桓玄篡位，毅與劉裕、何無忌、魏詠之等起義兵，密謀討玄，毅討徐州刺史桓脩於京口、青州刺史桓弘於廣陵。裕率毅等至竹里，玄使其將皇甫敷、吳甫之北距義軍，遇之於江乘，臨陣斬甫之，進至羅落橋，又斬敷首。玄大懼，使桓謙、何澹之屯覆舟山。毅等軍至蔣山，裕使羸弱登山，多張旗幟，玄不之測，益以危懼。謙等士卒多北府人，素慴伏裕，莫敢出鬥。裕與毅等分為數隊，進突謙陣，皆殊死戰，無不一當百。時東北風急，義軍放火，煙塵張天，鼓譟之音震駭京邑，謙等諸軍一時奔散。
玄既西走，裕以毅為冠軍將軍、青州刺史，與何無忌、劉道規躡玄。玄逼帝及琅邪王西上，毅與道規及下邳太守孟懷玉等追及玄，戰於崢嶸洲。毅乘風縱火，盡銳爭先，玄眾大潰，燒輜重夜走。玄將郭銓、劉雅等襲陷尋陽，毅遣武威將軍劉懷肅討平之。
及玄死，桓振、桓謙復聚眾距毅於靈溪。玄將馮該以兵會於振，毅進擊，為振所敗，退次尋陽，坐免官，尋原之。劉裕命何無忌受毅節度，無忌以督攝為煩，輒便解統。毅疾無忌專擅，免其琅邪內史，以輔國將軍攝軍事，無忌遂與毅不平。毅唯自引咎，時論韙之。毅復與道規發尋陽。桓亮自號江州刺史，遣劉敬宣擊走之。毅軍次夏口。時振黨馮該戍大岸，孟山圖據魯城，桓山客守偃月壘，眾合萬人，連艦二岸，水陸相援。毅督眾軍進討，未至夏口，遇風飄沒千餘人。毅與劉懷肅、索邈等攻魯城，道規攻偃月壘，何無忌與檀祗列艦於中流，以防越逸。毅躬貫甲冑，陵城半日而二壘俱潰，生擒山客，而馮該遁走。毅進平巴陵。以毅為使持節、兗州刺史，將軍如故。毅號令嚴整，所經墟邑，百姓安悅。南陽太守魯宗之起義，襲襄陽，破桓蔚。毅等諸軍次江陵之馬頭。振擁乘輿，出營江津。宗之又破偽將溫楷，振自擊宗之。毅因率無忌、道規等諸軍破馮該於豫章口，推鋒而進，遂入江陵。振聞城陷，與謙北走，乘輿反正，毅執玄黨卞範之、羊僧壽、夏侯崇之、桓道恭等，皆斬之。桓振復與苻宏自鄖城襲陷江陵，與劉懷肅相持。毅遣部將擊振，殺之，并斬偽輔國將軍桓珍。毅又攻拔遷陵，斬玄太守劉叔祖於臨嶂。其餘擁眾假號以十數，皆討平之。二州既平，以毅為撫軍將軍。時刁預等作亂，屯於湘中，毅遣將分討，皆滅之。
初，毅丁憂在家，及義旗初興，遂墨絰從事。至是，軍役漸寧，上表乞還京口，以終喪禮，曰：「弘道為國者，理盡於仁孝。訴窮歸天者，莫甚於喪親。但臣凡庸，本無感概，不能隕越，故其宜耳。往年國難滔天，故志竭愚忠，靦然苟存。去春鑾駕迴軫，而狂狡未滅，雖姦凶時梟，餘燼竄伏，威懷寡方，文武勞弊，微情未申，顧景悲憤。今皇威遐肅，海內清蕩，臣窮毒艱穢，亦已具於聖聽。兼羸患滋甚，眾疾互動，如今寢頓無復人理。臣之情也，本不甘生；語其事也，亦可以沒。乞賜餘骸，終其丘墳，庶幾忠孝之道獲宥於聖世。」不許。詔以毅為都督豫州揚州之淮南歷陽廬江安豐堂邑五郡諸軍事、豫州刺史，持節、將軍、常侍如故，本府文武悉令西屬。以匡復功，封南平郡開國公，兼都督宣城軍事，給鼓吹一部。梁州刺史劉雅反，毅遣將討擒之。初，桓玄於南州起齋，悉畫盤龍於其上，號為盤龍齋。毅小字盤龍，至是，遂居之。俄進拜衛將軍、開府儀同三司。
