起歷文選員外郎。疏陳天下四大害，言：「楊巍乞休，左都御史吳時來謀代之，忌戶部尚書宋纁聲望，連疏排擠。副都御史詹仰庇力謀吏、兵二部侍郎。大臣如此，何以責小臣，是謂干進之害。禮部尚書沈鯉、侍郎張位、諭德吳中行、南京太僕卿沈思孝相繼自免，獨南京禮部侍郎趙用賢在，詞臣黃洪憲輩每陰讒之，言官唐堯欽、孫愈賢、蔡系周復顯為詆誣。衆正不容，宵人得志，是謂傾危之害。州縣長吏選授太輕，部寺之官計日而取郡守，不問才行。而撫按論人贓私有據，不曰未甚，則曰任淺，概止降調。其意以為惜才，不知此乃惜不才也。吏治日汙，民生日瘁，是謂州縣之害。鄉官之權大於守令，橫行無忌，莫敢誰何。如渭南知縣張棟，治行無雙，裁抑鄉官，被讒不獲行取，是謂鄉官之害。四害不除，天下不可得治。」
疏出，朝論韙之。而中所抨擊悉時相所庇，於是給事中李春開起而駁之。其疏先下，南星幾獲譴。給事中王繼光、史孟麟、萬自約，部曹姜士昌、吳正志竝助南星詆春開，且發時來、仰庇、洪憲讒諂狀。春開氣沮，然南星卒以病歸。再起，歷考功郎中。
二十一年大計京官，與尚書孫鑨秉公澄汰。首黜所親都給事中王三餘及鑨甥文選員外郎呂廕昌，他附麗政府及大學士趙志臯弟皆不免。政府大不堪。給事中劉道隆因劾吏部議留拾遺庶僚非法。得旨，南星等專權植黨，貶三官。俄因李世達等疏救，斥南星為民。後論救者悉被譴，鑨亦去位，一時善類幾空。事具鑨傳。
光宗立，起太常少卿。俄改右通政，進太常卿。至則擢工部右侍郎。居數月，拜左都御史，慨然以整齊天下為任。天啟三年大計京官，以故給事中亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣先朝結黨亂政，議黜之。吏科都給事中魏應嘉力持不可。南星著四凶論，卒與考功郎程正己置四人不謹。他所澄汰，一如為考功時。浙江巡按張素養薦部內人材，及姚宗文、邵輔忠、劉廷元。南星劾其謬，素養坐奪俸。先是，巡方者有提薦之例，南星已奏止之。而陝西高弘圖、山西徐揚先、宣大李思啟、河東劉大受，復踵行如故。南星竝劾奏之，巡方者始知畏法。
尋代張問達為吏部尚書。當是時，人務奔競，苞苴恣行，言路橫尤甚。每文選郎出，輒邀之半道，為人求官，不得則加以惡聲，或逐之去。選郎即公正無如何，尚書亦太息而已。南星素疾其弊，銳意澄清，獨行己志，政府及中貴亦不得有所干請，諸人憚其剛嚴不敢犯。有給事為貲郎求鹽運司，即注貲郎王府，而出給事於外。知縣石三畏素貪，夤緣將行取，南星亦置之王府。時進士無為王官者，南星不恤也。
魏忠賢雅重之，嘗於帝前稱其任事。一日，遣娣子傅應星介一中書贄見，南星麾之去。嘗竝坐弘政門，選通政司參議，正色語忠賢曰：「主上沖齡，我輩內外臣子宜各努力為善。」忠賢默然，怒形於色。大學士魏廣微，南星友允貞子也，素以通家子畜之。廣微入內閣，嘗三至南星門，拒勿見。又嘗嘆曰：「見泉無子。」見泉，允貞別號也。廣微恨刺骨，與忠賢比而齕南星。
