洪武元年北伐，命浙江、江西及苏州等九府，运粮三百万石于汴梁。已而大将军徐达令忻、崞、代、坚、台五州运粮大同。中书省符下山东行省，募水工发莱州洋海仓饷永平衞。其后海运饷北平、辽东为定制。其西北边则浚开封漕河饷陕西，自陕西转饷宁夏、河州。其西南令川、贵纳米中盐，以省远运。于时各路皆就近输，得利便矣。
永乐元年纳户部尚书郁新言，始用淮船受三百石以上者，道淮及沙河抵陈州颍岐口跌坡，别以巨舟入黄河抵八柳树，车运赴衞河输北平，与海运相参。时驾数临幸，百费仰给，不止饷边也。淮、海运道凡二，而临清仓储河南、山东粟，亦以输北平，合而计之为三运。惟海运用官军，其余则皆民运云。
自濬会通河，帝命都督贾义、尚书宋礼以舟师运。礼以海船大者千石，工窳辄败，乃造浅船五百艘，运淮、扬、徐、兖粮百万，以当海运之数。平江伯陈瑄继之，颇增至三千余艘。时淮、徐、临清、德州各有仓。江西、湖广、浙江民运粮至淮安仓，分遣官军就近挽运。自淮至徐以浙、直军，自徐至德以京衞军，自德至通以山东、河南军。以次递运，岁凡四次，可三百万余石，名曰支运。支运之法，支者，不必出当年之民纳；纳者，不必供当年之军支。通数年以为裒益，期不失常额而止。由是海陆二运皆罢，惟存遮洋船，每岁于河南、山东、小滩等水次，兑粮三十万石，十二输天津，十八由直沽入海输蓟州而已。不数年，官军多所调遣，遂复民运，道远数愆期。
宣德四年，瑄及尚书黄福建议复支运法，乃令江西、湖广、浙江民运百五十万石于淮安仓，苏、松、宁、池、庐、安、广德民运粮二百七十四万石于徐州仓，应天、常、镇、淮、扬、凤、太、滁、和、徐民运粮二百二十万石于临清仓，令官军接运入京、通二仓。民粮既就近入仓，力大减省，乃量地近远，粮多寡，抽民船十一或十三、五之一以给官军。惟山东、河南、北直隶则径赴京仓，不用支运。寻令南阳、怀庆、汝宁粮运临清仓，开封、彰德、衞辉粮运德州仓，其后山东、河南皆运德州仓。
六年，瑄言：「江南民运粮诸仓，往返几一年，误农业。令民运至淮安、瓜洲，兑与衞所。官军运载至北，给与路费耗米，则军民两便。」是为兑运。命群臣会议。吏部蹇义等上官军兑运民粮加耗则例，以地远近为差。每石，湖广八斗，江西、浙江七斗，南直隶六斗，北直隶五斗。民有运至淮安兑与军运者，止加四斗，如有兑运不尽，仍令民自运赴诸仓，不愿兑者，亦听其自运。军既加耗，又给轻赍银为洪闸盘拨之费，且得附载他物，皆乐从事，而民亦多以远运为艰。于是兑运者多，而支运者少矣。军与民兑米，往往恃强勒索。帝知其弊，敕户部委正官监临，不许私兑。已而颇减加耗米，远者不过六斗，近者至二斗五升。以三分为率，二分与米，一分以他物准。正粮斛面锐，耗粮俱平槩。运粮四百万石，京仓贮十四，通仓贮十六。临、徐、淮三仓各遣御史监收。
正统初，运粮之数四百五十万石，而兑运者二百八十万余石，淮、徐、临、德四仓支运者十之三四耳。土木之变，复尽留山东、直隶军操备。苏、松诸府运粮仍属民。景泰六年，瓦剌入贡，乃复军运。天顺末，兑运法行久，仓人觊耗余，入庾率兑斛面，且求多索，军困甚。宪宗即位，漕运参将袁佑上言便宜。帝曰：「律令明言，收粮令纳户平准，石加耗不过五升。今运军愿明加，则仓吏侵害过多可知。今后令军自槩，每石加耗五升，毋溢，勒索者治罪。」后从督仓中官言，加耗至八升。久之，复溢收如故，屡禁不能止也。
初，运粮京师，未有定额。成化八年始定四百万石，自后以为常。北粮七十五万五千六百石，南粮三百二十四万四千四百石，其内兑运者三百三十万石，由支运改兑者七十万石。兑运之中，湖广、山东、河南折色十七万七千七百石。通计兑运、改兑加以耗米入京、通两仓者，凡五百十八万九千七百石。而南直隶正粮独百八十万，苏州一府七十万，加耗在外。浙赋视苏减数万。江西、湖广又杀焉。天津、蓟州、密云、昌平，共给米六十四万余石，悉支兑运米。而临、德二仓，贮预备米十九万余石，取山东、河南改兑米充之。遇灾伤，则拨二仓米以补运，务足四百万之额，不令缺也。