及何無忌為盧循所敗，賊軍乘勝而進，朝廷震駭。毅具舟船討之，將發，而疾篤，內外失色。朝議欲奉乘輿北就中軍劉裕，會毅疾瘳，將率軍南征，裕與毅書曰：「吾往與妖賊戰，曉其變態。今修船垂畢，將居前撲之。克平之日，上流之任皆以相委。」又遣毅從弟藩往止之。毅大怒，謂藩曰：「我以一時之功相推耳，汝便謂我不及劉裕也！」投書於地。遂以舟師二萬發姑孰。徐道覆聞毅將至建鄴，報盧循曰：「劉毅兵重，成敗繫此一戰，宜併力距之。」循乃引兵發巴陵，與道覆連旗而下。毅次于桑落洲，與賊戰，敗績，棄船，以數百人步走，餘眾皆為賊所虜，輜重盈積，皆棄之。毅走，經涉蠻晉，飢困死亡，至者十二三。參軍羊邃竭力營護之，僅而獲免。劉裕深慰勉之，復其本職。毅乃以邃為諮議參軍。
臣聞天以盈虛為運，政以損益為道。時否而政不革，人凋而事不損，則無以救急病於已危，拯塗炭於將絕。自頃戎車屢駭，干戈溢境，所統江州，以一隅之地當逆順之衝，自桓玄以來，驅蹙殘敗，至乃男不被養，女無匹對，逃亡去就，不避幽深，自非財殫力竭，無以至此。若不曲心矜理，有所釐改，則靡遺之歎奄焉必及。
夫設官分職，軍國殊用，牧養以息務為大，武略以濟事為先。兼而領之，蓋出於權事，因藉既久，遂似常體。江州在腹心之內，憑接揚豫，藩屏所倚，實為重複。昔胡寇縱逸，朔馬臨江，抗禦之宜，蓋權爾耳。今江左區區，戶不盈數十萬，地不踰數千里，而統旅鱗次，未獲減息，大而言之，足為國恥。況乃地在無虞，而猶置軍府文武將佐，資費非要，豈所謂經國大情，揚湯去火者哉！自州郡邊江，百姓遼落，加郵亭險閡，畏阻風波，轉輸往復，有淹廢，又非所謂因其所利以濟其弊者也。愚謂宜解軍府，移鎮豫章，處十郡之中，厲簡惠之政，比及數年，可有生氣。且屬縣凋散，示有所存，而役調送迎不得止息，亦謂應隨宜并合以簡眾費。刺史庾悅，自臨蒞以來，甚有恤隱之誠，但綱維不革，自非綱目所理。尋陽接蠻，宜示有遏防，可即州府千兵以助郡戍。
於是解悅，毅移鎮豫章，遣其親將趙恢領千兵守尋陽。俄進毅為都督荊寧秦雍四州之河東河南廣平揚州之義成四郡諸軍事、衛將軍、開府儀同三司、荊州刺史，持節、公如故。毅表荊州編戶不盈十萬，器械索然。廣州雖凋殘，猶出丹漆之用，請依先準。於是加督交、廣二州。
毅至江陵，乃輒取江州兵及豫州西府文武萬餘，留而不遣，又告疾困，請藩為副。劉裕以毅貳于己，乃奏之。安帝下詔曰：「劉毅傲很凶戾，履霜日久，中間覆敗，宜即顯戮。晉法含弘，復蒙寵授。曾不思愆內訟，怨望滋甚。賴宰輔藏疾，特加遵養，遂復推轂陝西，寵榮隆泰，庶能洗心感遇，革音改意。而長惡不悛，志為姦宄，陵上虐下，縱逸無度。既解督任，江州非復所統，而輒徙兵眾，略取軍資，驅斥舊戍，厚樹親黨。西府二局，文武盈萬，悉皆割留，曾無片言。肆心恣欲，罔顧天朝。又與從弟藩遠相影響，招聚剽狡，繕甲阻兵，外託省疾，實規伺隙，同惡相濟，圖會荊郢。尚書左僕射謝混憑藉世資，超蒙殊遇，而輕佻躁脫，職為亂階，扇動內外，連謀萬里，是而可忍，孰不可懷！」乃誅藩、混。