東林勢盛，衆正盈朝。南星益搜舉遺佚，布之庶位。高攀龍、楊漣、左光斗秉憲；李騰芳、陳于廷佐銓；魏大中、袁化中長科道；鄭三俊、李邦華、孫居相、饒伸、王之寀輩悉置卿貳。而四司之屬，鄒維璉、夏嘉遇、張光前、程國祥、劉廷諫亦皆民譽。中外忻忻望治，而小人側目，滋欲去南星。給事中傅櫆以維璉改吏部己不與聞，首假汪文言發難，劾南星紊舊制，植私人。維璉引去，南星奏留之，小人愈恨。會漣劾忠賢疏上，宮府益水火。南星遂杜門乞休，不許。
攀龍之劾崔呈秀也，南星議戍之。呈秀窘，夜走忠賢邸，叩頭乞哀，言：「不去南星及攀龍、漣等，我兩人未知死所。」忠賢大以為然，遂與定謀。會山西缺巡撫，河南布政使郭尚友求之。南星以太常卿謝應祥有清望，首列以請。既得旨，而御史陳九疇受廣微指，言應祥嘗知嘉善，大中出其門，大中以師故，謀於文選郎嘉遇而用之，徇私當斥。大中、嘉遇疏辯，語侵九疇。九疇再疏力詆，並下部議。南星、攀龍極言應祥以人望推舉，大中、嘉遇無私，九疇妄言不可聽。忠賢大怒，矯旨黜大中、嘉遇，并黜九疇，而責南星等朋謀結黨。南星遽引罪求去，忠賢復矯旨切責，放歸。明日，攀龍亦引去。給事中沈惟炳論救，亦出之外。俄以會推忤忠賢意，并斥于廷、漣、光斗、化中，引南星所擯徐兆魁、喬應甲、王紹徽等置要地。小人競進，天下大柄盡歸忠賢矣。
忠賢及其黨惡南星甚，每矯敕諭，必目為元凶。於是御史張訥劾南星十大罪，并劾維璉、國祥、嘉遇及王允成。得旨，並削籍。令再奏南星私黨，訥復列上邦華及孫鼎相等十四人，並貶黜。自是為南星擯棄者，無不拔擢。其素所推奬者，率遭奇禍。諸干進速化之徒，一擊南星，輒遂所欲。而石三畏亦起為御史，疏攻南星及李三才、顧憲成、孫丕揚、王圖等十五人。死者皆削奪，縉紳禍益烈。尋以汪文言獄詞連及南星，下撫按提問。適郭尚友巡撫保定，而巡按馬逢臯亦憾南星，乃相與庭辱之。笞其子清衡及外孫王鍾龐，繫之獄，坐南星贓萬五千。南星家素貧，親故捐助，始獲竣。卒戍南星代州，清衡莊浪，鍾龐永昌。嫡母馮氏、生母李氏，並哀慟而卒。子生七齡，驚怖死。南星抵戍所，處之怡然。
張居正奪情，元標抗疏切諫。且曰：「陛下以居正有利社稷耶？居正才雖可為，學術則偏；志雖欲為，自用太甚。其設施乖張者，如州縣入學，限以十五六人。有司希指，更損其數。是進賢未廣也。諸道決囚，亦有定額。所司懼罰，數必取盈。是斷刑太濫也。大臣持祿苟容，小臣畏罪緘默，有今日陳言而明日獲譴者。是言路未通也。黃河泛濫為灾，民有駕蒿為巢，啜水為餐者，而有司不以聞。是民隱未周也。其他用刻深之吏，沮豪傑之材，又不可枚數矣。伏讀敕諭，『朕學尚未成，志尚未定，先生既去，前功盡隳』。陛下言及此，宗社無疆之福也。雖然，弼成聖學，輔翼聖志者，未可謂在廷無人也。且幸而居正丁艱，猶可挽留；脫不幸遂捐館舍，陛下之學將終不成，志將終不定耶？臣觀居正疏言『世有非常之人，然後辦非常之事』，若以奔喪為常事而不屑為者。不知人惟盡此五常之道，然後謂之人。今有人於此，親生而不顧，親死而不奔，猶自號於世曰我非常人也，世不以為喪心，則以為禽彘，可謂之非常人哉？」
疏就，懷之入朝。適廷杖吳中行等。元標俟杖畢，取疏授中官，紿曰：「此乞假疏也。」及入，居正大怒，亦廷杖八十，謫戍都勻衞。衞在萬山中，夷獠與居，元標處之怡然。益究心理學，學以大進。巡按御史承居正指，將害元標。行次鎮遠，一夕，御史暴死。
