初，鉅鹿張角自稱“大賢良師”，奉事黃、老道，畜養弟子，跪拜首過，符水咒說以療病，病者頗愈，百姓信向之。角因遣弟子八人使於四方，以善道教化天下，轉相誑惑。十餘年間，衆徒數十萬，連結郡國，自青、徐、幽、冀、荊、楊、兗、豫八州之人，莫不畢應。遂置三十六萬。方猶將軍號也。大方萬餘人，小方六七千，各立渠帥。訛言“蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉”。
以白土書京城寺門及州郡官府，皆作“甲子”字。中平元年，大方馬元義等先收荊、楊數萬人，期會發於鄴。元義素往來京師，以中常侍封諝、徐奉等爲內應，約以三月五日內外俱起。未及作亂，而張角弟子濟南唐週上書告之，於是車裂元義於洛陽。靈帝以周章下三公、司隸，使鉤盾令周斌將三府掾屬，案驗宮省直衛及百姓有事角道者，誅殺千餘人，推考冀州，逐捕角等。角等知事已露，晨夜馳敕諸方，一時俱起。皆着黃巾爲標幟，時人謂之“黃巾”，亦名“蛾賊”。殺人以祠天。角稱“天公將軍”，角弟寶稱“地公將軍”，寶弟梁稱“人公將軍”。
詔敕州郡修理攻守，簡練器械，自函谷、大谷、廣城、伊闕、轘轅、旋門、孟津、小平津諸關，並置都尉。召羣臣會議。嵩以爲宜解黨禁，益出中藏錢、西園廄馬，以班軍士。帝從之。於是發天下精兵，博選將帥，以嵩爲左中郎將，持節，與右中郎將朱儁，共發五校、三河騎士及募精勇，合四萬餘人，嵩、俊各統一軍，共討潁川黃巾。
俊前與賊波才戰，戰敗，嵩因進保長社。波才引大衆圍城，嵩兵少，軍中皆恐，乃召軍吏謂曰：“兵有奇變，不在衆寡。今賊依草結營，易爲風火。若因夜縱燒，必大驚亂。吾出兵擊之，四面俱合，田單之功可成也。”其夕遂大風，嵩乃約敕軍士皆束苣乘城，使銳士間出圍外，縱火大呼，城上舉燎應之，嵩因鼓而奔其陣，賊驚亂奔走。會帝遣騎都尉曹操將兵適至，嵩、操與朱儁合兵更戰，大破之，斬首數萬級。封嵩都鄉侯。嵩、俊乘勝進討汝南、陳國黃巾，追波才於陽翟，擊彭脫於西華，並破之。餘賊降散，三郡悉平。
梁衆精勇，嵩不能克。明日，乃閉營休士，以觀其變。知賊意稍懈，乃潛夜勒兵，雞鳴馳赴其陣，戰至晡時，大破之，斬梁，獲首三萬級，赴河死者五萬許人，焚燒車重三萬餘兩，悉虜其婦子，係獲甚衆。角先已病死，乃剖棺戮屍，傳首京師。
以黃巾既平，故改年爲中平。嵩奏請冀州一年田租，以贍饑民，帝從之。百姓歌曰：“天下大亂兮市爲墟，母不保子兮妻失夫，賴得皇甫兮復安居。”嵩溫恤士卒，甚得衆情，每軍行頓止，須營幔修立，然後就舍帳。軍士皆食，己乃嘗飯。吏有因事受賂者，嵩更以錢物賜之，吏懷慚，或至自殺。
