神宗範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，諱翊鈞，穆宗第三子也。母貴妃李氏。隆慶二年，立為皇太子，時方六歲。性岐嶷，穆宗嘗馳馬宮中，諫曰：「陛下天下主，獨騎而騁，寧無銜橛憂。」穆宗喜，下馬勞之。陳皇后病居別宮，每晨隨貴妃候起居。后聞履聲輒喜，為強起。取經書問之，無不響答，貴妃亦喜。由是兩宮益和。
六年五月，穆宗崩。六月乙卯朔，日有食之。甲子，即皇帝位。以明年為萬曆元年，詔赦天下。祀建文朝盡節諸臣於鄉，有苗裔者卹錄。庚午，罷高拱。丁丑，高儀卒。壬午，禮部尚書呂調陽兼文淵閣大學士，預機務。秋七月丁亥，初通漕運於密雲。庚寅，察京官。己亥，戒諭廷臣，詔曰：「近歲以來，士習澆漓，官方刓缺，詆老成為無用，矜便佞為有才。遂使朝廷威福之柄，徒為人臣報復之資。用是薄示懲戒，餘皆曲貸。諸臣宜祓除前愆，共維新政。若溺於故習，背公徇私，獲罪祖宗，朕不敢赦。」庚子，尊皇后曰仁聖皇太后，貴妃曰慈聖皇太后。八月戊午，祀大社大稷。九月甲午，葬莊皇帝於昭陵。冬十月己未，侍郎王遴、吳百朋、汪道昆分閱邊防。辛酉，停刑。十一月乙未，河工成。十二月辛酉，振榆林、延綏饑。甲戌，以大行未期，罷明年元夕燈火及宮中宴。
萬曆元年春二月癸丑，御經筵。三月丙申，詔內外官舉將材。夏四月乙丑，潮、惠賊平。庚午，旱，諭百官修省。五月甲申，詔內外官慎刑獄。六月壬申，振淮安水災。秋七月，河決徐州。九月癸未，振荊州、承天及濟南災。丙戌，四川都掌蠻平。癸卯，停刑。冬十一月庚辰，命諸司立程限文簿，以防稽緩。十二月己未，振遼東饑。是年，暹羅、琉球入貢。
二年春正月甲午，召見朝覲廉能官於皇極門。二月甲寅，振四川被寇諸縣。三月癸巳，賜孫繼臯等進士及第、出身有差。夏四月丙寅，詔內外官行久任之法。五月辛丑，穆宗神主祔太廟。八月己巳，振山西災。庚午，振淮、揚、徐水災。冬十月甲寅，決囚。丁卯，視朝閱銓選。閏十二月庚寅，詔罷明年元夕燈火。是年，琉球入貢。
三年春正月丁未，享太廟。二月戊寅，祀大社大稷。辛巳，詔南京職務清簡官不必備。丙申，始命日講官分直記注起居，纂緝章奏，臨朝侍班。夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，書謹天戒、任賢能、親賢臣、遠嬖佞、明賞罰、謹出入、慎起居、節飲食、收放心、存敬畏、納忠言、節財用十二事於座右，以自警。五月庚子，淮、揚大水，詔察二府有司，貪酷老疾者罷之。六月戊辰，浙江海溢。戊寅，命撫、按官，有司賢否一體薦劾，不得偏重甲科。是夏，蘇、松、常、鎮大水。秋八月丙子，禮部侍郎張四維為禮部尚書兼東閣大學士，預機務。丁丑，河決高郵、碭山。戊子，免淮、揚、鳳、徐被水田租。九月戊午，京師地震。冬十月丁卯，地再震，敕羣臣修省。戊辰，停刑。十一月乙巳，祀天於南郊。十二月辛未，詔罷明年元夕燈火。是年，安南、琉球、暹羅、土魯番入貢。
