輓輸甚勞苦。瑄訪之故老，言：「淮城西管家湖西北，距淮河鴨陳口僅二十里，與清江口相值，宜鑿為河，引湖水通漕，宋喬維嶽所開沙河舊渠也。」瑄乃鑿清江浦，導水由管家湖入鴨陳口達淮。十三年五月，工成。緣西湖築堤亙十里以引舟。淮口置四閘，曰移風、清江、福興、新莊。以時啟閉，嚴其禁。並濬儀真、瓜洲河以通江湖，鑿呂梁、百步二洪石以平水勢，開泰州白塔河以達大江。築高郵河堤，堤內鑿渠四十里。久之，復置呂梁石閘，並築寶應、汜光、白馬諸湖堤，堤皆置涵洞，互相灌注。是時淮上、徐州、濟寧、臨清、德州皆建倉轉輸。濱河置舍五百六十八所，舍置淺夫。水澀舟膠，俾之導行。增置淺船三千餘艘。設徐、沛、沽頭、金溝、山東、穀亭、魯橋等閘。自是漕運直達通州，而海陸運俱廢。
宣德六年用御史白圭言，濬金龍口，引河水達徐州以便漕。末年至英宗初，再濬，並及鳳池口水，徐、呂二洪，西小河，而會通安流，自永、宣至正統間凡數十載。至十三年，河決滎陽，東衝張秋，潰沙灣，運道始壞。命廷臣塞之。
景泰三年五月，堤工乃完。未匝月而北馬頭復決，掣漕流以東。清河訓導唐學成言：「河決沙灣，臨清告涸。地卑堤薄，黃河勢急，故甫完堤而復決也。臨清至沙灣十二閘，有水之日，其勢甚陡。請於臨清以南濬月河通舟，直抵沙灣，不復由閘，則水勢緩而漕運通矣。」帝即命學成與山東巡撫洪英相度。工部侍郎趙榮則言：「沙灣抵張秋岸薄，故數決。請於決處置減水石壩，使東入鹽河，則運河之水可蓄。然後厚堤岸，填決口，庶無後患。」
明年四月，決口方畢工，而減水壩及南分水墩先敗，已復盡衝墩岸橋梁，決北馬頭，掣漕水入鹽河，運舟悉阻。教諭彭塤請立閘以制水勢，開河以分上流。御史練綱上其策。詔下尚書石璞。璞乃鑿河三里，以避決口，上下與運河通。是歲，漕舟不前者，命漕運總兵官徐恭姑輸東昌、濟寧倉。及明年，運河膠淺如故。恭與都御史王竑言：「漕舟蟻聚臨清上下，請亟敕都御史徐有貞築塞沙灣決河。」有貞不可，而獻上三策，請置水閘，開分水河，挑運河。
六年三月詔羣臣集議方略。工部尚書江淵等請用官軍五萬以濬運。有貞恐役軍費重，請復陳瑄舊制，置撈淺夫，用沿河州縣民，免其役。五月，濬漕工竣。七月，沙灣決口工亦竣，會通復安。都御史陳泰一濬淮、揚漕河，築口置壩。黃河嘗灌新莊閘至清江浦三十餘里，淤淺阻漕，稍稍濬治，即復其舊。英宗初，命官督漕，分濟寧南北為二，侍郎鄭辰治其南，副都御史賈諒治其北。
弘治二年，河復決張秋，衝會通河，命戶部侍郎白昂相治。昂奏金龍口決口已淤，河幷為一大支，由祥符合沁下徐州而去。其間河道淺隘，宜於所經七縣築堤岸以衞張秋。下工部議，從其請。昂又以漕船經高郵甓社湖多溺，請於堤東開複河四十里以通舟。越四年，河復決數道入運河，壞張秋東堤，奪汶水入海，漕流絕。時工部侍郎陳政總理河道，集夫十五萬，治未效而卒。