劉裕自率眾討毅，命王弘、王鎮惡、蒯恩等率軍至豫章口，於江津燔舟而進。毅參軍朱顯之逢鎮惡，以所統千人赴毅。鎮惡等攻陷外城，毅守內城，精銳尚數千人，戰至日昃，鎮惡以裕書示城內，毅怒，不發書而焚之。毅冀有外救，督士卒力戰。眾知裕至，莫有鬥心。既暮，鎮惡焚諸門，齊力攻之，毅眾乃散。毅自北門單騎而走，去江陵二十里而縊。經宿，居人以告，乃斬於市，子姪皆伏誅。毅兄模奔於襄陽，魯宗之斬送之。
毅剛猛沈斷，而專肆很愎，與劉裕協成大業，而功居其次，深自矜伐，不相推伏。及居方嶽，常怏怏不得志，裕每柔而順之。毅驕縱滋甚，每覽史籍，至藺相如降屈於廉頗，輒絕歎以為不可能也。嘗云：「恨不遇劉項，與之爭中原。」又謂郗僧施曰：「昔劉備之有孔明，猶魚之有水。今吾與足下雖才非古賢，而事同斯言。」眾咸惡其陵傲不遜。及敗於桑落，知物情去己，彌復憤激。初，裕征盧循，凱歸，帝大宴於西池，有詔賦詩。毅詩云：「六國多雄士，正始出風流。」自知武功不競，故示文雅有餘也。後於東府聚摴蒱大擲，一判應至數百萬，餘人並黑犢以還，唯劉裕及毅在後。毅次擲得雉，大喜，褰衣繞床，叫謂同坐曰：「非不能盧，不事此耳。」裕惡之，因挼五木久之，曰：「老兄試為卿答。」既而四子俱黑，其一子轉躍未定，裕厲聲喝之，即成盧焉。毅意殊不快，然素黑，其面如鐵色焉，而乃和言曰：「亦知公不能以此見借！」既出西藩，雖上流分陝，而頓失內權，又頗自嫌事計，故欲擅其威強，伺隙圖裕，以至於敗。
初，江州刺史庾悅，隆安中為司徒長史，曾至京口。毅時甚屯窶，先就府借東堂與親故出射。而悅後與僚佐徑來詣堂，毅告之曰：「毅輩屯否之人，合一射甚難。君於諸堂並可，望以今日見讓。」悅不許。射者皆散，唯毅留射如故。既而悅食鵝，毅求其餘，悅又不答，毅常銜之。義熙中，故奪悅豫章，解其軍府，使人微示其旨，悅忿懼而死。毅之褊躁如此。
邁字伯群。少有才榦，為殷仲堪中兵參軍。桓玄之在江陵，甚豪橫，士庶畏之，過於仲堪。玄曾於仲堪廳事前戲馬，以矟擬仲堪。邁時在坐，謂玄曰：「馬矟有餘，精理不足。」玄自以才雄冠世，而心知外物不許之。仲堪為之失色。玄出，仲堪謂邁曰：「卿乃狂人也！玄夜遣殺卿，我豈能相救！」邁以正辭折仲堪，而不以為悔。仲堪使邁下都以避之。玄果令追之，邁僅而免禍。後玄得志，邁詣門稱謁，玄謂邁曰：「安知不死而敢相見？」邁對曰：「射鉤、斬袪，與邁為三，故知不死。」玄甚喜，以為刑獄參軍。後為竟陵太守。及毅與劉裕等同謀起義，邁將應之，事泄，為玄所害。
諸葛長民，琅邪陽都人也。有文武榦用，然不持行檢，無鄉曲之譽。桓玄引為參軍平西軍事，尋以貪刻免。及劉裕建義，與之定謀，為揚武將軍。從裕討桓玄，以功拜輔國將軍、宣城內史。于時桓歆聚眾向歷陽，長民擊走之，又與劉敬宣破歆于芍陂，封新淦縣公，食邑二千五百戶，以本官督淮北諸軍事，鎮山陽。義熙初，慕容超寇下邳，長民遣部將徐琰擊走之，進位使持節、督青揚二州諸軍事、青州刺史，領晉陵太守，鎮丹徒，本號及公如故。
