洪武元年北伐，命浙江、江西及蘇州等九府，運糧三百萬石於汴梁。已而大將軍徐達令忻、崞、代、堅、臺五州運糧大同。中書省符下山東行省，募水工發萊州洋海倉餉永平衞。其後海運餉北平、遼東為定制。其西北邊則浚開封漕河餉陝西，自陝西轉餉寧夏、河州。其西南令川、貴納米中鹽，以省遠運。於時各路皆就近輸，得利便矣。
永樂元年納戶部尚書郁新言，始用淮船受三百石以上者，道淮及沙河抵陳州潁岐口跌坡，別以巨舟入黃河抵八柳樹，車運赴衞河輸北平，與海運相參。時駕數臨幸，百費仰給，不止餉邊也。淮、海運道凡二，而臨清倉儲河南、山東粟，亦以輸北平，合而計之為三運。惟海運用官軍，其餘則皆民運云。
自濬會通河，帝命都督賈義、尚書宋禮以舟師運。禮以海船大者千石，工窳輒敗，乃造淺船五百艘，運淮、揚、徐、兗糧百萬，以當海運之數。平江伯陳瑄繼之，頗增至三千餘艘。時淮、徐、臨清、德州各有倉。江西、湖廣、浙江民運糧至淮安倉，分遣官軍就近輓運。自淮至徐以浙、直軍，自徐至德以京衞軍，自德至通以山東、河南軍。以次遞運，歲凡四次，可三百萬餘石，名曰支運。支運之法，支者，不必出當年之民納；納者，不必供當年之軍支。通數年以為裒益，期不失常額而止。由是海陸二運皆罷，惟存遮洋船，每歲於河南、山東、小灘等水次，兌糧三十萬石，十二輸天津，十八由直沽入海輸薊州而已。不數年，官軍多所調遣，遂復民運，道遠數愆期。
宣德四年，瑄及尚書黃福建議復支運法，乃令江西、湖廣、浙江民運百五十萬石於淮安倉，蘇、松、寧、池、廬、安、廣德民運糧二百七十四萬石於徐州倉，應天、常、鎮、淮、揚、鳳、太、滁、和、徐民運糧二百二十萬石於臨清倉，令官軍接運入京、通二倉。民糧既就近入倉，力大減省，乃量地近遠，糧多寡，抽民船十一或十三、五之一以給官軍。惟山東、河南、北直隸則徑赴京倉，不用支運。尋令南陽、懷慶、汝寧糧運臨清倉，開封、彰德、衞輝糧運德州倉，其後山東、河南皆運德州倉。
六年，瑄言：「江南民運糧諸倉，往返幾一年，誤農業。令民運至淮安、瓜洲，兌與衞所。官軍運載至北，給與路費耗米，則軍民兩便。」是為兌運。命羣臣會議。吏部蹇義等上官軍兌運民糧加耗則例，以地遠近為差。每石，湖廣八斗，江西、浙江七斗，南直隸六斗，北直隸五斗。民有運至淮安兌與軍運者，止加四斗，如有兌運不盡，仍令民自運赴諸倉，不願兌者，亦聽其自運。軍既加耗，又給輕齎銀為洪閘盤撥之費，且得附載他物，皆樂從事，而民亦多以遠運為艱。於是兌運者多，而支運者少矣。軍與民兌米，往往恃強勒索。帝知其弊，敕戶部委正官監臨，不許私兌。已而頗減加耗米，遠者不過六斗，近者至二斗五升。以三分為率，二分與米，一分以他物準。正糧斛面銳，耗糧俱平槩。運糧四百萬石，京倉貯十四，通倉貯十六。臨、徐、淮三倉各遣御史監收。