嵩既破黃巾，威震天下，而朝政日亂，海內虛困。故信都令漢陽閻忠幹說嵩曰：“難得而易失者，時也；時至不旋踵者，幾也。故聖人順時而動，智者因幾以發。今將軍曹難得之運，蹈易駭之機，而踐運不撫，臨機不發，將何以保大名乎？”嵩曰：“何謂也？”忠曰：“天道無親，百姓與能。今將軍受鉞於暮春，收功於末冬。兵動若神，謀不再計，摧強易於折枯，消堅甚於湯雪，旬月之間，神兵電埽，封屍刻石，南向以報，威德震本朝，風聲馳海外，雖湯、武之舉，未有高將軍者也。今身建不賞之功，體兼高人之德，而北面庸主，何以求安乎？”
嵩曰：“夙夜在公，心不忘忠，何故不安？”忠曰：不然。昔韓信不忍一餐之遇，而棄三分之業，利劍已揣其喉，方發悔毒之嘆者，機失而謀乖地。今主上勢弱於劉、項，將軍權重於淮陰，指捴足以振風雲，叱吒可以興雷電。赫然奮發，因危抵頹，崇恩以綏先附，振武以臨後服，徵冀方之士，動七州之衆，羽檄先馳於前，大軍響振於後，蹈流漳河，飲馬孟津，誅閹官之罪，除羣兇之積，雖僮兒可使奮拳以致力，女子可使褰裳以用命，況厲熊羆之卒，因迅風之勢哉！功業已就，天下已順，然後請呼上帝，示以天命，混齊六合，南面稱制，移寶器於將興，推亡漢於已墜，實神機之至會，風發之良時也。
嵩懼曰：“非常之謀，不施於有常之勢。創圖大功，豈庸才所致。黃巾細孽，敵非奏、項，新結易散，難以濟業。且人未忘主，天不祐逆。若虛造不冀之功，以速朝夕之禍，孰與委忠本朝，守其臣節。雖雲多讒，不過放廢，猶有令名，死且不朽。反常之論，所不敢聞。”忠知計不用，因亡去。
五年，涼州賊王國圍陳倉，復拜嵩爲左將軍，督前將軍董卓，各率二萬人拒之。卓欲速進赴陳倉，嵩不聽。卓曰：“智者不後時，勇者不留決。速救則城全，不救則城滅，全、滅之勢，在於此也。”嵩曰：“不然，百戰百勝，不如不戰而屈人之兵。是以先爲不可勝，以待敵之可勝。不可勝在我，可勝在彼。彼守不足，我攻有餘。有餘者動於九天之上，不足者陷於九地之下。今陳倉雖小，城守固備，非九地之陷也。王國雖強，而攻我之所不救，非九天之勢也。夫勢非九天，攻者受害；陷非九地，守者不拔。國今已陷受害之地，而陳倉保不拔之城，我可不煩兵動衆，而取全勝之功，將何救焉！”遂不聽。王國圍陳倉，自冬迄春，八十餘日，城堅守固，竟不能拔。賊衆疲敝，果自解去。嵩進兵擊之。卓曰：“不可。
明年，卓拜爲幷州牧，詔使以兵委嵩，卓不從。嵩從子酈時在軍中，說嵩曰：“本朝失政，天下倒懸，能安危定傾者，唯大人與董卓耳。今怨隙已結，勢不俱存。卓被詔委兵，而上書自請，此逆命也。又以京師昏亂，躊躇不進，此懷奸也。
且其兇戾無親，將士不附。大人今爲元帥，杖國威以討之，上顯忠義，下除兇害，此桓、文之事也。”嵩曰：“專命雖罪，專誅亦有責也。不如顯奏其事，使朝廷裁之。”於是上書以聞。帝讓卓，卓又增怨於嵩。及後秉政，初平元年，乃徵嵩爲城門校尉，因欲殺之。嵩將行，長史梁衍說曰：“漢室微弱，閹豎亂朝，董卓雖誅之，而不能盡忠於國，遂復寇掠京邑，廢立從意。今徵將軍，大則危禍，小則困辱。今卓在洛陽，天子來西，以將軍之衆，精兵三萬，迎接至尊，奉令討逆，發命海內，徵兵羣帥，袁氏逼其東，將軍迫其西，此成禽也。”嵩不從，遂就徵。
