桓玄篡位，毅与刘裕、何无忌、魏咏之等起义兵，密谋讨玄，毅讨徐州刺史桓修于京口、青州刺史桓弘于广陵。裕率毅等至竹里，玄使其将皇甫敷、吴甫之北距义军，遇之于江乘，临阵斩甫之，进至罗落桥，又斩敷首。玄大惧，使桓谦、何澹之屯覆舟山。毅等军至蒋山，裕使羸弱登山，多张旗帜，玄不之测，益以危惧。谦等士卒多北府人，素慴伏裕，莫敢出斗。裕与毅等分为数队，进突谦阵，皆殊死战，无不一当百。时东北风急，义军放火，烟尘张天，鼓噪之音震骇京邑，谦等诸军一时奔散。
玄既西走，裕以毅为冠军将军、青州刺史，与何无忌、刘道规蹑玄。玄逼帝及琅邪王西上，毅与道规及下邳太守孟怀玉等追及玄，战于峥嵘洲。毅乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜走。玄将郭铨、刘雅等袭陷寻阳，毅遣武威将军刘怀肃讨平之。
及玄死，桓振、桓谦复聚众距毅于灵溪。玄将冯该以兵会于振，毅进击，为振所败，退次寻阳，坐免官，寻原之。刘裕命何无忌受毅节度，无忌以督摄为烦，辄便解统。毅疾无忌专擅，免其琅邪内史，以辅国将军摄军事，无忌遂与毅不平。毅唯自引咎，时论韪之。毅复与道规发寻阳。桓亮自号江州刺史，遣刘敬宣击走之。毅军次夏口。时振党冯该戍大岸，孟山图据鲁城，桓山客守偃月垒，众合万人，连舰二岸，水陆相援。毅督众军进讨，未至夏口，遇风飘没千余人。毅与刘怀肃、索邈等攻鲁城，道规攻偃月垒，何无忌与檀祗列舰于中流，以防越逸。毅躬贯甲胄，陵城半日而二垒俱溃，生擒山客，而冯该遁走。毅进平巴陵。以毅为使持节、兖州刺史，将军如故。毅号令严整，所经墟邑，百姓安悦。南阳太守鲁宗之起义，袭襄阳，破桓蔚。毅等诸军次江陵之马头。振拥乘舆，出营江津。宗之又破伪将温楷，振自击宗之。毅因率无忌、道规等诸军破冯该于豫章口，推锋而进，遂入江陵。振闻城陷，与谦北走，乘舆反正，毅执玄党卞范之、羊僧寿、夏侯崇之、桓道恭等，皆斩之。桓振复与苻宏自郧城袭陷江陵，与刘怀肃相持。毅遣部将击振，杀之，并斩伪辅国将军桓珍。毅又攻拔迁陵，斩玄太守刘叔祖于临嶂。其余拥众假号以十数，皆讨平之。二州既平，以毅为抚军将军。时刁预等作乱，屯于湘中，毅遣将分讨，皆灭之。
初，毅丁忧在家，及义旗初兴，遂墨绖从事。至是，军役渐宁，上表乞还京口，以终丧礼，曰：「弘道为国者，理尽于仁孝。诉穷归天者，莫甚于丧亲。但臣凡庸，本无感概，不能陨越，故其宜耳。往年国难滔天，故志竭愚忠，腼然苟存。去春銮驾回轸，而狂狡未灭，虽奸凶时枭，余烬窜伏，威怀寡方，文武劳弊，微情未申，顾景悲愤。今皇威遐肃，海内清荡，臣穷毒艰秽，亦已具于圣听。兼羸患滋甚，众疾互动，如今寝顿无复人理。臣之情也，本不甘生；语其事也，亦可以没。乞赐余骸，终其丘坟，庶几忠孝之道获宥于圣世。」不许。诏以毅为都督豫州扬州之淮南历阳庐江安丰堂邑五郡诸军事、豫州刺史，持节、将军、常侍如故，本府文武悉令西属。以匡复功，封南平郡开国公，兼都督宣城军事，给鼓吹一部。梁州刺史刘雅反，毅遣将讨擒之。初，桓玄于南州起斋，悉画盘龙于其上，号为盘龙斋。毅小字盘龙，至是，遂居之。俄进拜卫将军、开府仪同三司。