徐學謨者，嘉定縣人。嘉靖中，為荊州知府。景恭王之藩德安，欲奪荊州城北沙巿地。學謨力抗不予，為王所劾。下撫按逮問，改官。荊州人德之，稱沙巿為「徐巿」。居正素與厚。萬曆中，累遷右副都御史，撫治鄖陽。居正歸葬父，學謨事之謹，召為刑部侍郎。越二年，擢禮部尚書。自弘治後，禮部長非翰林不授。惟席書以言「大禮」故，由他曹遷；萬士和不由翰林，然先歷其部侍郎。學謨徑拜尚書，廷臣以居正故，莫敢言。居正卒，學謨急締姻於大學士申時行以自固。及奉命擇壽宮，通政參議梁子琦劾其始結居正，繼附時行，詔為奪子琦俸。元標復劾之，遂令致仕歸。
慈寧宮災，元標復上時政六事。中言：「臣曩進無欲之訓，陛下試自省，果無欲耶，寡欲耶？語云：『欲人勿聞，莫若勿為。』陛下誠宜翻然自省，加意培養。」當是時，帝方壯齡，留意聲色游宴，謂元標刺己，怒甚，降旨譙責。首輔時行以元標己門生，而劾罷其姻學謨，亦心憾，遂謫南京刑部照磨。就遷兵部主事。召改吏部，進員外郎，以病免。起補驗封。陳吏治十事，民瘼八事，疏幾萬言。文選缺員外郎，尚書宋纁請用元標，久不獲命，纁連疏趣之。給事中楊文煥、御史何選亦以為言。帝怒，詰責纁，謫文煥、選於外，而調元標南京。刑部尚書石星論救，亦被譙讓。元標居南京三年，移疾歸。久之，起本部郎中，不赴。旋遭母憂，里居講學，從游者日衆，名高天下。中外疏薦遺佚，凡數十百上，莫不以元標為首。卒不用。家食垂三十年。
光宗立，召拜大理卿。未至，進刑部右侍郎。天啟元年四月還朝，首進和衷之說，言：「今日國事，皆二十年諸臣醞釀所成。往者不以進賢讓能為事，日錮賢逐能。而言事者又不降心平氣，專務分門立戶。臣謂今日急務，惟朝臣和衷而已。朝臣和，天地之和自應。向之論人論事者，各懷偏見。偏生迷，迷生執，執而為我，不復知有人，禍且移於國。今與諸臣約，論一人當惟公惟平，毋輕搖筆端；論一事當懲前慮後，毋輕試耳食。以天下萬世之心，衡天下萬世之人與事，則議論公，而國家自享安靜和平之福。」因薦涂宗濬、李邦華等十八人。帝優詔襃納。居二日，復陳拔茅闡幽、理財振武數事，及保泰四規。且請召用葉茂才、趙南星、高攀龍、劉宗周、丁元薦，而恤錄羅大紘、雒于仁等十五人。帝亦襃納。
初，元標立朝，以方嚴見憚，晚節務為和易。或議其遜初仕時。元標笑曰：「大臣與言官異。風裁踔絕，言官事也。大臣非大利害，即當護持國體，可如少年悻動耶？」時朋黨方盛，元標心惡之，思矯其弊，故其所薦引不專一途。嘗欲舉用李三才，因言路不與，元標即中止。王德完譏其首鼠，元標亦不較。南京御史王允成等以兩人不和，請帝諭解。元標言：「臣與德完初無纖芥，此必有人交搆其間。臣嘗語朝士曰：『方今上在沖歲，敵在門庭，祇有同心共濟。倘復黨同伐異，在國則不忠，在家則不孝。世自有無偏無黨之路，奈何從室內起戈矛耶？』」帝嗣位已久，而先朝廢死諸臣猶未贈卹，元標再陳闡幽之典，言益懇切。