七年春，副都御史劉大夏奉敕往治決河。夏半，漕舟鱗集，乃先自決口西岸鑿月河以通漕。經營二年，張秋決口就塞，復築黃陵岡上流。於是河復南下，運道無阻。乃改張秋曰安平鎮，建廟賜額曰顯惠神祠，命大學士王鏊紀其事，勒於石。而白昂所開高郵複河亦成，賜名康濟，其西岸以石甃之。又甃高郵堤，自杭家閘至張家鎮凡三十里。高郵堤者，洪武時所築也。陳瑄因舊增築，延及寶應，土人相沿謂之老堤。正統三年易土以石。成化時，遣官築重堤於高郵、邵伯、寶應、白馬四湖老堤之東。而王恕為總河，修淮安以南諸決堤，且濬淮、揚漕河。重湖壖民盜決溉田之罰，造閘䃮以儲湖水。及大夏塞張秋，而昂又開康濟，漕河上下無大患者二十餘年。
十六年，巡撫徐源言：「濟寧地最高，必引上源洸水以濟，其口在堈城石瀨之上。元時治閘作堰，使水盡入南旺，分濟南北運。成化間，易土以石。夫土堰之利，水小則遏以入洸，水大則閉閘以防沙壅，聽其漫堰西流。自石堰成，水遂橫溢，石堰既壞，民田亦衝。洸河沙塞，雖有閘門，壓不能啟。乞毀石復土，疏洸口壅塞以至濟寧，而築堈城迤西春城口子決岸。」帝命侍郎李鐩往勘，言：「堈城石堰，一可遏淤沙，不為南旺湖之害，一可殺水勢，不慮戴村壩之衝，不宜毀。近堰積沙，宜濬。堈城稍東有元時舊閘，引洸水入濟寧，下接徐、呂漕河。東平州戴村，則汶水入海故道也。自永樂初，橫築一壩，遏汶入南旺湖，漕河始通。今自分水龍王廟至天井閘九十里，水高三丈有奇，若洸河更濬而深，則汶流盡向濟寧而南，臨清河道必涸。洸口不可濬。堈城口至柳泉九十里，無關運道，可弗事。柳泉至濟寧，汶、泗諸水會流處，宜疏者二十餘里。春城口，外障汶水，內防民田，堤卑岸薄，宜與戴村壩並修築。」從之。正德四年十月，河決沛縣飛雲橋，入運。尋塞。
世宗之初，河數壞漕。嘉靖六年，光祿少卿黃綰論泉源之利，言：「漕河泉源皆發山東南旺、馬場、樊村、安山諸湖。泉水所鍾，亟宜修濬，且引他泉並蓄，則漕不竭。南旺、馬場堤外孫村地窪，若瀦為湖，改作漕道，尤可免濟寧高原淺澀之苦。」帝命總河侍郎章拯議。而拯以黃水入運，運船阻沛上，方為御史吳仲所劾。拯言：「河塞難遽通，惟金溝口迤北新衝一渠，可令運船由此入昭陽湖，出沙河板橋。其先阻淺者，則西歷雞塚寺，出廟道北口通行。」下部併議，未決。給事中張嵩言：「昭陽湖地庳，河勢高，引河灌湖，必致瀰漫，使湖道復阻。請罷拯，別推大臣。」部議如嵩言。拯再疏自劾，乞罷。不許。卒引運船道湖中。其冬，詔拯還京別敍，而命擇大臣督理。
諸大臣多進治河議。詹事霍韜謂：「前議役山東、河南丁夫數萬，疏濬淤沙以通運。然沙隨水下，旋濬旋淤。今運舟由昭陽湖入雞鳴臺至沙河，迂迴不過百里。若沿湖築堤，浚為小河，河口為閘，以待蓄洩，水溢可避風濤，水涸易為疏濬。三月而土堤成，一年而石堤成，用力少，取效速。黃河愈溢，運道愈利，較之役丁夫以浚淤土，勞逸大不侔也。」尚書李承勛謂：「於昭陽湖左別開一河，引諸泉為運道，自留城沙河為尤便。」與都御史胡世寧議合。七年正月，總河都御史盛應期奏如世寧策，請於昭陽湖東鑿新河，自江家口南出留城口，長百四十里，刻期六月畢工。工未半，而應期罷去，役遂已。其後三十年，朱衡始循其遺跡，濬而成之。是年冬，總河侍郎潘希曾加築濟、沛間東西兩堤，以拒黃河。