及何無忌為徐道覆所害，賊乘勝逼京師，朝廷震駭，長民率眾入衛京都，因表曰：「妖賊集船伐木，而南康相郭澄之隱蔽經年，又深相保明，屢欺無忌，罪合斬刑。」詔原澄之。及盧循之敗劉毅也。循與道覆連旗而下，京都危懼，長民勸劉裕權移天子過江。裕不聽，令長民與劉毅屯于北陵，以備石頭。事平，轉督豫州揚州之六郡諸軍事、豫州刺史，領淮南太守。
及裕討毅，以長民監太尉留府事，詔以甲杖五十人入殿。長民驕縱貪侈，不恤政事，多聚珍寶美色，營建第宅，不知紀極，所在殘虐，為百姓所苦。自以多行無禮，懼國憲。及劉毅被誅，長民謂所親曰：「昔年醢彭越，前年殺韓信，禍其至矣！」謀欲為亂，問劉穆之曰：「人間論者謂太尉與我不平，其故何也？」穆之曰：「相公西征，老母弱弟委之將軍，何謂不平！」長民弟黎民輕狡好利，固勸之曰：「黥彭異體而勢不偏全，劉毅之誅，亦諸葛氏之懼，可因裕未還以圖之。」長民猶豫未發，既而歎曰：「貧賤常思富貴，富貴必履機危。今日欲為丹徒布衣，豈可得也！」裕深疑之，駱驛繼遣輜重兼行而下，前剋至日，百司於道候之，輒差其期。既而輕舟徑進，潛入東府。明旦，長民聞之，驚而至門，裕伏壯士丁旿於幙中，引長民進語，素所未盡皆說焉。長民悅，旿自後拉而殺之，輿尸付廷尉。使收黎民，黎民驍勇絕人，與捕者苦戰而死。小弟幼民為大司馬參軍，逃于山中，追擒戮之。諸葛氏之誅也，士庶咸恨正刑之晚，若釋桎梏焉。
初，長民富貴之後，常一月中輒十數夜眠中驚起，跳踉，如與人相打。毛修之嘗與同宿，見之駭愕，問其故。長民答曰：「正見一物，甚黑而有毛，腳不分明，奇健，非我無以制之。」其後來轉數。屋中柱及椽桷間，悉見有蛇頭，令人以刀懸斫，應刃隱藏，去輒復出。又擣衣杵相與語如人聲，不可解。於壁見有巨手，長七八尺，臂大數圍，令斫之，豁然不見。未幾伏誅。
何無忌，東海郯人也。少有大志，忠亮任氣，人有不稱其心者，輒形於言色。州辟從事，轉太學博士。鎮北將軍劉牢之，即其舅也，時鎮京口，每有大事，常與參議之。會稽世子元顯子彥章封東海王，以無忌為國中尉，加廣武將軍。及桓玄害彥章於市，無忌入市慟哭而出，時人義焉。隨牢之南征桓玄。牢之將降於玄也，無忌屢諫，辭旨甚切，牢之不從。及玄篡位，無忌與玄吏部郎曹靖之有舊，請蒞小縣。靖之白玄，玄不許，無忌乃還京口。
初，劉裕嘗為劉牢之參軍，與無忌素相親結。至是，因密共圖玄。劉毅家在京口，與無忌素善，言及興復之事，無忌曰：「桓氏強盛，其可圖乎？」毅曰：「天下自有強弱，雖強易弱，正患事主難得耳！」無忌曰：「天下草澤之中非無英雄也。」毅曰：「所見唯有劉下邳。」無忌笑而不答，還以告裕，因共要毅，與相推結，遂共舉義兵，襲京口。無忌偽著傳詔服，稱敕使，城中無敢動者。