及何无忌为卢循所败，贼军乘胜而进，朝廷震骇。毅具舟船讨之，将发，而疾笃，内外失色。朝议欲奉乘舆北就中军刘裕，会毅疾瘳，将率军南征，裕与毅书曰：「吾往与妖贼战，晓其变态。今修船垂毕，将居前扑之。克平之日，上流之任皆以相委。」又遣毅从弟藩往止之。毅大怒，谓藩曰：「我以一时之功相推耳，汝便谓我不及刘裕也！」投书于地。遂以舟师二万发姑孰。徐道覆闻毅将至建邺，报卢循曰：「刘毅兵重，成败系此一战，宜并力距之。」循乃引兵发巴陵，与道覆连旗而下。毅次于桑落洲，与贼战，败绩，弃船，以数百人步走，余众皆为贼所虏，辎重盈积，皆弃之。毅走，经涉蛮晋，饥困死亡，至者十二三。参军羊邃竭力营护之，仅而获免。刘裕深慰勉之，复其本职。毅乃以邃为咨议参军。
臣闻天以盈虚为运，政以损益为道。时否而政不革，人凋而事不损，则无以救急病于已危，拯涂炭于将绝。自顷戎车屡骇，干戈溢境，所统江州，以一隅之地当逆顺之冲，自桓玄以来，驱蹙残败，至乃男不被养，女无匹对，逃亡去就，不避幽深，自非财殚力竭，无以至此。若不曲心矜理，有所厘改，则靡遗之叹奄焉必及。
夫设官分职，军国殊用，牧养以息务为大，武略以济事为先。兼而领之，盖出于权事，因藉既久，遂似常体。江州在腹心之内，凭接扬豫，藩屏所倚，实为重复。昔胡寇纵逸，朔马临江，抗御之宜，盖权尔耳。今江左区区，户不盈数十万，地不逾数千里，而统旅鳞次，未获减息，大而言之，足为国耻。况乃地在无虞，而犹置军府文武将佐，资费非要，岂所谓经国大情，扬汤去火者哉！自州郡边江，百姓辽落，加邮亭险阂，畏阻风波，转输往复，有淹废，又非所谓因其所利以济其弊者也。愚谓宜解军府，移镇豫章，处十郡之中，厉简惠之政，比及数年，可有生气。且属县凋散，示有所存，而役调送迎不得止息，亦谓应随宜并合以简众费。刺史庾悦，自临莅以来，甚有恤隐之诚，但纲维不革，自非纲目所理。寻阳接蛮，宜示有遏防，可即州府千兵以助郡戍。
于是解悦，毅移镇豫章，遣其亲将赵恢领千兵守寻阳。俄进毅为都督荆宁秦雍四州之河东河南广平扬州之义成四郡诸军事、卫将军、开府仪同三司、荆州刺史，持节、公如故。毅表荆州编户不盈十万，器械索然。广州虽凋残，犹出丹漆之用，请依先准。于是加督交、广二州。
毅至江陵，乃辄取江州兵及豫州西府文武万余，留而不遣，又告疾困，请藩为副。刘裕以毅贰于己，乃奏之。安帝下诏曰：「刘毅傲很凶戾，履霜日久，中间覆败，宜即显戮。晋法含弘，复蒙宠授。曾不思愆内讼，怨望滋甚。赖宰辅藏疾，特加遵养，遂复推毂陕西，宠荣隆泰，庶能洗心感遇，革音改意。而长恶不悛，志为奸宄，陵上虐下，纵逸无度。既解督任，江州非复所统，而辄徙兵众，略取军资，驱斥旧戍，厚树亲党。西府二局，文武盈万，悉皆割留，曾无片言。肆心恣欲，罔顾天朝。又与从弟藩远相影响，招聚剽狡，缮甲阻兵，外托省疾，实规伺隙，同恶相济，图会荆郢。尚书左仆射谢混凭借世资，超蒙殊遇，而轻佻躁脱，职为乱阶，扇动内外，连谋万里，是而可忍，孰不可怀！」乃诛藩、混。