十九年七月，河決野雞岡，二洪涸。督理河漕侍郎王以旂請濬山東諸泉以濟運，且築長堤聚水，如閘河制。遂清舊泉百七十八，開新泉三十一。以旂復奏四事。一請以諸泉分隸守土官兼理其事，毋使堙塞。一請於境山鎮、徐、呂二洪之下，各建石閘，蓄水數尺以行舟，旁留月河以洩暴汛；築四木閘於武家溝、小河口、石城、匙頭灣，而置方船於沙坊等淺，以備撈濬。一言漕河兩岸有南旺、安山、馬場、昭陽四湖，名為水櫃，所以匯諸泉濟漕河也。豪強侵占，蓄水不多，而昭陽一湖淤成高地，大非國初設湖初意。宜委官清理，添置閘、壩、斗門，培築堤岸，多開溝渠，濬深河底，以復四櫃。一言黃河南徙，舊閘口俱塞，惟孫繼一口獨存。導河出徐州小浮橋，下徐、呂二洪，此濟運之大者。請於孫繼口多開一溝，及時疏瀹，庶二洪得濟。帝可其奏，而以管泉專責之部曹。
徐、呂二洪者，河漕咽喉也。自陳瑄鑿石疏渠，正統初，復濬洪西小河。漕運參將湯節又以洪迅敗舟，於上流築堰，逼水歸月河，河南建閘以蓄水勢。成化四年，管河主簿郭昇以大石築兩堤，錮以鐵錠，鑿外洪敗船惡石三百，而平築裏洪堤岸，又甃石岸東西四百餘丈。十六年增甃呂梁洪石堤、石壩二百餘丈，以資牽輓。及是建閘，行者益便之。
四十四年七月，河大決沛縣，漫昭陽湖，由沙河至二洪，浩渺無際，運道淤塞百餘里。督理河漕尚書朱衡循覽盛應期所鑿新河遺跡，請開南陽、留城上下。總河都御史潘季馴不可。衡言：「是河直秦溝，有所束隘。伏秋黃水盛，昭陽受之，不為壑也。」乃決計開濬，身自督工，重懲不用命者。給事中鄭欽劾衡故興難成之役，虐民倖功。朝廷遣官勘新舊河孰利。給事中何起鳴勘河還，言：「舊河難復有五，而新河之難成者亦有三。顧新河多舊堤高阜，黃水難侵，濬而通之，運道必利。所謂三難者，一以夏村迤北地高，恐難接水，然地勢高低，大約不過二丈，一視水平加深，何患水淺。一以三河口積沙深厚，水勢湍急，不無阻塞，然建壩攔截，歲一挑濬之，何患沙壅。一以馬家橋築堤，微山取土不便，又恐水口投埽，勢必不堅，然使委任得人，培築高厚，無必不可措力之理。開新河便。」下廷臣集議，言新河已有次第，不可止。況百中橋至留城白洋淺，出境山，疏濬補築，亦不全棄舊河，羣議俱合。帝意乃決。時大雨，黃水驟發，決馬家橋，壞新築東西二堤。給事中王元春、御史黃襄皆劾衡欺悞，起鳴亦變其說。會衡奏新舊河百九十四里俱已流通，漕船至南陽出口無滯。詔留衡與季馴詳議開上源、築長堤之便。
隆慶元年正月，衡請罷上源議，惟開廣秦溝，堅築南長堤。五月，新河成，西去舊河三十里。舊河自留城以北，經謝溝、下沽頭、中沽頭、金溝四閘，過沛縣，又經廟道口、湖陵城、孟陽、八里灣、穀亭五閘，而至南陽閘。新河自留城而北，經馬家橋、西柳莊、滿家橋、夏鎮、楊莊、硃梅、利建七閘，至南陽閘合舊河，凡百四十里有奇。又引鮎魚諸泉及薛河、沙河注其中，而設壩於三河之口，築馬家橋堤，遏黃水入秦溝，運道乃大通。未幾，鮎魚口山水暴決，沒漕艘。帝從衡請，自東邵開支河三道以分洩之，又開支河於東邵之上，歷東滄橋以達百中橋，鑿豸裏溝諸處為渠，使水入赤山湖，由之以歸呂孟湖，下境山而去。