四年春正月丁巳，遼東巡按御史劉臺以論張居正逮下獄，削籍。夏五月戊申，祀地於北郊。六月庚辰，復遣內臣督蘇、杭織造。秋七月丁酉，諭吏、戶二部清吏治，蠲逋賦有差，明年漕糧折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草灣河工成。八月壬戌，釋奠於先師孔子。是秋，河決崔鎮。冬十月乙亥，振徐州及豐、沛、睢寧、金鄉、魚臺、單、曹七縣水災，蠲租有差。是年，安南、琉球、烏斯藏、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密入貢。
五年春正月己酉，詔鳳陽、淮安力舉營田。二月乙丑，振廣西饑。三月乙巳，賜沈懋學等進士及第、出身有差。夏五月癸巳，廣東羅旁猺平。秋八月癸亥，河復決崔鎮。閏月乙酉朔，日食，陰雲不見。九月己卯，起復張居正。冬十月乙巳，以論張居正奪情，杖編修吳中行、檢討趙用賢、員外郎艾穆、主事沈思孝，罷黜謫戍有差。丁未，杖進士鄒元標，戍邊。十一月癸丑，以星變考察百官。是年，琉球入貢。
六年春正月，築決河堤。二月戊戌，免兗、青、登、萊所屬逋賦。庚子，立皇后王氏。三月甲寅，禮部尚書馬自強兼文淵閣大學士，吏部侍郎申時行兼東閣大學士，預機務。甲子，張居正葬父歸。夏四月乙未，免湖廣、四川逋賦。丙午，詔戶部歲增金花銀二十萬兩。六月乙未，張居正還京師。秋七月乙卯，呂調陽致仕。丙子，詔江北諸府民，年十五以上無田者，官給牛一頭、田五十畝開墾，三年後起科。九月庚午，詔蘇州諸府開墾荒田，六年後起科。辛未，停刑。冬十月辛卯，馬自強卒。十一月辛酉，祀天於南郊。是年，烏斯藏入貢。
七年春正月戊辰，詔毀天下書院。二月己丑，遣使分閱邊防。三月甲子，免淮、揚逋賦。夏五月癸亥，祀地於北郊。六月辛卯，覈兩畿、山東、陝西勳戚田賦。秋七月壬子，振蘇、松水災，蠲稅糧。戊午，京師地震。是年，烏斯藏入貢。
八年春二月辛未朔，日有食之。戊子，耕耤田。戊戌，河工成。三月辛亥，奉兩宮皇太后如天壽山謁陵，免所過田租。甲寅，還宮。丁卯，賜張懋修等進士及第、出身有差。夏閏四月庚申，廣西八寨賊平。冬十月辛丑，汰內外冗官。乙巳，振蘇、松、常、鎮饑。十一月丙子，詔度民田。是年，琉球入貢。
九年春正月庚午，敕邊臣備警。辛未，裁諸司冗官。癸酉，土蠻犯錦州，遊擊周之望敗沒。己卯，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，遼東總兵官李成梁襲敗土蠻於襖郎兔。三月丙寅，大閱。是月，土蠻犯遼陽，副總兵曹簠禦之，敗績。夏四月丁酉，振山西被災州縣。乙卯，振蘇、松、淮、鳳、徐、宿災。戶部進萬曆會計錄。秋八月丁未，揚州大水。九月丁亥，停刑。冬十月己亥，土蠻犯廣寧、義州，李成梁禦却之。十一月丙戌，振真定、順德、廣平災，免稅糧。是年，裁各省冗官，覈徭賦，汰諸司冒濫冗費。琉球、安南、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密、烏斯藏入貢。