至成化七年，乃有改兑之议。时应天巡抚滕昭令运军赴江南水次交兑，加耗外，复石增米一斗为渡江费。后数年，帝乃命淮、徐、临、德四仓支运七十万石之米，悉改水次交兑。由是悉变为改兑，而官军长运遂为定制。然是时，司仓者多苛取，甚至有额外罚，运军展转称贷不支。弘治元年，都御史马文升疏论运军之苦，言：「各直省运船，皆工部给价，令有司监造。近者，漕运总兵以价不时给，请领价自造。而部臣虑军士不加爱护，议令本部出料四分，军衞任三分，旧船抵三分。军衞无从措办，皆军士卖资产、鬻男女以供之，此造船之苦也。正军逃亡数多，而额数不减，俱以余丁充之，一户有三、四人应役者。春兑秋归，艰辛万状。船至张家湾，又雇车盘拨，多称贷以济用，此往来之苦也。其所称贷，运官因以侵渔，责偿倍息。而军士或自载土产以易薪米，又格于禁例，多被掠夺。今宜加造船费每艘银二十两，而禁约运官及有司科害搜检之弊，庶军困少苏。」诏从其议。五年，户部尚书叶淇言：「苏、松诸府，连岁荒歉，民买漕米，每石银二两。而北直隶、山东、河南岁供宣、大二边粮料，每石亦银一两。去岁，苏州兑运已折五十万石，每石银一两。今请推行于诸府，而稍差其直。灾重者，石七钱，稍轻者，石仍一两。俱解部转发各边，抵北直隶三处岁供之数，而收三处本色以输京仓，则费省而事易集。」从之。自后岁灾，辄权宜折银，以水次仓支运之粮充其数，而折价以六七钱为率，无复至一两者。
先是，成化间行长运之法。江南州县运粮至南京，令官军就水次兑支，计省加耗输挽之费，得余米十万石有奇，贮预备仓以资缓急之用。至是，巡抚都御史以兑支有弊，请令如旧上仓而后放支。户部言：「兑支法善，不可易。」诏从部议，以所余就贮各衞仓，作正支销。又从户部言，山东改兑粮九万石，仍听民自运临、德二仓，令官军支运。正德二年，漕运官请疏通水次仓储，言：「往时民运至淮、徐、临、德四仓，以待衞军支运，后改附近州县水次交兑。已而并支运七十万石亦令改兑。但七十万石之外，犹有兑交不尽者，民仍运赴四仓，久无支销，以致陈腐。请将浙江、江西、湖广正兑粮米三十五万石，折银解京，而令三省衞军赴临、德等仓，支运如所折之数。则诸仓米不腐，三省漕卒便于支运。岁漕额外，又得三十五万折银，一举而数善具矣。」帝命部臣议，如其请。六年，户部侍郎邵宝以漕运迟滞，请复支运法。户部议，支运法废久，不可卒复，事遂寝。
临、德二仓之贮米也，凡十九万，计十年得百九十万。自世宗初，灾伤拨补日多，而山东、河南以岁歉，数请轻减，且二仓囤积多朽腐。于是改折之议屡兴，而仓储渐耗矣。嘉靖元年，漕运总兵杨宏，请以轻赍银听运官道支，为顾僦舟车之费，不必装鞘印封，计算羡余，以苦漕卒。给事、御史交驳之。户部言：「科道官之论，主于防奸，是也。但轻赍本资转般费，今虑官军侵耗，尽取其赢余以归太仓，则以脚价为正粮，非立法初意也。」乃议运船至通州，巡仓御史核验，酌量支用实数，著为定规。有羡余，不输太仓，即用以修船，官旗渔蠹者重罪。轻赍银者，宪宗以诸仓改兑，给路费，始各有耗米；兑运米，俱一平一锐，故有锐米；自随船给运四斗外，余折银，谓之轻赍。凡四十四万五千余两。后颇入太仓矣。