其年十二月改吏部左侍郎。未到官，拜左都御史。明年典外察，去留惟公。御史潘汝楨、過庭訓雅有物議。及庭訓秩滿，汝楨注考溢美。元標疏論之，兩人並引疾去。已，言丁巳京察不公，專禁錮異己，請收錄章家禎、丁元薦、史記事、沈正宗等二十二人。由是諸臣多獲昭雪。又言：「明詔收召遺佚，而諸老臣所處猶是三十年前應得之官，宜添注三品崇秩，昭陛下襃尊耆舊至意。」帝納其言。於是兩京太常、太僕、光祿三卿各增二員。
孫慎行之論「紅丸」也，元標亦上疏曰：「乾坤所以不毀者，惟此綱常。綱常所以植立者，恃此信史。臣去年舟過南中，南中士大夫爭言先帝猝然而崩，大事未明，難以傳信。臣初不謂然。及既入都，為人言先帝盛德，宜速登信史。諸臣曰：『言及先帝彌留大事，令人閣筆，誰敢領此？』臣始有疑於前日之言。元輔方從哲不伸討賊之義，反行賞奸之典，即謂無其心，何以自解於世。且從哲秉政七年，未聞建樹何事，但聞馬上一日三趣戰，喪我十萬師徒。試問誰秉國成，而使先帝震驚，奸人闖宮，豺狼當路，憸邪亂政？從哲何詞以對？從來懲戒亂賊，全在信史。失今不成，安所底止。」時刑部尚書黃克纘希內廷意，羣小和之，而從哲世居京師，黨附者衆，崔文昇黨復彌縫於內，格慎行與衆議，皆不得伸。未幾，慎行及王紀偕逐，元標疏救，不聽。
元標自還朝以來，不為危言激論，與物無猜。然小人以其東林也，猶忌之。給事中朱童蒙、郭允厚、郭興治慮明年京察不利己，潛謀驅逐。會元標與馮從吾建首善書院，集同志講學，童蒙首請禁之。元標疏辨求去，帝已慰留，允厚復疏劾，語尤妄誕。而魏忠賢方竊柄，傳旨謂宋室之亡由於講學，將加嚴譴。葉向高力辨，且乞同去，乃得溫旨。興治及允厚復交章力攻；興治至比之山東妖賊。元標連疏請益力，詔加太子少保，乘傳歸。陛辭，上老臣去國情深疏。歷陳軍國大計，而以寡欲進規，人為傳誦。四年卒於家。明年，御史張訥請毀天下講壇，力詆元標，忠賢遂矯旨削奪。崇禎初，贈太子太保、吏部尚書，諡忠介。
四十一年五月由少詹事擢禮部右侍郎，署部事。當是時，郊廟大享諸禮，帝二十餘年不躬親，東宮輟講至八年，皇長孫九齡未就外傅，瑞王二十三未婚，楚宗人久錮未釋，代王廢長立幼，久不更正，臣僚章奏一切留中，福府莊田取盈四萬頃。慎行並切諫。已，念東宮開講，皇孫出閤，係宗社安危，疏至七八上。代王廢長子鼎渭，立愛子鼎莎，李廷機為侍郎時主之，其後，羣臣爭者百餘疏，帝皆不省。慎行屢疏爭，乃獲更置。楚宗人擊殺巡撫趙可懷，為首六人論死，復錮英嫶等二十三人於高牆，禁蘊鈁等二十三人於遠地。慎行力白其非叛，諸人由此獲釋。皇太子儲位雖定，福王尚留京師，須莊田四萬頃乃行，宵小多窺伺。廷臣請之國者愈衆，帝愈遲之。慎行疏十餘上，不見省。最後，貴妃復請帝留王慶太后七旬壽節，羣議益籍籍。慎行乃合文武諸臣伏闕力請，大學士葉向高亦爭之強。帝不得已，許明年季春之國，羣情始安。
韓敬科場之議，慎行擬黜敬。而家居時素講學東林，敬黨尤忌之。會吏部缺侍郎，廷議改右侍郎李鋕於左，而以慎行為右，命俱未下。御史過廷訓因言鋕未履任，何復推慎行，給事中亓詩教和之。慎行遂四疏乞歸，出城候命，帝乃許之。已而京察，御史韓浚等以趣福王之國，謂慎行邀功，列之拾遺疏中。帝察其無罪，獲免。