衡召入為工部尚書，都御史翁大立代，上言：「漕河資泉水，而地形東高西下，非湖瀦之則涸，故漕河以東皆有壑。黃流逆奔，則以昭陽湖為散漫之區；山水東突，則以南陽湖為瀦蓄之地。宜由回回墓開通以達鴻溝，令穀亭、湖陵之水皆入昭陽湖，即濬鴻溝廢渠，引昭陽湖水沿渠東出留城。其湖地退灘者，又可得田數千頃。」大立又言：「薛河水湍悍，今盡注赤山湖，入微山湖以達呂孟湖，此尚書衡成績也。惟呂孟之南為邵家嶺，黃流填淤，地形高仰，秋水時至，翕納者小，浸淫平野，奪民田之利。微山之西為馬家橋，比草創一堤以開運道，土未及堅而時為積水所撼，以尋丈之址，二流夾攻，慮有傾圮。宜鑿邵家嶺，令水由地浜溝出境山以入漕河，則湖地可耕，湖堤不潰。更於馬家橋建減水閘，視旱澇為啟閉，乃通漕長策也。」並從之。
三年七月，河決沛縣，茶城淤塞，糧艘二千餘皆阻邳州。大立言：「臣按行徐州，循子房山，過梁山，至境山，入地浜溝，直趨馬家橋，上下八十里間，可別開一河以漕。」即所謂泇河也。請集廷議，上即命行之。未幾，黃落漕通，前議遂寢。時淮水漲溢，自清河至淮安城西淤三十餘里，決禮、信二壩出海，寶應湖堤多壞。山東諸水從直河出邳州。大立以聞。其冬，自淮安板閘至清河西湖嘴開濬垂成，而裏口復塞。督漕侍郎趙孔昭言：「清江一帶黃河五十里，宜築堰以防河溢；淮河高良澗一帶七十餘里，宜築堰以防淮漲。」帝令亟濬裏口，與大立商築堰事宜，幷議海口築塞及寶應月河二事。
四年六月，淮河及鴻溝境山疏濬工竣。大立方奏聞，諸水忽驟溢，決仲家淺，與黃河合，茶城復淤。未幾，自泰山廟至七里溝，淮河淤十餘里，其水從朱家溝旁出，至清河縣河南鎮以合於黃河。大立請開新莊閘以通回船，兼濬古睢河，洩二洪水，且分河自魚溝下草灣，保南北運道。帝命新任總河都御史潘季馴區畫。頃之，河大決邳州，睢寧運道淤百餘里。大立請開泇口、蕭縣二河。會季馴築塞諸決，河水歸正流，漕船獲通。大立、孔昭皆以遲悞漕糧削籍，開泇之議不果行。
五年四月，河復決邳州王家口，自雙溝而下，南北決口十餘，損漕船運軍千計，沒糧四十萬餘石，而匙頭灣以下八十里皆淤。於是膠、萊海運之議紛起。會季馴奏邳河功成，帝以漕運遲，遣給事中雒遵往勘。總漕陳炌及季馴俱罷官。
六年，從雒遵言，修築茶城至清河長堤五百五十里，三里一舖，舖十夫，設官畫地而守。又接築茶城至開封兩岸堤。從朱衡言，繕豐、沛大黃堤。衡又言：「漕河起儀真訖張家灣二千八百餘里，河勢凡四段，各不相同。清江浦以南，臨清以北，皆遠隔黃河，不煩用力。惟茶城至臨清，則閘諸泉為河，與黃相近。清河至茶城，則黃河即運河也。茶城以北，當防黃河之決而入；茶城以南，當防黃河之決而出。防黃河即所以保運河，故自茶城至邳、遷，高築兩堤，宿遷至清河，盡塞缺口，蓋以防黃水之出，則正河必淤，昨歲徐、邳之患是也。自茶城秦溝口至豐、沛、曹、單，創築增築以接縷水舊堤，蓋以防黃水之入，則正河必決，往年曹、沛之患是也。二處告竣，故河深水束，無旁決中潰之虞。沛縣之窑子頭至秦溝口，應築堤七十里，接古北堤。徐、邳之間，堤逼河身，宜於新堤外別築遙堤。」詔如其議，以命總河侍郎萬恭。