神宗时，漕运总督舒应龙言：「国家两都并建，淮、徐、临、德，实南北咽喉。自兑运久行，临、德尚有岁积，而淮、徐二仓无粒米。请自今山东、河南全熟时，尽征本色上仓。计临、德已足五十余万，则令纳于二仓，亦积五十万石而止。」从之。当是时，折银渐多。万历三十年，漕运抵京，仅百三十八万余石。而抚臣议截留漕米以济河工，仓场侍郎赵世卿争之，言：「太仓入不当出，计二年后，六军万姓将待新漕举炊，倘输纳愆期，不复有京师矣。」盖灾伤折银，本折漕粮以抵京军月俸。其时混支以给边饷，遂致银米两空，故世卿争之。自后仓储渐匮，漕政亦益弛。迨于启、祯，天下萧然烦费，岁供愈不足支矣。
宪宗立运船至京期限，北直隶、河南、山东五月初一日，南直隶七月初一日，其过江支兑者，展一月，浙江、江西、湖广九月初一日。通计三年考成，违限者，运官降罚。武宗列水程图格，按日次填行止站地，违限之米，顿德州诸仓，曰寄囤。世宗定过淮程限，江北十二月，江南正月，湖广、浙江、江西三月，神宗时改为二月。又改至京限五月者，缩一月，七八九月者，递缩两月。后又通缩一月。神宗初，定十月开仓，十一月兑竣，大县限船到十日，小县五日。十二月开帮，二月过淮，三月过洪入闸。皆先期以样米呈户部，运粮到日，比验相同乃收。
初，船用楠杉，下者乃用松。三年小修，六年大修，十年更造。每船受正耗米四百七十二石。其后船数缺少，一船受米七八百石。附载夹带日多，所在稽留违限。一遇河决，即有漂流，官军因之为奸。水次折干，沿途侵盗，妄称水火，至有凿船自沉者。
明初，命武臣督海运，尝建漕运使，寻罢。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、员外分理，主事督兑，其制不一。景泰二年始设漕运总督于淮安，与总兵、参将同理漕事。漕司领十二总，十二万军，与京操十二营军相准。初，宣宗令运粮总兵官、巡抚、侍郎岁八月赴京，会议明年漕运事宜，及设漕运总督，则并令总督赴京。至万历十八年后始免。凡岁正月，总漕巡扬州，经理瓜、淮过闸。总兵驻徐、邳，督过洪入闸，同理漕参政管押赴京。攒运则有御史、郎中，押运则有参政，监兑、理刑、管洪、管厂、管闸、管泉、监仓则有主事，清江、衞河有提举。兑毕过淮过洪，巡抚、漕司、河道各以职掌奏报。有司米不备，军衞船不备，过淮误期者，责在巡抚。米具船备，不即验放，非河梗而压帮停泊，过洪误期因而漂冻者，责在漕司。船粮依限，河渠淤浅，疏濬无法，闸坐启闭失时，不得过洪抵湾者，责在河道。
明初，于漕政每加优恤，仁、宣禁役漕舟，宥迟运者。英宗时始扣口粮均摊，而运军不守法度为民害。自后漕政日弛，军以耗米易私物，道售稽程。比至，反买仓米补纳，多不足数。而粮长率搀沙水于米中，河南、山东尤甚，往往蒸湿浥烂不可食。权要贷运军银以罔厚利，至请拨关税给船料以取偿。漕运把总率由贿得。仓场额外科取，岁至十四万。世宗初政，诸弊多厘革，然漂流、违限二弊，日以滋甚。中叶以后，益不可究诘矣。
漕粮之外，苏、松、常、嘉、湖五府，输运内府白熟粳糯米十七万四十余石，内折色八千余石，各府部糙粳米四万四千余石，内折色八千八百余石，令民运，谓之白粮船。自长运法行，粮皆军运，而白粮民运如故。穆宗时，陆树德言：「军运以充军储，民运以充官禄。人知军运之苦，不知民运尤苦也。船户之求索，运军之欺陵，洪闸之守候，入京入仓，厥弊百出。嘉靖初，民运尚有保全之家，十年后无不破矣。以白粮令军带运甚便。」疏入，下部议。不从。
凡诸仓应输者有定数，其或改拨他镇者，水次应兑漕粮，即令坐派镇军领兑者给价，州县官督车户运至远仓，或给军价就令关支者，通谓之穵运。九边之地，输粮大率以车，宣德时，饷开平亦然，而兰、甘、松潘，往往使民背负。永乐中，又尝令广东海运二十万石给交阯云。