正統初，運糧之數四百五十萬石，而兌運者二百八十萬餘石，淮、徐、臨、德四倉支運者十之三四耳。土木之變，復盡留山東、直隸軍操備。蘇、松諸府運糧仍屬民。景泰六年，瓦剌入貢，乃復軍運。天順末，兌運法行久，倉人覬耗餘，入庾率兌斛面，且求多索，軍困甚。憲宗即位，漕運參將袁佑上言便宜。帝曰：「律令明言，收糧令納戶平準，石加耗不過五升。今運軍願明加，則倉吏侵害過多可知。今後令軍自槩，每石加耗五升，毋溢，勒索者治罪。」後從督倉中官言，加耗至八升。久之，復溢收如故，屢禁不能止也。
初，運糧京師，未有定額。成化八年始定四百萬石，自後以為常。北糧七十五萬五千六百石，南糧三百二十四萬四千四百石，其內兌運者三百三十萬石，由支運改兌者七十萬石。兌運之中，湖廣、山東、河南折色十七萬七千七百石。通計兌運、改兌加以耗米入京、通兩倉者，凡五百十八萬九千七百石。而南直隸正糧獨百八十萬，蘇州一府七十萬，加耗在外。浙賦視蘇減數萬。江西、湖廣又殺焉。天津、薊州、密雲、昌平，共給米六十四萬餘石，悉支兌運米。而臨、德二倉，貯預備米十九萬餘石，取山東、河南改兌米充之。遇災傷，則撥二倉米以補運，務足四百萬之額，不令缺也。
至成化七年，乃有改兌之議。時應天巡撫滕昭令運軍赴江南水次交兌，加耗外，復石增米一斗為渡江費。後數年，帝乃命淮、徐、臨、德四倉支運七十萬石之米，悉改水次交兌。由是悉變為改兌，而官軍長運遂為定制。然是時，司倉者多苛取，甚至有額外罰，運軍展轉稱貸不支。弘治元年，都御史馬文升疏論運軍之苦，言：「各直省運船，皆工部給價，令有司監造。近者，漕運總兵以價不時給，請領價自造。而部臣慮軍士不加愛護，議令本部出料四分，軍衞任三分，舊船抵三分。軍衞無從措辦，皆軍士賣資產、鬻男女以供之，此造船之苦也。正軍逃亡數多，而額數不減，俱以餘丁充之，一戶有三、四人應役者。春兌秋歸，艱辛萬狀。船至張家灣，又僱車盤撥，多稱貸以濟用，此往來之苦也。其所稱貸，運官因以侵漁，責償倍息。而軍士或自載土產以易薪米，又格於禁例，多被掠奪。今宜加造船費每艘銀二十兩，而禁約運官及有司科害搜檢之弊，庶軍困少甦。」詔從其議。五年，戶部尚書葉淇言：「蘇、松諸府，連歲荒歉，民買漕米，每石銀二兩。而北直隸、山東、河南歲供宣、大二邊糧料，每石亦銀一兩。去歲，蘇州兌運已折五十萬石，每石銀一兩。今請推行於諸府，而稍差其直。災重者，石七錢，稍輕者，石仍一兩。俱解部轉發各邊，抵北直隸三處歲供之數，而收三處本色以輸京倉，則費省而事易集。」從之。自後歲災，輒權宜折銀，以水次倉支運之糧充其數，而折價以六七錢為率，無復至一兩者。
先是，成化間行長運之法。江南州縣運糧至南京，令官軍就水次兌支，計省加耗輸輓之費，得餘米十萬石有奇，貯預備倉以資緩急之用。至是，巡撫都御史以兌支有弊，請令如舊上倉而後放支。戶部言：「兌支法善，不可易。」詔從部議，以所餘就貯各衞倉，作正支銷。又從戶部言，山東改兌糧九萬石，仍聽民自運臨、德二倉，令官軍支運。正德二年，漕運官請疏通水次倉儲，言：「往時民運至淮、徐、臨、德四倉，以待衞軍支運，後改附近州縣水次交兌。已而并支運七十萬石亦令改兌。但七十萬石之外，猶有兌交不盡者，民仍運赴四倉，久無支銷，以致陳腐。請將浙江、江西、湖廣正兌糧米三十五萬石，折銀解京，而令三省衞軍赴臨、德等倉，支運如所折之數。則諸倉米不腐，三省漕卒便於支運。歲漕額外，又得三十五萬折銀，一舉而數善具矣。」帝命部臣議，如其請。六年，戶部侍郎邵寶以漕運遲滯，請復支運法。戶部議，支運法廢久，不可卒復，事遂寢。