先帝驟崩，雖云夙疾，實緣醫人用藥不審。閱邸報，知李可灼紅丸乃首輔方從哲所進。夫可灼官非太醫，紅丸不知何藥，乃敢突然以進。昔許悼公飲世子藥而卒，世子即自殺，春秋猶書之為弒。然則從哲宜何居？速引劍自裁以謝先帝，義之上也，合門席槀以待司寇，義之次也，乃悍然不顧。至舉朝共攻可灼，僅令回籍調理，豈不以己實薦之，恐與同罪歟？臣以為從哲縱無弒之心，却有弒之事；欲辭弒之名，難免弒之實。實錄中即欲為君父諱，不敢不直書方從哲連進藥二丸，須臾帝崩，恐百口無能為天下後世解也。
然從哲之罪實不止此。先是則有皇貴妃欲為皇后事。古未有天子既崩而立后者。倘非禮官執奏，言路力持，幾何不遺禍宗社哉！繼此則有諡皇祖為恭皇帝事。歷考晉、隋、周、宋，其末世亡國之君率諡曰「恭」，而以加之我皇祖，豈真不學無術，實乃呪詛君國等於亡王，其設心謂何？後此則有選侍垂簾聽政事。劉遜、李進忠么麼小豎，何遂膽大揚言。說者謂二豎早以金寶輸從哲家，若非九卿、臺諫力請移宮，選侍一日得志，陛下幾無駐足所。聞爾時從哲濡遲不進，科臣趣之，則云遲數日無害。任婦寺之縱橫，忍君父之杌隉，為大臣者宜爾乎？
臣在禮言禮，其罪惡逆天，萬無可生之路。若其他督戰悞國，罔上行私，縱情蔑法，干犯天下之名義，釀成國家之禍患者，臣不能悉數也。陛下宜急討此賊，雪不共之仇。毋詢近習，近習皆從哲所攀援也。毋拘忌諱，忌諱即從哲所布置也。并急誅李可灼，以洩神人之憤。
時朝野方惡從哲，慎行論雖過刻，然爭韙其言。顧近習多為從哲地，帝乃報曰：「舊輔素忠慎，可灼進藥本先帝意。卿言雖忠愛，事屬傳聞。并進封移宮事，當日九卿、臺諫官親見者，當據實會奏，用釋羣疑。」於是從哲疏辨。邢部尚書黃克纘右從哲，亦曲為辨。慎行復疏折之，曰：「由前則過信可灼，有輕進藥之罪，由後則曲庇可灼，有不討賊之罪，兩者均無辭乎弒也。從哲謂移宮有揭。但諸臣之請在初二，從哲之請在初五。爾時章疏入乾清不入慈慶者已三日，國政幾於中斷，非他輔臣訪知，與羣臣力請，其害可勝言哉！伏讀聖諭『輔臣義在體國，為朕分憂。今似此景象，何不代朕傳諭一言，屏息紛擾，君臣大義安在？』又云『朕凌虐不堪，晝夜涕泣六七日』。夫從哲為顧命元臣，使少肯義形於色，何至令至尊憂危如此！惟阿婦寺之意多，戴聖明之意少，故敢於凌皇祖，悖皇考，而欺陛下也。」末復力言克纘之謬。章並下廷議。既而議上，惟可灼下吏戍邊，從哲置不問。
其冬，廷推閣臣，以慎行為首，吏部侍郎盛以弘次之。魏忠賢抑不用，用顧秉謙、朱國禎、朱延禧、魏廣微，朝論大駭。葉向高連疏請用兩人，竟不得命。已，忠賢大熾，議修三朝要典，「紅丸」之案以慎行為罪魁。其黨張訥遂上疏力詆，有詔削奪。未幾，劉志選復兩疏追劾，詔撫按提問，遣戍寧夏。未行，莊烈帝嗣位，以赦免。
崇禎元年命以故官協理詹事府，力辭不就。慎行操行峻潔，為一時搢紳冠。朝士數推轂入閣，吏部尚書王永光力排之，迄不獲用。八年廷推閣臣，屢不稱旨。最後以慎行及劉宗周、林釬名上，帝即召之。慎行已得疾，甫入都，卒。贈太子太保，諡文介。