嵩子堅壽與卓素善，自長安亡走洛陽，歸投於卓。卓方置酒歡會，堅壽直前質讓，責以大義，叩頭流涕。坐者感動，皆離席請之。卓乃起，牽與共坐。使免嵩囚，復拜嵩議郎，遷御史中丞。及卓還長安，公卿百官迎謁道次。卓風令御史中丞以下皆拜以屈嵩，既而抵手言曰：“義真犕未乎？”嵩笑而謝之，卓乃解釋。
朱儁字公偉，會稽上虞人也。少孤，母嘗販繒爲業。俊以孝養致名，爲縣門下書佐，好義輕財，鄉閭敬之。時，同郡周規闢公府，當行，假郡庫錢百萬，以爲冠幘費，而後倉卒督責，規家貧無以備，俊乃竊母繒帛，爲規解對。母既失產業，深恚責之。俊曰：“小損當大益，初貧後富，必然理也。”
本縣長山陽度尚見而奇之，薦於太守韋毅，稍歷郡職。後太守尹端以俊爲主簿。熹平二年，端坐討賊許昭失利，爲州所奏，罪應棄市。俊乃贏服間行，輕齎數百金到京師，賂主章吏，遂得刊定州奏，故端得輸作左校。端喜於降免而不知其由，俊亦終無所言。
後太守徐珪舉俊孝廉，再遷除蘭陵令，政有異能，爲東海相所表。會交阯部羣賊並起，牧守軟弱不能禁。又交阯賊樑龍等萬餘人，與南海太守孔芝反叛，攻破郡縣。光和元年，即拜俊交阯刺史，令過本郡簡募家兵及所調，合五千人，分從兩道而入。既到州界，按甲不前，先遣使詣郡，觀賊虛實，宣揚威德，以震動其心；既而與七郡兵俱進逼之，遂斬樑龍，降者數萬人，旬月盡定。以功封都亭侯，千五百戶，賜黃金五十斤，徵爲諫議大夫。
時，南陽黃巾張曼成起兵，稱“神上使”，衆數萬，殺郡守褚貢，屯宛下百餘日。後太守秦頡擊殺曼成，賊更以趙弘爲帥，衆浸盛，遂十餘萬，據宛城。俊與荊州刺史徐璆及秦頡合兵萬八千人圍弘，自六月至八月不拔。有司奏欲徵俊。
賊餘帥韓忠復據宛拒俊。俊兵少不敵，乃張圍結壘，起土山以臨城內，因鳴鼓攻其西南，賊悉衆赴之。俊自將精卒五千，掩其東北，乘城而入。忠乃退保小城，惶懼乞降。司馬張超及徐璆、秦頡皆欲聽之。俊曰：“兵有形同而勢異者。
昔秦、項之際，民無定主，故賞附以勸來耳。今海內一統，唯黃巾造寇，納降無以勸善，討之足以懲惡。今若受之，更開逆意，賊利則進戰，鈍則乞降，縱敵長寇，非良計也。”因急攻，連戰不克。俊登土山望之，顧謂張超曰：“吾知之矣。
賊今外圍周固，內營逼急，乞降不受，欲出不得，所以死戰也。萬人一心，猶不可當，況十萬乎！其害甚矣。不如徹圍，並兵入城。忠見圍解，勢必自出，出則意散，易破之道也。”既而解圍，忠果出戰，俊因擊，大破之，乘勝逐北數十里，斬首萬餘級。忠等遂降。而秦頡積忿忠，遂殺之。餘衆懼不自安，復以孫夏爲帥，還屯宛中。俊急攻之。夏走，追至西鄂精山，又破之。復斬萬餘級，賊遂解散。
自黃巾賊後，復有黑山、黃龍、白波、左校、郭大賢、於氐根、青牛角、張白騎、劉石、左髭丈八、平漢、大計、司隸、掾哉、雷公、浮雲、飛燕、白雀、楊鳳、於毒、五鹿、李大目、白繞、畦固、苦唒之徒，並起山谷間，不可勝數。