刘裕自率众讨毅，命王弘、王镇恶、蒯恩等率军至豫章口，于江津燔舟而进。毅参军朱显之逢镇恶，以所统千人赴毅。镇恶等攻陷外城，毅守内城，精锐尚数千人，战至日昃，镇恶以裕书示城内，毅怒，不发书而焚之。毅冀有外救，督士卒力战。众知裕至，莫有斗心。既暮，镇恶焚诸门，齐力攻之，毅众乃散。毅自北门单骑而走，去江陵二十里而缢。经宿，居人以告，乃斩于市，子姪皆伏诛。毅兄模奔于襄阳，鲁宗之斩送之。
毅刚猛沈断，而专肆很愎，与刘裕协成大业，而功居其次，深自矜伐，不相推伏。及居方岳，常怏怏不得志，裕每柔而顺之。毅骄纵滋甚，每览史籍，至蔺相如降屈于廉颇，辄绝叹以为不可能也。尝云：「恨不遇刘项，与之争中原。」又谓郗僧施曰：「昔刘备之有孔明，犹鱼之有水。今吾与足下虽才非古贤，而事同斯言。」众咸恶其陵傲不逊。及败于桑落，知物情去己，弥复愤激。初，裕征卢循，凯归，帝大宴于西池，有诏赋诗。毅诗云：「六国多雄士，正始出风流。」自知武功不竞，故示文雅有余也。后于东府聚摴蒱大掷，一判应至数百万，余人并黑犊以还，唯刘裕及毅在后。毅次掷得雉，大喜，褰衣绕床，叫谓同坐曰：「非不能卢，不事此耳。」裕恶之，因挼五木久之，曰：「老兄试为卿答。」既而四子俱黑，其一子转跃未定，裕厉声喝之，即成卢焉。毅意殊不快，然素黑，其面如铁色焉，而乃和言曰：「亦知公不能以此见借！」既出西藩，虽上流分陕，而顿失内权，又颇自嫌事计，故欲擅其威强，伺隙图裕，以至于败。
初，江州刺史庾悦，隆安中为司徒长史，曾至京口。毅时甚屯窭，先就府借东堂与亲故出射。而悦后与僚佐径来诣堂，毅告之曰：「毅辈屯否之人，合一射甚难。君于诸堂并可，望以今日见让。」悦不许。射者皆散，唯毅留射如故。既而悦食鹅，毅求其余，悦又不答，毅常衔之。义熙中，故夺悦豫章，解其军府，使人微示其旨，悦忿惧而死。毅之褊躁如此。
迈字伯群。少有才干，为殷仲堪中兵参军。桓玄之在江陵，甚豪横，士庶畏之，过于仲堪。玄曾于仲堪厅事前戏马，以矟拟仲堪。迈时在坐，谓玄曰：「马矟有余，精理不足。」玄自以才雄冠世，而心知外物不许之。仲堪为之失色。玄出，仲堪谓迈曰：「卿乃狂人也！玄夜遣杀卿，我岂能相救！」迈以正辞折仲堪，而不以为悔。仲堪使迈下都以避之。玄果令追之，迈仅而免祸。后玄得志，迈诣门称谒，玄谓迈曰：「安知不死而敢相见？」迈对曰：「射钩、斩袪，与迈为三，故知不死。」玄甚喜，以为刑狱参军。后为竟陵太守。及毅与刘裕等同谋起义，迈将应之，事泄，为玄所害。