明初，京衞有军储仓。洪武三年增置至二十所，且建临濠、临清二仓以供转运。各行省有仓，官吏俸取给焉。边境有仓，收屯田所入以给军。州县则设预备仓，东南西北四所，以振凶荒。自钞法行，颇有省革。二十四年储粮十六万石于临清，以给训练骑兵。二十八年置皇城四门仓，储粮给守御军。增京师诸衞仓凡四十一。又设北平、密云诸县仓，储粮以资北征。永乐中，置天津及通州左衞仓，且设北京三十七衞仓。益令天下府县多设仓储，预备仓之在四乡者移置城内。迨会通河成，始设仓于徐州、淮安、德州，而临清因洪武之旧，并天津仓凡五，谓之水次仓，以资转运。既，又移德州仓于临清之永清坝，设武清衞仓于河西务，设通州衞仓于张家湾。宣德中，增造临清仓，容三百万石。增置北京及通州仓。京仓以御史、户部官、锦衣千百户季更巡察。外仓则布政、按察、都司关防之。各仓门，以致仕武官二，率老幼军丁十人守之，半年一更。英宗初，命廷臣集议，天下司府州县，有仓者以衞所仓属之，无仓者以衞所改隶。惟辽东、甘肃、宁夏、万全及沿海衞所，无府州县者仍其旧。正统中，增置京衞仓凡七。自兑运法行，诸仓支运者少，而京、通仓不能容，乃毁临清、德州、河西务仓三分之一，改为京、通仓。景泰初，移武清衞诸仓于通州。成化初，废临、德预备仓在城外者，而以城内空廒储预备米。名临清者曰常盈，德州者曰常丰。凡京仓五十有六，通仓十有六。直省府州县、藩府、边隘、堡站、衞所屯戍皆有仓，少者一二，多者二三十云。
预备仓之设也，太祖选耆民运钞籴米，以备振济，即令掌之。天下州县多所储蓄，后渐废弛。于谦抚河南、山西，修其政。周忱抚南畿，别立济农仓。他人不能也。正统时，重侵盗之罪，至佥妻充军。且定纳谷千五百石者，敕奖为义民，免本户杂役。凡振饥米一石，俟有年，纳稻谷二石五斗还官。弘治三年限州县十里以下积万五千石，二十里积二万石；衞千户所万五千石，百户所三百石。考满之日，稽其多寡以为殿最。不及三分者夺俸，六分以上降调。十八年令赎罪赃罚，皆籴谷入仓。正德中，令囚纳纸者，以其八折米入仓。军官有犯者，纳谷准立功。初，预备仓皆设仓官，至是革，令州县官及管粮仓官领其事。嘉靖初，谕德顾鼎臣言：「成、弘时，每年以存留余米入预备仓，缓急有备。今秋粮仅足兑运，预备无粒米。一遇灾伤，辄奏留他粮及劝富民借谷，以应故事。乞急复预备仓粮以裕民。」帝乃令有司设法多积米谷，仍倣古常平法，春振贫民，秋成还官，不取其息。府积万石，州四五千石，县二三千石为率。既，又定十里以下万五千石，累而上之，八百里以下至十九万石。其后积粟尽平粜，以济贫民，储积渐减。隆庆时，剧郡无过六千石，小邑止千石。久之数益减，科罚亦益轻。万历中，上州郡至三千石止，而小邑或仅百石。有司沿为具文，屡下诏申饬，率以虚数欺罔而已。
弘治中，江西巡抚林俊尝请建常平及社仓。嘉靖八年乃令各抚、按设社仓。令民二三十家为一社，择家殷实而有行义者一人为社首，处事公平者一人为社正，能书算者一人为社副，每朔望会集，别户上中下，出米四斗至一斗有差，斗加耗五合，上户主其事。年饥，上户不足者量贷，稔岁还仓。中下户酌量振给，不还仓。有司造册送抚、按，岁一察核。仓虚，罚社首出一岁之米。其法颇善，然其后无力行者。
两京库藏，先后建设，其制大略相同。内府凡十库。承运库，贮缎匹、金银、宝玉、齿角、羽毛，而金花银最大，岁进百万两有奇。广积库，贮硫黄、硝石。甲字库，贮布匹、颜料。乙字库，贮胖袄、战鞋、军士裘帽。丙字库，贮棉花、丝纩。丁字库，贮铜铁、兽皮、苏木。戊字库，贮甲仗。赃罚库，贮没官物。广惠库，贮钱钞。广盈库，贮纻丝、纱罗、绫锦、䌷绢。六库皆属户部。惟乙字库属兵部。戊字、广积、广盈库属工部。又有天财库，亦名司钥库，贮各衙门管钥，亦贮钱钞。供用库，贮秔稻、熟米及上供物。以上通谓之内库。其在宫内者，又有内东裕库、宝藏库，谓之里库。凡里库不关于有司。其会归门、宝善门迤东及南城磁器诸库，则谓之外库。若内府诸监司局，神乐堂，牺牲所，太常、光禄寺，国子监，皆各以所掌，收贮应用诸物。太仆则马价银归之。明初，尝置行用库于京城及诸府州县，以收易昏烂之钞。仁宗时罢。