臨、德二倉之貯米也，凡十九萬，計十年得百九十萬。自世宗初，災傷撥補日多，而山東、河南以歲歉，數請輕減，且二倉囤積多朽腐。於是改折之議屢興，而倉儲漸耗矣。嘉靖元年，漕運總兵楊宏，請以輕齎銀聽運官道支，為顧僦舟車之費，不必裝鞘印封，計算羨餘，以苦漕卒。給事、御史交駁之。戶部言：「科道官之論，主於防奸，是也。但輕齎本資轉般費，今慮官軍侵耗，盡取其贏餘以歸太倉，則以脚價為正糧，非立法初意也。」乃議運船至通州，巡倉御史覈驗，酌量支用實數，著為定規。有羨餘，不輸太倉，即用以修船，官旗漁蠹者重罪。輕齎銀者，憲宗以諸倉改兌，給路費，始各有耗米；兌運米，俱一平一銳，故有銳米；自隨船給運四斗外，餘折銀，謂之輕齎。凡四十四萬五千餘兩。後頗入太倉矣。
神宗時，漕運總督舒應龍言：「國家兩都並建，淮、徐、臨、德，實南北咽喉。自兌運久行，臨、德尚有歲積，而淮、徐二倉無粒米。請自今山東、河南全熟時，盡徵本色上倉。計臨、德已足五十餘萬，則令納於二倉，亦積五十萬石而止。」從之。當是時，折銀漸多。萬曆三十年，漕運抵京，僅百三十八萬餘石。而撫臣議截留漕米以濟河工，倉場侍郎趙世卿爭之，言：「太倉入不當出，計二年後，六軍萬姓將待新漕舉炊，倘輸納愆期，不復有京師矣。」蓋災傷折銀，本折漕糧以抵京軍月俸。其時混支以給邊餉，遂致銀米兩空，故世卿爭之。自後倉儲漸匱，漕政亦益弛。迨於啟、禎，天下蕭然煩費，歲供愈不足支矣。
憲宗立運船至京期限，北直隸、河南、山東五月初一日，南直隸七月初一日，其過江支兌者，展一月，浙江、江西、湖廣九月初一日。通計三年考成，違限者，運官降罰。武宗列水程圖格，按日次填行止站地，違限之米，頓德州諸倉，曰寄囤。世宗定過淮程限，江北十二月，江南正月，湖廣、浙江、江西三月，神宗時改為二月。又改至京限五月者，縮一月，七八九月者，遞縮兩月。後又通縮一月。神宗初，定十月開倉，十一月兌竣，大縣限船到十日，小縣五日。十二月開幫，二月過淮，三月過洪入閘。皆先期以樣米呈戶部，運糧到日，比驗相同乃收。
初，船用楠杉，下者乃用松。三年小修，六年大修，十年更造。每船受正耗米四百七十二石。其後船數缺少，一船受米七八百石。附載夾帶日多，所在稽留違限。一遇河決，即有漂流，官軍因之為奸。水次折乾，沿途侵盜，妄稱水火，至有鑿船自沉者。
明初，命武臣督海運，嘗建漕運使，尋罷。成祖以後用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、員外分理，主事督兌，其制不一。景泰二年始設漕運總督於淮安，與總兵、參將同理漕事。漕司領十二總，十二萬軍，與京操十二營軍相準。初，宣宗令運糧總兵官、巡撫、侍郎歲八月赴京，會議明年漕運事宜，及設漕運總督，則并令總督赴京。至萬曆十八年後始免。