十年春二月癸巳，順義王俺答卒。丁酉，免天下積年逋賦。三月庚申，杭州兵變，執巡撫吳善言。丁卯，兵部侍郎張佳胤巡撫浙江討定之。丙子，泰寧衞部長速把亥犯義州，李成梁擊斬之。己卯，倭寇溫州。夏四月戊子朔，諭禮部，令民及時農桑，勿事游惰。甲午，寧夏土軍馬景殺參將許汝繼，巡撫都御史晉應槐討誅之。庚子，以久旱敕修省。五月庚申，免先師孔子及宋儒朱熹、李侗、羅從彥、蔡沈、胡安國、游酢、真德秀、劉子翬，故大學士楊榮後裔賦役有差。庚辰，振畿內饑。六月丁亥朔，日有食之。壬寅，振太原、平陽、潞安饑。乙巳，前禮部尚書潘晟兼武英殿大學士，吏部侍郎余有丁為禮部尚書兼文淵閣大學士，預機務。晟尋罷。丙午，張居正卒。秋七月庚午，振平、慶、延、臨、鞏饑。九月丙辰，以皇長子生，詔赦天下。甲子，上兩宮皇太后徽號。冬十月丙申，蘇、松大水，蠲振有差。十二月壬辰，太監馮保謫奉御，籍其家。壬寅，復建言諸臣職。是年，免畿內、山西被災稅糧。哈密、烏斯藏入貢。
十一年春正月壬戌，敕嚴邊備。閏二月甲子，俺答子乞慶哈襲封順義王。緬甸寇永昌。乙丑，如天壽山謁九陵，免所過田租。庚午，如西山謁恭讓章皇后、景皇帝陵。辛未，還宮。乙酉，振臨、鞏、平、延、慶五府旱災，免田租。三月甲申，追奪張居正官階。庚子，賜朱國祚等進士及第、出身有差。夏四月丁巳，張四維以憂去。己未，吏部侍郎許國為禮部尚書兼東閣大學士，預機務。甲戌，承天大雨，江溢。是月，廣東羅定兵變。五月，我大清太祖高皇帝起兵征尼堪外蘭，克圖倫城。六月乙丑，振承天、漢陽、鄖陽、襄陽災。秋八月丙辰，免山西被災稅糧。九月甲申，如天壽山謁陵。己丑，還宮。冬十月癸亥，停刑。辛未，河南水災，蠲振有差。十一月己卯朔，日有食之。十二月庚午，慈寧宮災，敕修省。是年，琉球入貢。
十二年春二月丁卯，京師地震。己巳，釋建文諸臣外親謫戍者後裔。三月己亥，減江西燒造瓷器。夏四月乙卯，籍張居正家。丁巳，遊擊將軍劉綎討平隴川賊。五月甲午，京師地震。六月辛亥，以雲南用兵，免稅糧及逋賦。秋八月丙辰，榜張居正罪於天下，家屬戍邊。九月丙戌，奉兩宮皇太后如天壽山謁陵。己丑，作壽宮。辛卯，還宮。冬十月丁巳，停刑。丙寅，免湖廣、山東被災稅糧。十一月己丑，余有丁卒。十二月甲辰，前禮部侍郎王錫爵為禮部尚書兼文淵閣大學士，吏部侍郎王家屏兼東閣大學士，預機務。癸亥，罷開銀礦。是年，安南、烏斯藏入貢。