初，桓玄聞裕等及無忌之起兵也，甚懼。其黨曰：「劉裕烏合之眾，勢必無成，願不以為慮。」玄曰：「劉裕勇冠三軍，當今無敵。劉毅家無儋石之儲，摴蒱一擲百萬。何無忌，劉牢之之甥，酷似其舅。共舉大事，何謂無成！」其見憚如此。及玄敗走，武陵王遵承制以無忌為輔國將軍、琅邪內史，以會稽王道子所部精兵悉配之，南追桓玄，與振武將軍劉道規俱受冠軍將軍劉毅節度。玄留其龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓、江州刺史郭昶之守湓口。無忌等次桑落洲，澹之等率軍來戰。澹之常所乘舫旌旗甚盛，無忌曰：「賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。」眾咸曰：「澹之不在其中，其徒得之無益。」無忌謂道規曰：「今眾寡不敵，戰無全勝。澹之雖不居此舫，取則易獲，因縱兵騰之，可以一鼓而敗也。」道規從之，遂獲賊舫，因傳呼曰：「已得何澹之矣！」賊中驚擾，無忌之眾亦謂為然。道規乘勝徑進，無忌又鼓譟赴之，澹之遂潰。進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏及武康公主、琅邪王妃還京都。又與毅、道規破走玄於崢嶸洲。無忌進據巴陵。玄從兄謙、從子振乘間陷江陵，無忌、道規進攻謙於馬頭，攻桓蔚於龍泉，皆破之。既而為桓振所敗，退還尋陽。無忌與毅、道規復進討振，克夏口三城，遂平巴陵，進次馬頭。桓謙請割荊、江二州，奉送天子，無忌不許。進軍破江陵，謙等敗走。無忌侍衛安帝還京師，以無忌督豫州揚州淮南廬江安豐歷陽堂邑五郡軍事、右將軍、豫州刺史、加節，甲杖五十人入殿，未之職。遷會稽內史、督江東五郡軍事，持節、將軍如故，給鼓吹一部。義熙二年，遷都督江荊二州江夏隨義陽綏安豫州西陽新蔡汝南潁川八郡軍事、江州刺史，將軍、持節如故。以興復之功，封安成郡開國公，食邑三千戶，增督司州之弘農揚州之松滋，加散騎侍郎，進鎮南將軍。
盧循遣別帥徐道覆順流而下，舟艦皆重樓。無忌將率眾距之，長史鄧潛之諫曰：「今以神武之師抗彼逆眾，迴山壓卵，未足為譬。然國家之計在此一舉。聞其舟艦大盛，勢居上流。蜂蠆之毒，邾魯成鑒。宜決破南塘，守二城以待之，其必不敢捨我遠下。蓄力俟其疲老，然後擊之。若棄萬全之長策，而決成敗於一戰，如其失利，悔無及矣。」無忌不從，遂以舟師距之。既及，賊令強弩數百登西岸小山以邀射之，而薄于山側。俄而西風暴急，無忌所乘小艦被飄東岸，賊乘風以大艦逼之，眾遂奔敗，無忌尚厲聲曰：「取我蘇武節來！」節至，乃躬執以督戰。賊眾雲集，登艦者數十人。無忌辭色無撓，遂握節死之。詔曰：「無忌秉哲履正，忠亮明允，亡身殉國，則契協英謨；經綸屯昧，則重氛載廓。及敷政方夏，實播風惠。妖寇搆亂，侵擾邦畿，投袂致討，志清王略。而事出慮外，臨危彌厲，握節隕難，誠貫古賢，朕用傷慟于厥懷。其贈侍中、司空，本官如故，諡曰忠肅。」子邕嗣。