凡歲正月，總漕巡揚州，經理瓜、淮過閘。總兵駐徐、邳，督過洪入閘，同理漕參政管押赴京。攢運則有御史、郎中，押運則有參政，監兌、理刑、管洪、管廠、管閘、管泉、監倉則有主事，清江、衞河有提舉。兌畢過淮過洪，巡撫、漕司、河道各以職掌奏報。有司米不備，軍衞船不備，過淮誤期者，責在巡撫。米具船備，不即驗放，非河梗而壓幫停泊，過洪誤期因而漂凍者，責在漕司。船糧依限，河渠淤淺，疏濬無法，閘坐啟閉失時，不得過洪抵灣者，責在河道。
明初，於漕政每加優恤，仁、宣禁役漕舟，宥遲運者。英宗時始扣口糧均攤，而運軍不守法度為民害。自後漕政日弛，軍以耗米易私物，道售稽程。比至，反買倉米補納，多不足數。而糧長率攙沙水於米中，河南、山東尤甚，往往蒸溼浥爛不可食。權要貸運軍銀以罔厚利，至請撥關稅給船料以取償。漕運把總率由賄得。倉場額外科取，歲至十四萬。世宗初政，諸弊多釐革，然漂流、違限二弊，日以滋甚。中葉以後，益不可究詰矣。
漕糧之外，蘇、松、常、嘉、湖五府，輸運內府白熟粳糯米十七萬四十餘石，內折色八千餘石，各府部糙粳米四萬四千餘石，內折色八千八百餘石，令民運，謂之白糧船。自長運法行，糧皆軍運，而白糧民運如故。穆宗時，陸樹德言：「軍運以充軍儲，民運以充官祿。人知軍運之苦，不知民運尤苦也。船戶之求索，運軍之欺陵，洪閘之守候，入京入倉，厥弊百出。嘉靖初，民運尚有保全之家，十年後無不破矣。以白糧令軍帶運甚便。」疏入，下部議。不從。
凡諸倉應輸者有定數，其或改撥他鎮者，水次應兌漕糧，即令坐派鎮軍領兌者給價，州縣官督車戶運至遠倉，或給軍價就令關支者，通謂之穵運。九邊之地，輸糧大率以車，宣德時，餉開平亦然，而蘭、甘、松潘，往往使民背負。永樂中，又嘗令廣東海運二十萬石給交阯云。
明初，京衞有軍儲倉。洪武三年增置至二十所，且建臨濠、臨清二倉以供轉運。各行省有倉，官吏俸取給焉。邊境有倉，收屯田所入以給軍。州縣則設預備倉，東南西北四所，以振凶荒。自鈔法行，頗有省革。二十四年儲糧十六萬石於臨清，以給訓練騎兵。二十八年置皇城四門倉，儲糧給守禦軍。增京師諸衞倉凡四十一。又設北平、密雲諸縣倉，儲糧以資北征。永樂中，置天津及通州左衞倉，且設北京三十七衞倉。益令天下府縣多設倉儲，預備倉之在四鄉者移置城內。迨會通河成，始設倉於徐州、淮安、德州，而臨清因洪武之舊，并天津倉凡五，謂之水次倉，以資轉運。既，又移德州倉於臨清之永清壩，設武清衞倉於河西務，設通州衞倉於張家灣。宣德中，增造臨清倉，容三百萬石。增置北京及通州倉。京倉以御史、戶部官、錦衣千百戶季更巡察。外倉則布政、按察、都司關防之。各倉門，以致仕武官二，率老幼軍丁十人守之，半年一更。英宗初，命廷臣集議，天下司府州縣，有倉者以衞所倉屬之，無倉者以衞所改隸。惟遼東、甘肅、寧夏、萬全及沿海衞所，無府州縣者仍其舊。正統中，增置京衞倉凡七。自兌運法行，諸倉支運者少，而京、通倉不能容，乃毀臨清、德州、河西務倉三分之一，改為京、通倉。景泰初，移武清衞諸倉於通州。成化初，廢臨、德預備倉在城外者，而以城內空廒儲預備米。名臨清者曰常盈，德州者曰常豐。凡京倉五十有六，通倉十有六。直省府州縣、藩府、邊隘、堡站、衞所屯戍皆有倉，少者一二，多者二三十云。