十三年春正月辛卯，四川建武所兵變，擊傷總兵沈思學。二月丁未，南京地震。京師自去年八月不雨，至於是月。庚午，大雩。三月甲申，大雩。己丑，李成梁出塞襲把兔兒炒花，大破之。壬辰，減杭州織造及尚衣監料銀。尚寶司少卿徐貞明督治京畿水田。夏四月丙午，大雩。戊申，以旱詔中外理冤抑，釋鳳陽輕犯及禁錮年久罪宗。戊午，步禱於南郊，面諭大學士等曰：「天旱，雖由朕不德，亦天下有司貪婪，剝害小民，以致上干天和，今後宜慎選有司。」蠲天下被災田租一年。五月丙戌，雨。六月辛丑，慈寧宮成。壬寅，建武所亂卒伏誅。是月，四川松、茂番作亂。秋八月己酉，京師地震。閏九月戊戌，振淮、鳳災。癸卯，如天壽山閱壽宮。戊申，還宮。庚申，停刑。冬十二月丁卯，汰惜薪司內官冗員。是月，順義王乞慶哈卒。是年，土魯番、烏斯藏入貢。
十四年春二月癸未，嚴外官餽遺。三月戊戌，以旱霾，諭廷臣陳時政。癸卯，禁部曹言事，罷治京畿水田。癸丑，賜唐文獻等進士及第、出身有差。戊午，久旱，敕修省。夏四月癸酉，京師地震。六月癸未，松茂番平。是夏，振直隸、河南、陝西及廣西潯、柳、平樂，廣東瓊山等十二縣饑。山西盜起。秋七月癸卯，振江西災。戊申，敕戶、兵二部撫安災民，嚴保甲。是月，淇縣賊王安聚衆流劫，尋勦平之。九月壬辰，王家屏以憂去。乙卯，停刑。己未，發帑遣使振河南、山東、直隸、陝西、遼東、淮、鳳災。冬十月丙寅，禮部主事盧洪春以疏請謹疾，杖闕下，削籍。十一月癸卯，祀天於南郊。是年，土魯番入貢。
十五年春正月壬辰，發帑振山西、陝西、河南、山東諸宗室。三月乙卯，乞慶哈子撦力克襲封順義王。夏四月，京師旱，大疫。六月戊辰，禁廷臣奢僭。是月，京師大雨。振卹貧民。秋七月，江北蝗，江南大水，山西、陝西、河南、山東旱，河決開封，蠲振有差。八月庚申，以災沴頻仍，敕撫、按官懲貪吏，理冤獄，蠲租、振卹。九月丁亥朔，日當食，陰雲不見。己丑，停刑。冬十月庚申，大學士申時行請發留中章奏。十一月戊子，鄖陽兵譟，巡撫都御史李材罷。是年，哈密、琉球、烏斯藏入貢。
十六年春三月壬辰，詔改景皇帝實錄，去郕戾王號，不果行。山西、陝西、河南及南畿、浙江並大饑疫。夏四月，振江北、大名、開封諸府饑。五月，四川建昌番作亂，討平之。乙巳，以軍儲倉火及各省災傷，敕內外官修省。六月庚申，京師地震。甲子，以災傷停減蘇、杭織造。秋七月乙卯，免山東被災夏稅。庚午，定邊臣考績法。八月乙未，詔取太倉銀二十萬充閱陵賞費。九月己未，停刑。庚申，如天壽山閱壽宮。甲子，次石景山觀渾河。乙丑，還宮。庚午，甘肅兵變，巡撫都御史曹子登罷。是月，青海部長他不囊犯西寧，殺副將李魁。冬十一月辛酉，禁章奏浮冗。是年，烏斯藏入貢。
十七年春正月己酉朔，日有食之。丁巳，太湖、宿、松賊劉汝國等作亂，安慶指揮陳越討之，敗死。二月丙申，吳淞指揮陳懋功討平之。三月丙辰，免陞授官面謝。自是臨御遂簡。癸亥，雲南永昌兵變。乙丑，賜焦竑等進士及第、出身有差。夏四月己亥，王家屏復入閣。始興妖僧李圓朗作亂，犯南雄，有司討誅之。六月甲申，浙江大風，海溢。己丑，永昌亂卒平。乙巳，南畿、浙江大旱，太湖水涸，發帑金四十萬振之。秋八月壬寅，嚴匿名揭之禁。冬十月癸未，停刑。癸卯，黃河決口工成。十二月己丑，諭諸臣遇事勿得忿爭求勝。是年，安南、烏斯藏入貢。