盛以弘，字子寬，潼關衞人。父訥，字敏叔。訥父德，世職指揮也，討洛南盜戰死。訥號泣請於當事，水漿不入口者數日，為發兵討斬之。久之，舉隆慶五年進士。由庶吉士累官吏部右侍郎。與尚書陳有年、左侍郎趙參魯共釐銓政。母憂歸，以篤孝聞。卒，贈禮部尚書。天啟初，諡文定。
近見朝宁之上，善類擯斥一空。大臣則孫鑨、李世達、趙用賢去矣，小臣則趙南星、陳泰來、顧允成、薛敷教、張納陛、于孔兼、賈巖斥矣。邇者李禎、曾乾亨復不安其位而乞去矣，選郎孟化鯉又以推用言官張棟，空署而逐矣。
夫天地生才甚難，國家需才甚亟，廢斥如此，後將焉繼。致使正人扼腕，曲士彈冠，世道人心何可勝慨！且今陛下朝講久輟，廷臣不獲望見顏色。天言傳布，雖曰聖裁，隱伏之中，莫測所以。故中外羣言，不曰「輔臣欲除不附己」，則曰「近侍不利用正人」。陛下深居九重，亦曾有以諸臣賢否陳於左右；而陛下於諸臣，亦嘗一思其得罪之故乎？果以為皆由聖怒，則諸臣自孟化鯉而外，未聞忤旨，何以皆罷斥？即使批鱗逆耳，如董基等，陛下已嘗收錄，何獨於諸臣不然？臣恐陛下有祛邪之果斷，而左右反借以行媢嫉之私；陛下有容言之盛心，而臣工反遺以拒諫諍之誚。傳之四海，垂諸史冊，為聖德累不小。
輔臣王錫爵等，跡其自待，若愈於張居正、申時行；察其用心，何以異於五十步笑百步。即如諸臣罷斥，果以為當然，則是非邪正，恒人能辨，何忍坐視至尊之過舉，得毋內洩其私憤，而利於斥逐之盡乎？
末力詆鄭材、楊應宿讒諂宜黜。應宿亦疏訐攀龍，語極妄誕。疏並下部院，議請薄罰兩臣，稍示懲創。帝不許，鐫應宿二秩，謫攀龍揭陽添注典史。御史吳弘濟等論救，并獲譴。攀龍之官七月，以事歸。尋遭親喪，遂不出，家居垂三十年。言者屢薦，帝悉不省。
熹宗立，起光祿丞。天啟元年進少卿。明年四月疏劾戚畹鄭養性，言：「張差梃擊實養性父國泰主謀。今人言籍籍，咸疑養性交關奸宄，別懷異謀，積疑不解，當思善全之術。至劉保謀逆，中官盧受主之，劉于簡獄詞具在。受本鄭氏私人，而李如楨一家交關鄭氏，計陷名將，失地喪師。于簡原供，明言李永芳約如楨內應。若崔文昇素為鄭氏腹心，知先帝症虛，故用泄藥，罪在不赦。陛下僅行斥逐，而文昇猶潛住都城。宜勒養性還故里，急正如楨、文昇典刑，用章國法。」疏入，責攀龍多言，然卒遣養性還籍。
孫慎行以「紅丸」事攻舊輔方從哲，下廷議。攀龍引春秋首惡之誅，歸獄從哲。給事中王志道為從哲解，攀龍遺書切責之。尋改太常少卿，疏陳務學之要，因言：「從哲之罪非止紅丸，其最大者在交結鄭國泰。國泰父子所以謀危先帝者不一，始以張差之梃，繼以美姝之進，終以文昇之藥，而從哲實左右之。力扶其為鄭氏者，力鋤其不為鄭氏者；一時人心若狂，但知鄭氏，不知東宮。此賊臣也，討賊，則為陛下之孝。而說者乃曰『為先帝隱諱則為孝』，此大亂之道也。陛下念聖母則宣選侍之罪，念皇考則隆選侍之恩，仁之至義之盡也。而說者乃曰『為聖母隱諱則為孝』。明如聖諭，目為假託；忠如楊漣，謗為居功。人臣避居功，甘居罪，君父有急，袖手旁觀，此大亂之道也。惑於其說，孝也不知其為孝，不孝也以為大孝；忠也不知其為忠，不忠也以為大忠。忠孝皆可變亂，何事不可妄為。故從哲、養性不容不討，奈何猶令居輦轂下！」時從哲輩奧援甚固，摘疏中「不孝」語激帝怒，將加嚴譴。葉向高力救，乃奪祿一年。旋改大理少卿。鄒元標建書院，攀龍與焉。元標被攻，攀龍請與同罷，詔留之。進太僕卿，擢刑部右侍郎。
