四十五年十二月庚子，世宗崩。壬子，即皇帝位。以明年为隆庆元年，大赦天下。先朝政令不便者，皆以遗诏改之。召用建言得罪诸臣，死者恤录。方士悉付法司治罪，罢一切斋醮工作及例外采买。免明年天下田赋之半，及嘉靖四十三年以前逋赋。释户部主事海瑞于狱。是年，土鲁番入贡。
隆庆元年春正月丙寅，罢睿宗明堂配享。戊辰，复郑王厚烷爵。丁丑，追尊母康妃为孝恪皇太后。二月戊子，祭大社大稷。乙未，册妃陈氏为皇后。吏部侍郎陈以勤为礼部尚书兼文渊阁大学士，礼部侍郎张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，预机务。三月壬申，葬肃皇帝于永陵。乙酉，土蛮犯辽阳，指挥王承德战殁。夏四月丙戌朔，享太庙。丙午，禁属国毋献珍禽异兽。丁未，御经筵。五月己未，黄河决口工成。辛酉，祀地于北郊。丁丑，高拱罢。六月戊戌，以霪雨修省，素服避殿，御皇极门视事。是月，新河复决。秋七月辛巳，招抚山东、河南被灾流民，复五年。八月癸未朔，释奠于先师孔子。九月乙卯，俺答寇大同，诏严战守。癸亥，俺答陷石州，杀知州王亮采，掠交城、文水。壬申，土蛮犯蓟镇，掠昌黎、卢龙，至于滦河。诏宣大总督侍郎王之诰还驻怀来，巡抚都御史曹亨驻兵通州。甲戌，郭朴致仕。免襄阳、郧阳被灾秋粮。乙亥，总兵官李世忠援永平，与敌战于抚宁，京师戒严。冬十月丙戌，寇退，京师解严。甲辰，谕群臣议边防事宜。宁夏总兵官雷龙出塞邀击河套部，败之。十一月癸亥，祀天于南郊。是年，广东贼大起。琉球入贡。
二年春正月己卯，给事中石星疏陈六事，杖阙下，斥为民。二月丁酉，寇犯柴沟堡，守备韩尚忠战死。己亥，耕耤田。丁未，如天寿山，谒长陵、永陵。庚戌，还宫，免所过田租有差。三月辛酉，立皇子翊钧为皇太子，诏赦天下。乙丑，广西总兵官俞大猷讨广东贼。戊辰，赐罗万化等进士及第、出身有差。丙子，幸南海子。戊寅，京师地震，命百官修省。夏六月庚辰，遣使两畿录囚。己丑，广东贼曾一本寇广州，杀知县刘师颜。秋七月己酉，贼入廉州。丙寅，徐阶致仕。冬十月戊寅，免南畿被灾秋粮，振淮、徐饥。己亥，废辽王宪㸅为庶人。甲辰，免畿内、河南被灾秋粮。十一月壬子，宣府总兵官马芳袭俺答于长水海子，又败之鞍子山。辛酉，免江西被灾税粮。戊辰，祀天于南郊。己巳，命广东、福建督抚将领会勦曾一本。十二月庚寅，世宗神主祔太庙。丁酉，限勋戚庄田。是年，琉球入贡。
三年春正月壬子，大同总兵官赵岢败俺答于弘赐堡。二月庚辰，免陕西被灾秋粮。三月戊辰，曾一本陷碣石衞，裨将周云翔杀参将耿宗元，叛附于贼。夏四月己丑，总兵官雷龙出塞袭河套部，败之。五月庚戌，总兵官郭成等破贼于平山，周云翔伏诛。甲寅，御史詹仰庇请罢靡费，斥为民。秋七月壬午，河决沛县。乙酉，诏天下有司实修积谷备荒之政。壬辰，遣使振沿河被灾州县。八月癸丑，广东贼平，曾一本伏诛。壬戌，礼部尚书赵贞吉兼文渊阁大学士，预机务。丁卯，振南畿、浙江、山东水灾。九月丙子，俺答犯大同，掠山阴、应州、怀仁、浑源。辛卯，大阅。冬十一月甲戌，祀天于南郊。庚辰，京师地震有声，敕修省。十二月己亥，命厂衞密访部院政事。庚申，召高拱复入阁。乙丑，尚宝寺丞郑履淳以言事廷杖下狱。是冬，免两畿、山东、浙江、河南、湖广税粮。是年，陕西贼起。琉球、土鲁番入贡。
四年春正月己巳朔，日有食之，免朝贺。辛未，避殿修省。是月，倭入广海衞城。二月乙丑，分设三大营文武提督六人。夏四月戊戌，京师地震。丙午，俺答寇大同、宣府，官兵拒却之。是月，陕西贼寇四川。五月癸酉，给事中李己谏买金宝，廷杖下狱。秋七月己巳，禁章奏浮冗。命抚、按官严禁有司酷刑。戊子，陈以勤致仕。乙未，免四川被灾税粮。八月庚戌，宣、大告警，敕边备。九月癸酉，陕西水灾，蠲振有差。甲戌，河决邳州。壬午，免北畿、湖广被灾税粮。癸未，寇犯大同，副总兵钱栋战死。戊子，犯锦州，总兵官王治道等战死。甲午，罢京营文武提督，置总督协理大臣。冬十月癸卯，俺答孙把汉那吉来降。丁未，以把汉那吉为指挥使。壬戌，考察给事中、御史。十一月丁丑，俺答乞封。己卯，祀天于南郊。乙酉，赵贞吉罢。己丑，礼部尚书殷士儋兼文渊阁大学士，预机务。十二月丁酉，俺答执叛人赵全等九人来献，诏遣把汉那吉归，厚赐之。乙卯，受俘，磔赵全等于市。
五年春二月甲午，廷臣及朝觐官谒皇太子于文华左门。己未，封皇子翊镠为潞王。三月己卯，赐张元忭等进士及第、出身有差。己丑，封俺答为顺义王。夏四月甲午，河复决邳州。五月壬戌，古田獞贼平。戊寅，李春芳致仕。六月辛卯，京师地震者三，敕修省。甲辰，授河套部长吉能为都督同知。甲寅，顺义王俺答贡马，告庙受贺。丙辰，俺答执赵全余党十三人来献。秋八月癸卯，许河套部互市。九月癸未，三镇贡市成。冬十月己亥，河南、山东大水，申饬河防。十一月己巳，殷士儋致仕。是年，琉球、土鲁番入贡。
六年春正月辛未，筑徐州至宿迁隄三百七十里。二月丙申，倭寇广东，陷神电衞，大掠。山寇复起。闰月丁卯，御皇极殿门，疾作，遽还宫。乙亥，倭寇高、雷，官军击败之。夏四月戊辰，礼部尚书高仪兼文渊阁大学士，预机务。五月壬辰，免广东用兵诸郡逋赋。己酉，大渐，召大学士高拱、张居正、高仪受顾命。庚戌，崩于乾清宫，年三十有六。七月丙戌，上尊谥，庙号穆宗，葬昭陵。