诸葛长民，琅邪阳都人也。有文武干用，然不持行检，无乡曲之誉。桓玄引为参军平西军事，寻以贪刻免。及刘裕建义，与之定谋，为扬武将军。从裕讨桓玄，以功拜辅国将军、宣城内史。于时桓歆聚众向历阳，长民击走之，又与刘敬宣破歆于芍陂，封新淦县公，食邑二千五百户，以本官督淮北诸军事，镇山阳。义熙初，慕容超寇下邳，长民遣部将徐琰击走之，进位使持节、督青扬二州诸军事、青州刺史，领晋陵太守，镇丹徒，本号及公如故。
及何无忌为徐道覆所害，贼乘胜逼京师，朝廷震骇，长民率众入卫京都，因表曰：「妖贼集船伐木，而南康相郭澄之隐蔽经年，又深相保明，屡欺无忌，罪合斩刑。」诏原澄之。及卢循之败刘毅也。循与道覆连旗而下，京都危惧，长民劝刘裕权移天子过江。裕不听，令长民与刘毅屯于北陵，以备石头。事平，转督豫州扬州之六郡诸军事、豫州刺史，领淮南太守。
及裕讨毅，以长民监太尉留府事，诏以甲杖五十人入殿。长民骄纵贪侈，不恤政事，多聚珍宝美色，营建第宅，不知纪极，所在残虐，为百姓所苦。自以多行无礼，惧国宪。及刘毅被诛，长民谓所亲曰：「昔年醢彭越，前年杀韩信，祸其至矣！」谋欲为乱，问刘穆之曰：「人间论者谓太尉与我不平，其故何也？」穆之曰：「相公西征，老母弱弟委之将军，何谓不平！」长民弟黎民轻狡好利，固劝之曰：「黥彭异体而势不偏全，刘毅之诛，亦诸葛氏之惧，可因裕未还以图之。」长民犹豫未发，既而叹曰：「贫贱常思富贵，富贵必履机危。今日欲为丹徒布衣，岂可得也！」裕深疑之，骆驿继遣辎重兼行而下，前克至日，百司于道候之，辄差其期。既而轻舟径进，潜入东府。明旦，长民闻之，惊而至门，裕伏壮士丁旿于幙中，引长民进语，素所未尽皆说焉。长民悦，旿自后拉而杀之，舆尸付廷尉。使收黎民，黎民骁勇绝人，与捕者苦战而死。小弟幼民为大司马参军，逃于山中，追擒戮之。诸葛氏之诛也，士庶咸恨正刑之晚，若释桎梏焉。
初，长民富贵之后，常一月中辄十数夜眠中惊起，跳踉，如与人相打。毛修之尝与同宿，见之骇愕，问其故。长民答曰：「正见一物，甚黑而有毛，脚不分明，奇健，非我无以制之。」其后来转数。屋中柱及椽桷间，悉见有蛇头，令人以刀悬斫，应刃隐藏，去辄复出。又捣衣杵相与语如人声，不可解。于壁见有巨手，长七八尺，臂大数围，令斫之，豁然不见。未几伏诛。
何无忌，东海郯人也。少有大志，忠亮任气，人有不称其心者，辄形于言色。州辟从事，转太学博士。镇北将军刘牢之，即其舅也，时镇京口，每有大事，常与参议之。会稽世子元显子彦章封东海王，以无忌为国中尉，加广武将军。及桓玄害彦章于市，无忌入市恸哭而出，时人义焉。随牢之南征桓玄。牢之将降于玄也，无忌屡谏，辞旨甚切，牢之不从。及玄篡位，无忌与玄吏部郎曹靖之有旧，请莅小县。靖之白玄，玄不许，无忌乃还京口。
初，刘裕尝为刘牢之参军，与无忌素相亲结。至是，因密共图玄。刘毅家在京口，与无忌素善，言及兴复之事，无忌曰：「桓氏强盛，其可图乎？」毅曰：「天下自有强弱，虽强易弱，正患事主难得耳！」无忌曰：「天下草泽之中非无英雄也。」毅曰：「所见唯有刘下邳。」无忌笑而不答，还以告裕，因共要毅，与相推结，遂共举义兵，袭京口。无忌伪著传诏服，称敕使，城中无敢动者。