四年八月拜左都御史。楊漣等羣擊魏忠賢，勢已不兩立。及向高去國，魏廣微日導忠賢為惡，而攀龍為趙南星門生，並居要地。御史崔呈秀按淮、揚還，攀龍發其穢狀，南星議戍之。呈秀窘，急走忠賢所，乞為義兒，遂摭謝應祥事，謂攀龍黨南星。嚴旨詰責，攀龍遽引罪去。頃之，南京御史游鳳翔出為知府，訐攀龍挾私排擠。詔復鳳翔故官，削攀龍籍。呈秀憾不已，必欲殺之，竄名李實劾周起元疏中，遣緹騎往逮。攀龍晨謁宋儒楊龜山祠，以文告之。歸與二門生一弟飲後園池上，聞周順昌已就逮，笑曰：「吾視死如歸，今果然矣。」入與夫人語，如平時。出，書二紙告二孫曰：「明日以付官校。」因遣之出，扃戶。移時諸子排戶入，一燈熒然，則已衣冠自沈於池矣。發所封紙，乃遺表也，云：「臣雖削奪，舊為大臣，大臣受辱則辱國。謹北向叩頭，從屈平之遺則。」復別門人華允誠書云：「一生學問，至此亦少得力。」時年六十五。遠近聞其死，莫不傷之。
初，海內學者率宗王守仁，攀龍心非之。與顧憲成同講學東林書院，以靜為主。操履篤實，粹然一出於正，為一時儒者之宗。海內士大夫，識與不識，稱高、顧無異詞。攀龍削官之秋，詔毀東林書院。莊烈帝嗣位，學者更修復之。
二十年正月抗章言：「陛下郊廟不親，朝講不御，章奏留中不發。試觀戊子以前，四裔效順，海不揚波；己丑以後，南倭告警，北寇渝盟，天變人妖，疊出累告。勵精之效如彼，怠斁之患如此。近頌敕諭，謂聖體違和，欲借此自掩，不知鼓鐘於宮，聲聞於外。陛下每夕必飲，每飲必醉，每醉必怒。左右一言稍違，輒斃杖下，外庭無不知者。天下後世，其可欺乎！願陛下勿以天變為不足畏，勿以人言為不足恤，勿以目前晏安為可恃，勿以將來危亂為可忽，宗社幸甚。」帝大怒，欲廷杖之。會仁聖太后壽辰，閣臣力解得免。尋告歸，起巡長蘆鹽政。潔己惠商，奸宄斂迹。既還朝，適帝以軍政大黜兩京言官。從吾亦削籍，猶以前疏故也。
已，與鄒元標共建首善書院，集同志講學其中，給事中朱童蒙遂疏詆之。從吾言：「宋之不競，以禁講學故，非以講學故也。我二祖表章六經，天子經筵，皇太子出閤，皆講學也。臣子以此望君，而己則不為，可乎？先臣守仁，當兵事倥傯，不廢講學，卒成大功。此臣等所以不恤毀譽，而為此也。」因再稱疾求罷，帝溫詔慰留。而給事中郭允厚、郭興治復相繼詆元標甚力。從吾又上言：「臣壯歲登朝，即與楊起元、孟化鯉、陶望齡輩立講學會，自臣告歸乃廢。京師講學，昔已有之，何至今日遂為詬厲。」因再疏引歸。
四年春，起南京右都御史，累辭未上，召拜工部尚書。會趙南星、高攀龍相繼去國，連疏力辭，予致仕。明年秋，魏忠賢黨張訥疏詆從吾，削籍。鄉人王紹徽素銜從吾，及為吏部，使喬應甲撫陝，捃摭百方，無所得。乃毀書院，曳先聖像，擲之城隅。從吾不勝憤悒，得疾卒。崇禎初，復官，贈太子太保，諡恭定。