萬曆元年，恭言：「祖宗時造淺船近萬，非不知滿載省舟之便，以閘河流淺，故不敢過四百石也。其制底平、倉淺，底平則入水不深，倉淺則負載不滿。又限淺船用水不得過六拏，伸大指與食指相距為一拏，六拏不過三尺許，明受水淺也。今不務遵行，而競雇船搭運。雇船有三害，搭運有五害，皆病河道。請悉遵舊制。」從之。
恭又請復淮南平水諸閘，上言：「高、寶諸湖周遭數百里，西受天長七十餘河，徒恃百里長堤，若障之使無疏洩，是潰堤也。以故祖宗之法，徧置數十小閘於長堤之間，又為令曰『但許深湖，不許高堤』，故設淺船淺夫取湖之淤以厚堤。夫閘多則水易落而堤堅，濬勤則湖愈深而堤厚，意至深遠也。比年畏修閘之勞，每壞一閘即堙一閘，歲月既久，諸閘盡堙，而長堤為死障矣。畏濬淺之苦，每湖淺一尺則加堤一尺，歲月既久，湖水捧起，而高、寶為盂城矣。且湖漕勿堤與無漕同，湖堤勿閘與無堤同。陳瑄大置減水閘數十，湖水溢則瀉以利堤，水落則閉以利漕，最為完計。積久而減水故迹不可復得，湖且沈堤。請復建平水閘，閘欲密，密則水疏，無漲懣患；閘欲狹，狹則勢緩，無齧決虞。」尚書衡覆奏如其請。於是儀真、江都、高郵、寶應、山陽設閘二十三，濬淺凡五十一處，各設撈淺船二，淺夫十。
恭又言：「清江浦河六十里，陳瑄濬至天妃祠東，注於黃河。運艘出天妃口入黃穿清，特半餉耳。後黃漲，逆注入口，浦遂多淤。議者不制天妃口而遽塞之，令淮水勿與黃值。開新河以接淮河，曰『接清流勿接濁流，可不淤也』。不知黃河非安流之水，伏秋盛發，則西擁淮流數十里，幷灌新開河。彼天妃口，一黃水之淤耳。今淮、黃會於新開河口，是二淤也。防一淤，生二淤，又生淮、黃交會之淺。歲役丁夫千百，濬治方畢，水過復合。又使運艘迂八里淺滯而始達於清河，孰與出天妃口者之便且利？請建天妃閘，俾漕船直達清河。運盡而黃水盛發，則閉閘絕黃，水落則啟天妃閘以利商船。新河口勿濬可也。」乃建天妃廟口石閘。
恭又言：「由黃河入閘河為茶城，出臨清板閘七百餘里，舊有七十二淺。自創開新河，汶流平衍，地勢高下不甚相懸，七十淺悉為通渠。惟茶、黃交會間，運盛之時，正值黃河水落之候，高下不相接，是以有茶城黃家閘之淺，連年患之。祖宗時，嘗建境山閘，自新河水平，閘沒泥淖且丈餘。其閘上距黃家閘二十里，下接茶城十里，因故基累石為之，可留黃家閘外二十里之上流，接茶城內十里之下流，且挾二十里水勢，衝十里之狹流，蔑不勝矣。」乃復境山舊閘。
三年二月，總河都御史傅希摯請開泇河以避黃險，不果行。希摯又請濬梁山以下，與茶城互用，淤舊則通新而挑舊，淤新則通舊而挑新，築壩斷流，常通其一，以備不虞。詔從所請。工未成，而河決崔鎮，淮決高家堰，高郵湖決清水潭、丁志等口，淮城幾沒。知府邵元哲開菊花潭，以洩淮安、高、寶三城之水，東方芻米少通。
明年春，督漕侍郎張翀以築清水潭堤工鉅不克就，欲令糧船暫由圈子田以行。巡按御史陳功不可。河漕侍郎吳桂芳言：「高郵湖老堤，陳瑄所建。後白昂開月河，距湖數里，中為土堤，東為石堤，首尾建閘，名為康濟河。其中堤之西，老堤之東，民田數萬畝，所謂圈子田也。河湖相去太遠，老堤缺壞不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中堤潰壞，東堤獨受數百里湖濤，清水潭之決，勢所必至。宜遵弘治間王恕之議，就老堤為月河，但修東西二堤，費省而工易舉。」帝命如所請行之。是年，元哲修築淮安長堤，又疏鹽城石䃮口下流入海。