英宗时，始设太仓库。初，岁赋不征金银，惟坑冶税有金银，入内承运库。其岁赋偶折金银者，俱送南京供武臣禄。而各边有缓急，亦取足其中。正统元年改折漕粮，岁以百万为额，尽解内承运库，不复送南京。自给武臣禄十余万两外，皆为御用。所谓金花银也。七年乃设户部太仓库，各直省派剩麦米，十库中绵丝、绢布及马草、盐课、关税，凡折银者，皆入太仓库。籍没家财，变卖田产，追收店钱，援例上纳者，亦皆入焉。专以贮银，故又谓之银库。弘治时，内府供应繁多，每收太仓银入内库。又置南京银库。正德时，内承运库中官，数言内府财用不充，请支太仓银。户部执奏不能沮。嘉靖初，内府供应视弘治时，其后乃倍之。初，太仓中库积银八百余万两，续收者贮之两庑，以便支发。而中库不动，遂以中库为老库，两庑为外库。及是时，老库所存者仅百二十万两。二十二年特令金花、子粒银应解内库者，并送太仓备边用，然其后复入内库。三十七年令岁进内库银百万两外，加预备钦取银，后又取没官银四十万两入内库。隆庆中，数取太仓银入内库，承运库中官至以空劄下户部取之。廷臣疏谏，皆不听。又数取光禄太仆银，工部尚书朱衡极谏，不听。初，世宗时，太仓所入二百万两有奇。至神宗万历六年，太仓岁入凡四百五十余万两，而内库岁供金花银外，又增买办银二十万两以为常，后又加内操马刍料银七万余两。久之，太仓、光禄、太仆银，括取几尽。边赏首功，向发内库者，亦取之太仆矣。
其在外诸布政司、都司、直省府州县衞所，皆有库，以贮金银、钱钞、丝帛、赃罚诸物。巡按御史三岁一盘查。各运司皆有库贮银，岁终，巡盐御史委官察之。凡府州县税课司局、河泊所，岁课、商税、鱼课、引由、契本诸课程，太祖令所司解州县府司，以至于部，部劄之库，其元封识，不擅发也。至永乐时，始委验勘，中，方起解；至部复验，同，乃进纳。嘉靖时，建验试厅，验中，给进状寄库。月逢九，会巡视库藏科道官，进库验收，不堪者驳易。正统十年设通济库于通州。世宗时罢。隆庆初，密云、蓟州、昌平诸镇皆设库，收贮主客年例、军门公费及抚赏、修边银云。
凡为仓库害者，莫如中官。内府诸库监收者，横索无厌。正德时，台州衞指挥陈良纳军器，稽留八载，至乞食于市。内府收粮，增耗尝以数倍为率，其患如此。诸仓初不设中官，宣德末，京、通二仓始置总督中官一人，后淮、徐、临、德诸仓亦置监督，漕挽军民被其害。世宗用孙交、张孚敬议，撤革诸中官，惟督诸仓者如故。久之，从给事中管怀理言，乃罢之。
初，天下府库各有存积，边饷不借支于内，京师不收括于外。成化时，巡盐御史杨澄始请发各盐运提举司赃罚银入京库。弘治时，给事中曾昂请以诸布政司公帑积贮征徭羡银，尽输太仓。尚书周经力争之，以为用不足者，以织造、赏赉、斋醮、土木之故，必欲尽括天下财，非藏富于民意也。至刘瑾用事，遂令各省库藏尽输京师。世宗时，闽、广进羡余，户部请责他省巡按，岁一奏献如例。又以太仓库匮，运南户部库银八十万两实之。而户部条上理财事宜，临、德二仓积银二十万两，录以归太仓。隆庆初，遣四御史分行天下，搜括库银。神宗时，御史萧重望请核府县岁额银进部，未报上。千户何其贤乞敕内官与己督之，帝竟从其请，由是外储日就耗。至天启中，用操江巡抚范济世策，下敕督岁进，收括靡有遗矣。南京内库颇藏金银珍宝，魏忠贤矫旨取进，盗窃一空。内外匮竭，遂至于亡。