初，桓玄克京邑，劉裕東征，無忌密至裕軍所，潛謀舉義，勸裕於山陰起兵。裕以玄大逆未彰，恐在遠舉事，克濟為難。若玄遂竊天位，然後於京口圖之，事未晚也。無忌乃還。及義師之舉，參贊大勳，皆以算略攻取為效，而此舉敗於輕脫，朝野痛之。
檀憑之字慶子，高平人也。少有志力。閨門邕肅，為世所稱。從兄子韶兄弟五人，皆稚弱而孤，憑之撫養若己所生。初為會稽王驃騎行參軍，轉桓脩長流參軍，領東莞太守，加寧遠將軍。與劉裕有州閭之舊，又數同東討，情好甚密。義旗之建，憑之與劉毅俱以私艱，墨絰而赴。雖才望居毅之後，而官次及威聲過之，故裕以為建武將軍。
裕將義舉也，嘗與何無忌、魏詠之同會憑之所。會善相者晉陵韋叟見憑之，大驚曰：「卿有急兵之厄，其候不過三四日耳。且深藏以避之，不可輕出。」及桓玄將皇甫敷之至羅落橋也，憑之與裕各領一隊而戰，軍敗，為敷軍所害。贈冀州刺史。義熙初，詔曰：「夫旌善紀功，有國之通典，沒而不朽，節義之篤行。故冀州刺史檀憑之忠烈果毅，亡身為國，既義敦其情，故臨危授命。考諸心跡，古人無以遠過，近者之贈，意猶恨焉。可加贈散騎常侍，本官如故。既隕身王事，亦宜追論封賞。可封曲阿縣公，邑三千戶。」
魏詠之字長道，任城人也。家世貧素，而躬耕為事，好學不倦。生而兔缺。有善相者謂之曰：「卿當富貴。」年十八，聞荊州刺史殷仲堪帳下有名醫能療之，貧無行裝，謂家人曰：「殘醜如此，用活何為！」遂齎數斛米西上，以投仲堪。既至，造門自通。仲堪與語，嘉其盛意，召醫視之。醫曰：「可割而補之，但須百日進粥，不得語笑。」詠之曰：「半生不語，而有半生，亦當療之，況百日邪！」仲堪於是處之別屋，令醫善療之。詠之遂閉口不語，唯食薄粥，其厲志如此。及差，仲堪厚資遣之。
初為州主簿，嘗見桓玄。既出，玄鄙其精神不雋，謂坐客曰：「庸神而宅偉幹，不成令器。」竟不調而遣之。詠之早與劉裕游款，及玄篡位，協贊義謀。玄敗，授建威將軍、豫州刺史。桓歆寇歷陽，詠之率眾擊走之。義熙初，進征虜將軍、吳國內史，尋轉荊州刺史、持節、都督六州，領南蠻校尉。詠之初在布衣，不以貧賤為恥；及居顯位，亦不以富貴驕人。始為殷仲堪之客，未幾竟踐其位，論者稱之。尋卒于官。詔曰：「魏詠之器宇弘劭，識局貞隱，同獎之誠，實銘王府；敷績之效，垂惠在人。奄致隕喪，惻愴于心。可贈太常，加散騎常侍。」其後錄其贊義之功，追封江陵縣公，食邑二千五百戶，諡曰桓。弟順之至琅邪內史。
史臣曰：臣觀自古承平之化，必杖正人；非常之業，莫先奇士。當衰晉陵夷之際，逆玄僭擅之秋，外乏桓文，內無平勃，不有雄傑，安能濟之哉！此數子者，氣足以冠時，才足以經世，屬大亨數窮之運，乘義熙天啟之資，建大功若轉圜，翦群兇如拉朽，勢傾百辟，祿極萬鍾，斯亦丈夫之盛也。然希樂陵傲而速禍，諸葛驕淫以成釁，造宋而乖同德，復晉而異純臣，謀之不臧，自取夷滅。無忌挾功名之大志，挺文武之良才，追舊而慟感時人，率義而響震勍敵，因機效捷，處死不懦，比乎向時之輩，豈同日而言歟！