五年二月，高郵石堤將成，桂芳請傍老堤十數丈開挑月河。因言：「白昂康濟月河去老堤太遠，人心狃月河之安，忘老堤外捍之力。年復一年，不加省視，老、中二堤俱壞，而東堤不能獨存。今河與老堤近，則易於管攝。」御史陳世寶論江北河道，請於寶應湖堤補石堤以固其外，而於石堤之東復築一堤，以通月河，漕舟行其中。並議行。其冬，高郵湖土石二堤、新開漕河南北二閘及老堤加石、增護堤木城各工竣事。桂芳又與元哲增築山陽長堤，自板閘至黃浦亙七十里，閉通濟閘不用，而建興文閘，且修新莊諸閘，築清江浦南堤，創板閘漕堤，南北與新舊堤接。板閘即故移風閘也。堤、閘並修，淮、揚漕道漸固。
六年，總理河漕都御史潘季馴築高家堰，及清江浦柳浦灣以東加築禮、智二壩，修寶應、黃浦等八淺堤，高、寶減水閘四，又拆新莊閘而改建通濟閘於甘羅城南。明初運糧，自瓜、儀至淮安謂之裏河，自五壩轉黃河謂之外河，不相通。及開清江浦，設閘天妃口，春夏之交重運畢，即閉以拒黃。歲久法弛，閘不封而黃水入。嘉靖末，塞天妃口，於浦南三里溝開新河，設通濟閘以就淮水。已又從萬恭言，復天妃閘。未幾，又從御史劉光國言，增築通濟，自仲夏至季秋，隔日一放回空漕船。既而啟閉不時，淤塞日甚，開朱家口引清水灌之，僅通舟。至是改建甘羅城南，專向淮水，使河不得直射。
十年，督漕尚書凌雲翼以運船由清江浦出口多艱險，乃自浦西開永濟河四十五里，起城南窑灣，歷龍江閘，至楊家澗出武家墩，折而東，合通濟閘出口。更置閘三，以備清江浦之險。是時漕河就治，淮、揚免水災者十餘年。初，黃河之害漕也，自金龍口而東，則會通以淤。迨塞沙灣、張秋閘，漕以安，則徐、沛間數被其害。至崔鎮高堰之決，黃、淮交漲而害漕，乃在淮、揚間，湖潰則敗漕。季馴以高堰障洪澤，俾堰東四湖勿受淮侵，漕始無敗。而河漕諸臣懼湖害，日夜常惴惴。
十三年從總漕都御史李世達議，開寶應月河。寶應氾光湖，諸湖中最湍險者也，廣百二十餘里。槐角樓當其中，形曲如箕，瓦店翼其南，秤鈎灣翼其北。西風鼓浪，往住覆舟。陳瑄築堤湖東，蓄水為運道。上有所受，下無所宣，遂決為八淺，匯為六潭，興、鹽諸場皆沒。而淮水又從周家橋漫入，溺人民，害漕運。武宗末年，郎中楊最請開月河，部覆不從。嘉靖中，工部郎中陳毓賢、戶部員外范韶、御史聞人詮、運糧千戶李顯皆以為言，議行未果。至是，工部郎中許應逵建議，世達用其言以奏，乃決行之。濬河千七百餘丈，置石閘三，減水閘二，築堤九千餘丈，石堤三之一，子堤五千餘丈。工成，賜名弘濟。尋改石閘為平水閘。應逵又築高郵護城堤。其後，弘濟南北閘，夏秋淮漲，吞吐不及，舟多覆者。神宗季年，督漕侍郎陳荐於南北各開月河以殺河怒，而溜始平。
十五年，督漕侍郎楊一魁請修高家堰以保上流，砌范家口以制旁決，疏草灣以殺河勢，修禮壩以保新城。詔如其議。一魁又改建古洪閘。先是，汶、泗之水由茶城會黃河。隆慶間，濁流倒灌，稽阻運船，郎中陳瑛移黃河口於茶城東八里，建古洪、內華二閘，漕河從古洪出口。後黃水發，淤益甚。一魁既改古洪，帝又從給事中常居敬言，令增築鎮口閘於古洪外，距河僅八十丈，吐納益易，糧運利之。