賊帥常山人張燕，輕勇中號捷，故軍中號曰飛燕。善得士卒心，乃與中山、常山、趙郡、上黨、河內諸山谷寇賊更相交通，衆至百萬，號曰黑山賊。河北諸郡縣並被其害，朝廷不能討。燕乃遣使至京師，奏書乞降，遂拜燕平難中郎將，使領河北諸山谷事，歲得舉孝廉、計吏。
時，董卓擅政，以俊雋宿將，外甚親納而心實忌。及關東兵盛，卓懼，數請公卿會議，徙都長安，俊輒止之。卓雖惡俊異己，然貪其名重，乃表遷太僕，以爲己副。使者拜，俊辭不肯受。因曰：“國家西遷，必孤天下之望，以成山東之釁，臣不見其可也。”使者詰曰：“召君受拜而君拒之，不問徙事而君陳之，其故何也？”俊曰：“副相國，非臣所堪也；遷都計，非事所急也。辭所不堪，言所非急，臣之宜也。”使者曰：“遷都之事，不聞其計，就有未露，何所承受？”
卓後入關，留傕守洛陽，而俊與山東諸將通謀爲內應。既而懼爲卓所襲，乃棄官奔荊州。卓以弘農場懿爲河南尹，守洛陽。俊聞，復進兵還洛，懿走。俊以河南殘破無所資，乃東屯中牟，移書州郡，請師討卓。徐州刺史陶謙遣精兵三千，餘州郡稍有所給，謙乃上俊行車騎將軍。董卓聞之，使其將李傕、郭汜等數萬人屯河南拒俊。俊逆擊，爲傕、汜所破。俊自知不敵，留關下不敢復前。
徐州刺史陶謙、前楊州刺史周乾、琅邪相陰德、東海相劉馗、彭城相汲廉、北海相孔融、沛相袁忠、太山太守應劭、汝南太守徐璆、前九江太守服虔、博士鄭玄等，敢言之行車騎將軍河南尹莫府：國家既曹董卓，重以李傕、郭汜之禍，幼主劫執忠良殘敝，長安隔絕，不知吉凶。是以臨官尹人，搢紳有識，莫不憂懼，以爲自非明哲雄霸之士，曷能克濟禍亂！自起兵已來，於茲三年，州郡轉相顧望，未有奮擊之功，而互爭私變，更相疑惑。謙等並共諮諏，議消國難。僉曰：“將軍君侯，既文且武，應運而出，凡百君子，靡不顒顒。”故相率厲，簡選精悍，堪能深入，直旨咸陽，多持資糧，足支半歲，謹同心腹，委之元帥。
初平四年，代周忠爲太尉，錄尚書事。明年秋，以日食免，復行驃騎將軍事，持節鎮關東。未發，會李傕殺樊稠，而郭汜又自疑，與傕相攻，長安中亂，故俊止不出，留拜大司農。獻帝詔俊與太尉楊彪等十餘人譬郭汜，令與李傕和。
論曰：皇甫嵩、朱儁並以上將之略，受脤倉卒之時。及其功成師克，威聲滿天下。值弱主蒙塵，獷賊放命，斯誠葉公投袂之幾，翟義鞠旅之日，故梁衍獻規，山東連盟，而舍格天之大業，蹈匹夫之小諒，卒狼狽虎口。爲智士笑。豈天之長斯亂也？何智勇之不終乎！前史晉平原華嶠，稱其父光祿大夫表，每言其祖魏太尉歆稱“時人說皇甫嵩之不伐，汝豫之戰，歸功朱儁，張角之捷，本之於盧植，收名斂策，而己不有焉。蓋功名者，世之所甚重也。誠能不爭天下之所甚重，則怨禍不深矣”。如皇甫公之赴履危亂，而能終以歸全者，其致不亦貴乎！故顏子願不伐善爲先，斯亦行身之要與！