預備倉之設也，太祖選耆民運鈔糴米，以備振濟，即令掌之。天下州縣多所儲蓄，後漸廢弛。于謙撫河南、山西，修其政。周忱撫南畿，別立濟農倉。他人不能也。正統時，重侵盜之罪，至僉妻充軍。且定納穀千五百石者，敕奬為義民，免本戶雜役。凡振饑米一石，俟有年，納稻穀二石五斗還官。弘治三年限州縣十里以下積萬五千石，二十里積二萬石；衞千戶所萬五千石，百戶所三百石。考滿之日，稽其多寡以為殿最。不及三分者奪俸，六分以上降調。十八年令贖罪贓罰，皆糴穀入倉。正德中，令囚納紙者，以其八折米入倉。軍官有犯者，納穀準立功。初，預備倉皆設倉官，至是革，令州縣官及管糧倉官領其事。嘉靖初，諭德顧鼎臣言：「成、弘時，每年以存留餘米入預備倉，緩急有備。今秋糧僅足兌運，預備無粒米。一遇災傷，輒奏留他糧及勸富民借穀，以應故事。乞急復預備倉糧以裕民。」帝乃令有司設法多積米穀，仍倣古常平法，春振貧民，秋成還官，不取其息。府積萬石，州四五千石，縣二三千石為率。既，又定十里以下萬五千石，累而上之，八百里以下至十九萬石。其後積粟盡平糶，以濟貧民，儲積漸減。隆慶時，劇郡無過六千石，小邑止千石。久之數益減，科罰亦益輕。萬曆中，上州郡至三千石止，而小邑或僅百石。有司沿為具文，屢下詔申飭，率以虛數欺罔而已。
弘治中，江西巡撫林俊嘗請建常平及社倉。嘉靖八年乃令各撫、按設社倉。令民二三十家為一社，擇家殷實而有行義者一人為社首，處事公平者一人為社正，能書算者一人為社副，每朔望會集，別戶上中下，出米四斗至一斗有差，斗加耗五合，上戶主其事。年饑，上戶不足者量貸，稔歲還倉。中下戶酌量振給，不還倉。有司造冊送撫、按，歲一察覈。倉虛，罰社首出一歲之米。其法頗善，然其後無力行者。
兩京庫藏，先後建設，其制大略相同。內府凡十庫。承運庫，貯緞匹、金銀、寶玉、齒角、羽毛，而金花銀最大，歲進百萬兩有奇。廣積庫，貯硫黃、硝石。甲字庫，貯布匹、顏料。乙字庫，貯胖襖、戰鞋、軍士裘帽。丙字庫，貯棉花、絲纊。丁字庫，貯銅鐵、獸皮、蘇木。戊字庫，貯甲仗。贓罰庫，貯沒官物。廣惠庫，貯錢鈔。廣盈庫，貯紵絲、紗羅、綾錦、紬絹。六庫皆屬戶部。惟乙字庫屬兵部。戊字、廣積、廣盈庫屬工部。又有天財庫，亦名司鑰庫，貯各衙門管鑰，亦貯錢鈔。供用庫，貯秔稻、熟米及上供物。以上通謂之內庫。其在宮內者，又有內東裕庫、寶藏庫，謂之裏庫。凡裏庫不關於有司。其會歸門、寶善門迤東及南城磁器諸庫，則謂之外庫。若內府諸監司局，神樂堂，犧牲所，太常、光祿寺，國子監，皆各以所掌，收貯應用諸物。太僕則馬價銀歸之。明初，嘗置行用庫於京城及諸府州縣，以收易昏爛之鈔。仁宗時罷。