工部尚書石星議季馴、居敬條上善後事宜，請分地責成：接築塔山縷堤，清江浦草壩，創築寶應西堤，石砌邵伯湖堤，疏濬裏河淤淺，當在淮、揚興舉；察復南旺、馬踏、蜀山、馬場四湖，建築坎河滾水壩，加建通濟、永通二閘，察復安山湖地，當在山東興舉。帝從其議。未幾，衆工皆成。
十九年，季馴言：「宿遷以南，地形西窪，請開縷堤放水。沙隨水入，地隨沙高，庶水患消而費可省。」又請易高家堰土堤為石，築滿家閘西攔河壩，使汶、泗盡歸新河。設減水閘於李家口，以洩沛縣積水。從之。十月，淮湖大漲，江都淳家灣石堤、邵伯南壩、高郵中堤、朱家墩、清水潭皆決。郎中黃曰謹築塞僅竣，而山陽堤亦決。
二十一年五月，恒雨。漕河汎溢，潰濟寧及淮河諸堤岸。總河尚書舒應龍議：築堽城壩，遏汶水之南，開馬踏湖月河口，導汶水之北。開通濟閘，放月河土壩以殺洶湧之勢。從其奏。數年之間，會通上下無阻，而黃、淮並漲，高堰及高郵堤數決害漕。應龍卒罷去。建議者紛紛，未有所定。
楊一魁代應龍為總河尚書，力主分黃導淮。治逾年，工將竣，又請決湖水以疏漕渠，言：「高、寶諸湖本沃壤也，自淮、黃逆壅，遂成昏墊。今入江入海之路既濬，宜開治涇河、子嬰溝、金灣河諸閘及瓜、儀二閘，大放湖水，就湖疏渠，與高、寶月河相接。既避運道風波之險，而水涸成田，給民耕種，漸議起科，可充河費。」命如議行。時下流既疏，淮水漸帖，而河方決黃堌口。督漕都御史褚鈇恐洩太多，徐、邳淤阻，力請塞之。一魁持不可，濬兩河口至小浮橋故道以通漕。然河大勢南徙，二洪漕屢涸，復大挑黃堌下之李吉口，挽黃以濟之，非久輒淤。
一魁入掌部事。二十六年，劉東星繼之，守一魁舊議，李吉口淤益高。歲冬月，即其地開一小河，春夏引水入徐州，如是者三年，大抵至秋即淤。乃復開趙家圈以接黃，開泇河以濟運。趙家圈旋淤，泇河未復，而東星卒。於是鳳陽巡撫都御史李三才建議自鎮口閘至磨兒莊倣閘河制，三十里一閘，凡建六閘於河中，節宣汶、濟之水，聊以通漕。漕舟至京，不復能如期矣。東星在事，開邵伯月河，長十八里，濶十八丈有奇，以避湖險。又開界首月河，長千八百餘丈。各建金門石閘二，漕舟利焉。
三十二年，總河侍郎李化龍始大開泇河，自直河至李家港二百六十餘里，盡避黃河之險。化龍憂去，總河侍郎曹時聘終其事，疏敍泇河之功，言：「舒應龍創開韓家莊以洩湖水，而路始通。劉東星大開良城、侯家莊以試行運，而路漸廣。李化龍上開李家港，鑿都水石，下開直河口，挑田家莊，殫力經營，行運過半，而路始開，故臣得接踵告竣。」因條上善後六事，運道由此大通。其後，每年三月開泇河壩，由直河口進，九月開召公壩入黃河，糧艘及官民船悉以為準。