初，桓玄闻裕等及无忌之起兵也，甚惧。其党曰：「刘裕乌合之众，势必无成，愿不以为虑。」玄曰：「刘裕勇冠三军，当今无敌。刘毅家无儋石之储，摴蒱一掷百万。何无忌，刘牢之之甥，酷似其舅。共举大事，何谓无成！」其见惮如此。及玄败走，武陵王遵承制以无忌为辅国将军、琅邪内史，以会稽王道子所部精兵悉配之，南追桓玄，与振武将军刘道规俱受冠军将军刘毅节度。玄留其龙骧将军何澹之、前将军郭铨、江州刺史郭昶之守湓口。无忌等次桑落洲，澹之等率军来战。澹之常所乘舫旌旗甚盛，无忌曰：「贼帅必不居此，欲诈我耳，宜亟攻之。」众咸曰：「澹之不在其中，其徒得之无益。」无忌谓道规曰：「今众寡不敌，战无全胜。澹之虽不居此舫，取则易获，因纵兵腾之，可以一鼓而败也。」道规从之，遂获贼舫，因传呼曰：「已得何澹之矣！」贼中惊扰，无忌之众亦谓为然。道规乘胜径进，无忌又鼓噪赴之，澹之遂溃。进据寻阳，遣使奉送宗庙主祏及武康公主、琅邪王妃还京都。又与毅、道规破走玄于峥嵘洲。无忌进据巴陵。玄从兄谦、从子振乘间陷江陵，无忌、道规进攻谦于马头，攻桓蔚于龙泉，皆破之。既而为桓振所败，退还寻阳。无忌与毅、道规复进讨振，克夏口三城，遂平巴陵，进次马头。桓谦请割荆、江二州，奉送天子，无忌不许。进军破江陵，谦等败走。无忌侍卫安帝还京师，以无忌督豫州扬州淮南庐江安丰历阳堂邑五郡军事、右将军、豫州刺史、加节，甲杖五十人入殿，未之职。迁会稽内史、督江东五郡军事，持节、将军如故，给鼓吹一部。义熙二年，迁都督江荆二州江夏随义阳绥安豫州西阳新蔡汝南颍川八郡军事、江州刺史，将军、持节如故。以兴复之功，封安成郡开国公，食邑三千户，增督司州之弘农扬州之松滋，加散骑侍郎，进镇南将军。
卢循遣别帅徐道覆顺流而下，舟舰皆重楼。无忌将率众距之，长史邓潜之谏曰：「今以神武之师抗彼逆众，回山压卵，未足为譬。然国家之计在此一举。闻其舟舰大盛，势居上流。蜂虿之毒，邾鲁成鉴。宜决破南塘，守二城以待之，其必不敢舍我远下。蓄力俟其疲老，然后击之。若弃万全之长策，而决成败于一战，如其失利，悔无及矣。」无忌不从，遂以舟师距之。既及，贼令强弩数百登西岸小山以邀射之，而薄于山侧。俄而西风暴急，无忌所乘小舰被飘东岸，贼乘风以大舰逼之，众遂奔败，无忌尚厉声曰：「取我苏武节来！」节至，乃躬执以督战。贼众云集，登舰者数十人。无忌辞色无挠，遂握节死之。诏曰：「无忌秉哲履正，忠亮明允，亡身殉国，则契协英谟；经纶屯昧，则重氛载廓。及敷政方夏，实播风惠。妖寇搆乱，侵扰邦畿，投袂致讨，志清王略。而事出虑外，临危弥厉，握节陨难，诚贯古贤，朕用伤恸于厥怀。其赠侍中、司空，本官如故，谥曰忠肃。」子邕嗣。