英宗時，始設太倉庫。初，歲賦不徵金銀，惟坑冶稅有金銀，入內承運庫。其歲賦偶折金銀者，俱送南京供武臣祿。而各邊有緩急，亦取足其中。正統元年改折漕糧，歲以百萬為額，盡解內承運庫，不復送南京。自給武臣祿十餘萬兩外，皆為御用。所謂金花銀也。七年乃設戶部太倉庫，各直省派剩麥米，十庫中綿絲、絹布及馬草、鹽課、關稅，凡折銀者，皆入太倉庫。籍沒家財，變賣田產，追收店錢，援例上納者，亦皆入焉。專以貯銀，故又謂之銀庫。弘治時，內府供應繁多，每收太倉銀入內庫。又置南京銀庫。正德時，內承運庫中官，數言內府財用不充，請支太倉銀。戶部執奏不能沮。嘉靖初，內府供應視弘治時，其後乃倍之。初，太倉中庫積銀八百餘萬兩，續收者貯之兩廡，以便支發。而中庫不動，遂以中庫為老庫，兩廡為外庫。及是時，老庫所存者僅百二十萬兩。二十二年特令金花、子粒銀應解內庫者，並送太倉備邊用，然其後復入內庫。三十七年令歲進內庫銀百萬兩外，加預備欽取銀，後又取沒官銀四十萬兩入內庫。隆慶中，數取太倉銀入內庫，承運庫中官至以空劄下戶部取之。廷臣疏諫，皆不聽。又數取光祿太僕銀，工部尚書朱衡極諫，不聽。初，世宗時，太倉所入二百萬兩有奇。至神宗萬曆六年，太倉歲入凡四百五十餘萬兩，而內庫歲供金花銀外，又增買辦銀二十萬兩以為常，後又加內操馬芻料銀七萬餘兩。久之，太倉、光祿、太僕銀，括取幾盡。邊賞首功，向發內庫者，亦取之太僕矣。
其在外諸布政司、都司、直省府州縣衞所，皆有庫，以貯金銀、錢鈔、絲帛、贓罰諸物。巡按御史三歲一盤查。各運司皆有庫貯銀，歲終，巡鹽御史委官察之。凡府州縣稅課司局、河泊所，歲課、商稅、魚課、引由、契本諸課程，太祖令所司解州縣府司，以至於部，部劄之庫，其元封識，不擅發也。至永樂時，始委驗勘，中，方起解；至部復驗，同，乃進納。嘉靖時，建驗試廳，驗中，給進狀寄庫。月逢九，會巡視庫藏科道官，進庫驗收，不堪者駁易。正統十年設通濟庫於通州。世宗時罷。隆慶初，密雲、薊州、昌平諸鎮皆設庫，收貯主客年例、軍門公費及撫賞、修邊銀云。
凡為倉庫害者，莫如中官。內府諸庫監收者，橫索無厭。正德時，台州衞指揮陳良納軍器，稽留八載，至乞食於市。內府收糧，增耗嘗以數倍為率，其患如此。諸倉初不設中官，宣德末，京、通二倉始置總督中官一人，後淮、徐、臨、德諸倉亦置監督，漕輓軍民被其害。世宗用孫交、張孚敬議，撤革諸中官，惟督諸倉者如故。久之，從給事中管懷理言，乃罷之。
初，天下府庫各有存積，邊餉不借支於內，京師不收括於外。成化時，巡鹽御史楊澄始請發各鹽運提舉司贓罰銀入京庫。弘治時，給事中曾昂請以諸布政司公帑積貯征徭羨銀，盡輸太倉。尚書周經力爭之，以為用不足者，以織造、賞賚、齋醮、土木之故，必欲盡括天下財，非藏富於民意也。至劉瑾用事，遂令各省庫藏盡輸京師。世宗時，閩、廣進羨餘，戶部請責他省巡按，歲一奏獻如例。又以太倉庫匱，運南戶部庫銀八十萬兩實之。而戶部條上理財事宜，臨、德二倉積銀二十萬兩，錄以歸太倉。隆慶初，遣四御史分行天下，搜括庫銀。神宗時，御史蕭重望請覈府縣歲額銀進部，未報上。千戶何其賢乞敕內官與己督之，帝竟從其請，由是外儲日就耗。至天啟中，用操江巡撫范濟世策，下敕督歲進，收括靡有遺矣。南京內庫頗藏金銀珍寶，魏忠賢矯旨取進，盜竊一空。內外匱竭，遂至於亡。