四十四年，巡漕御史朱堦請修復泉湖，言：「宋禮築壩戴村，奪二汶入海之路，灌以成河，復導洙、泗、洸、沂諸水以佐之。汶雖率衆流出全力以奉漕，然行遠而竭，已自難支。至南旺，又分其四以南迎淮，六以北赴衞，力分益薄。況此水夏秋則漲，冬春而涸，無雨即夏秋亦涸。禮逆慮其不可恃，乃於沿河昭陽、南旺、馬踏、蜀山、安山諸湖設立斗門，名曰水櫃。漕河水漲，則瀦其溢出者於湖，水消則決而注之漕。積泄有法，盜決有罪，故旱澇恃以無恐。及歲久禁弛，湖淺可耕，多為勢豪所占，昭陽一湖已作藩田。比來山東半年不雨，泉欲斷流，按圖而索水櫃，茫無知者。乞敕河臣清核，亟築堤壩斗門以廣蓄儲。」帝從其請。
方議濬泉湖，而河決徐州狼矢溝，由蛤鰻諸湖入泇河，出直口，運船迎溜艱險。督漕侍郎陳荐開武河等口，洩水平溜。後二年，決口長淤沙，河始復故道。總河侍郎王佐加築月壩以障之。至泰昌元年冬，佐言：「諸湖水櫃已復，安山湖且復五十五里，誠可利漕。請以水櫃之廢興為河官殿最。」從之。
天啟元年，淮、黃漲溢，決裏河王公祠，淮安知府宋統殷、山陽知縣練國事力塞之。三年秋，外河復決數口，尋塞。是年冬，濬永濟新河。自凌雲翼開是河，未幾而閉。總河都御史劉士忠嘗開壩以濟運，已復塞。而淮安正河三十年未濬。故議先挑新河，通運船回空，乃濬正河，自許家閘至惠濟祠長千四百餘丈，復建通濟月河小閘，運船皆由正河，新河復閉。時王家集、磨兒莊湍溜日甚，漕儲參政朱國盛謀改濬一河以為漕計，令同知宋士中自泇口迤東抵宿遷陳溝口，復泝駱馬湖，上至馬頰河，往迴相度。乃議開馬家洲，且疏馬頰河口淤塞，上接泇流，下避劉口之險，又疏三汊河流沙十三里，開滔莊河百餘丈，濬深小河二十里，開王能莊二十里，以通駱馬湖口，築塞張家等溝數十道，束水歸漕。計河五十七里，名通濟新河。五年四月，工成，運道從新河，無劉口、磨兒莊諸險之患。明年，總河侍郎李從心開陳溝地十里，以竟前工。
八年，駱馬湖淤阻，榮嗣開河徐、宿，引注黃水，被劾，得重罪。侍郎周鼎繼之，乃專力於泇河，濬麥河支河，築王母山前後壩、勝陽山東堤、馬蹄厓十字河攔水壩，挑良城閘抵徐塘口六千餘丈。九年夏，泇河復通，由宿遷陳溝口合大河。鼎又修高家堰及新溝漾田營堤，增築天妃閘石工，去南旺湖彭口沙礓，濬劉呂莊至黃林莊百六十里。而是時，黃、淮漲溢日甚，倒灌害漕。鼎在事五年，卒以運阻削職。繼之者侍郎張國維，甫莅任，即以漕涸被責。
十四年，國維言：「濟寧運道自棗林閘溯師家莊、仲家淺二閘，歲患淤淺，每引泗河由魯橋入運以濟之。伏秋水長，足資利涉。而挾沙注河，水退沙積，利害參半。旁自白馬河匯鄒縣諸泉，與泗合流而出魯橋，力弱不能敵泗，河身半淤，不為漕用。然其上源寬處正與仲家淺閘相對，導令由此入運，較魯橋高下懸殊，且易細流為洪流，又減沙滲之患，而濟仲家淺及師莊、棗林，有三便。」又言：「南旺水本地脊，惟藉泰安、新泰、萊蕪、寧陽、汶上、東平、平陰、肥城八州縣泉源，由汶入運，故運河得通。今東平、平陰、肥城淤沙中斷，請亟濬之。」復上疏運六策：一復安山湖水櫃以濟北閘，一改挑滄浪河從萬年倉出口以利四閘，一展濬汶河、陶河上源以濟邳派，一改道沂河出徐塘口以並利邳、宿，其二即開三州縣淤沙及改挑白馬湖也。皆命酌行。國維又濬淮、揚漕河三百餘里。當是時，河臣竭力補苴，南河稍寧，北河數淺阻。而河南守臣壅黃河以灌賊。河大決開封，下流日淤，河事益壞，未幾而明亡矣。