初，桓玄克京邑，刘裕东征，无忌密至裕军所，潜谋举义，劝裕于山阴起兵。裕以玄大逆未彰，恐在远举事，克济为难。若玄遂窃天位，然后于京口图之，事未晚也。无忌乃还。及义师之举，参赞大勋，皆以算略攻取为效，而此举败于轻脱，朝野痛之。
檀凭之字庆子，高平人也。少有志力。闺门邕肃，为世所称。从兄子韶兄弟五人，皆稚弱而孤，凭之抚养若己所生。初为会稽王骠骑行参军，转桓修长流参军，领东莞太守，加宁远将军。与刘裕有州闾之旧，又数同东讨，情好甚密。义旗之建，凭之与刘毅俱以私艰，墨绖而赴。虽才望居毅之后，而官次及威声过之，故裕以为建武将军。
裕将义举也，尝与何无忌、魏咏之同会凭之所。会善相者晋陵韦叟见凭之，大惊曰：「卿有急兵之厄，其候不过三四日耳。且深藏以避之，不可轻出。」及桓玄将皇甫敷之至罗落桥也，凭之与裕各领一队而战，军败，为敷军所害。赠冀州刺史。义熙初，诏曰：「夫旌善纪功，有国之通典，没而不朽，节义之笃行。故冀州刺史檀凭之忠烈果毅，亡身为国，既义敦其情，故临危授命。考诸心迹，古人无以远过，近者之赠，意犹恨焉。可加赠散骑常侍，本官如故。既陨身王事，亦宜追论封赏。可封曲阿县公，邑三千户。」
魏咏之字长道，任城人也。家世贫素，而躬耕为事，好学不倦。生而兔缺。有善相者谓之曰：「卿当富贵。」年十八，闻荆州刺史殷仲堪帐下有名医能疗之，贫无行装，谓家人曰：「残丑如此，用活何为！」遂赍数斛米西上，以投仲堪。既至，造门自通。仲堪与语，嘉其盛意，召医视之。医曰：「可割而补之，但须百日进粥，不得语笑。」咏之曰：「半生不语，而有半生，亦当疗之，况百日邪！」仲堪于是处之别屋，令医善疗之。咏之遂闭口不语，唯食薄粥，其厉志如此。及差，仲堪厚资遣之。
初为州主簿，尝见桓玄。既出，玄鄙其精神不隽，谓坐客曰：「庸神而宅伟干，不成令器。」竟不调而遣之。咏之早与刘裕游款，及玄篡位，协赞义谋。玄败，授建威将军、豫州刺史。桓歆寇历阳，咏之率众击走之。义熙初，进征虏将军、吴国内史，寻转荆州刺史、持节、都督六州，领南蛮校尉。咏之初在布衣，不以贫贱为耻；及居显位，亦不以富贵骄人。始为殷仲堪之客，未几竟践其位，论者称之。寻卒于官。诏曰：「魏咏之器宇弘劭，识局贞隐，同奖之诚，实铭王府；敷绩之效，垂惠在人。奄致陨丧，恻怆于心。可赠太常，加散骑常侍。」其后录其赞义之功，追封江陵县公，食邑二千五百户，谥曰桓。弟顺之至琅邪内史。
史臣曰：臣观自古承平之化，必杖正人；非常之业，莫先奇士。当衰晋陵夷之际，逆玄僭擅之秋，外乏桓文，内无平勃，不有雄杰，安能济之哉！此数子者，气足以冠时，才足以经世，属大亨数穷之运，乘义熙天启之资，建大功若转圜，翦群凶如拉朽，势倾百辟，禄极万锺，斯亦丈夫之盛也。然希乐陵傲而速祸，诸葛骄淫以成衅，造宋而乖同德，复晋而异纯臣，谋之不臧，自取夷灭。无忌挟功名之大志，挺文武之良才，追旧而恸感时人，率义而响震勍敌，因机效捷，处死不懦，比乎向时之辈，岂同日而言欤！