十八年春正月甲辰朔，召見大學士申時行等於毓德宮，出皇長子見之。夏四月甲申，振湖廣饑。六月己卯，免畿內被災夏稅。甲申，青海部長火落赤犯舊洮州，副總兵李聯芳敗沒。乙酉，更定宗藩事例，始聽無爵者得自便。秋七月庚子朔，日有食之。乙丑，召見閣臣議邊事，命廷臣舉將材。己巳，兵部尚書鄭雒經略陝西四鎮及山西、宣、大邊務。是月，火落赤再犯河州、臨洮，總兵官劉承嗣敗績。八月癸酉，停撦力克市賞。冬十月戊寅，振臨洮被兵軍民。十二月甲申，遣廷臣九人閱邊。是年，安南入貢。
十九年春正月，緬甸寇永昌、騰越。二月乙酉，總兵官尤繼先敗火落赤餘衆於莽剌川。閏三月丁丑，以彗星見，敕修省。己卯，責給事中、御史風聞訕上，各奪俸一年。夏四月丙申，享太廟。是後廟祀皆遣代。五月壬午，四川四哨番作亂，巡撫都御史李尚思討平之。六月壬子，王錫爵歸省。秋七月癸未，諭廷臣，國是紛紜，致大臣爭欲乞身，此後有肆行誣衊者重治。八月丁酉，免河南被災田賦。九月壬申，許國致仕。甲戌，申時行致仕。丁丑，吏部侍郎趙志臯為禮部尚書，前禮部侍郎張位為吏部侍郎，並兼東閣大學士，預機務。冬十月癸巳，京營軍官譁於長安門。十二月甲午，詔定戚臣莊田。癸丑，河套部敵犯榆林、延綏，總兵官杜桐敗之。是年，畿內蝗，南畿、浙江大水，蠲振有差。琉球入貢。
二十年春正月丙戌，給事中孟養浩以言建儲杖闕下，削籍。三月戊辰，寧夏致仕副總兵哱拜殺巡撫都御史黨馨、副使石繼芳，據城反。辛未，王家屏致仕。壬申，總督軍務兵部尚書魏學曾討寧夏賊。戊寅，賜翁正春等進士及第、出身有差。夏四月甲辰，總兵官李如松提督陝西討賊軍務。甲寅，甘肅巡撫都御史葉夢熊帥師會魏學曾討賊。撦力克禽賊，叩關獻俘，復還二年市賞。五月，倭犯朝鮮，陷王京，朝鮮王李昖奔義州求救。六月丁未，諸軍進次寧夏，賊誘河套部入犯，官軍擊却之。秋七月癸酉，免陝西逋賦。甲戌，副總兵祖承訓帥師援朝鮮，與倭戰於平壤，敗績。甲申，罷三邊總督魏學曾，以葉夢熊代之，尋逮學曾下獄。八月乙巳，兵部右侍郎宋應昌經略備倭軍務。己酉，詔天下督撫舉將材。九月壬申，寧夏賊平。冬十月壬寅，李如松提督薊、遼、保定、山東軍務。充防海禦倭總兵官，救朝鮮。是月，振畿內、浙江、河南被災諸府蠲租有差。十一月戊辰，御午門，受寧夏俘。十二月甲午，以寧夏賊平，告天下。是年，暹羅、土魯番入貢。
二十一年春正月甲戌，李如松攻倭於平壤，克之。辛未，王錫爵還朝。辛巳，詔並封三皇子為王，廷臣力爭，尋報罷。壬午，李如松進攻王京，遇倭於碧蹄館，敗績。二月甲寅，敕勞東征將士。夏四月癸卯，倭棄王京遁。六月丁酉，詔天下每歲夏月錄囚，減釋輕繫，如兩京例。癸卯，倭使小西飛請欵。秋七月癸丑，召援朝鮮諸邊鎮兵還。乙卯，彗星見，敕修省。八月丙戌，以災異敕戒內外諸臣修舉實政。冬十月丙申，停刑。十二月丙辰，薊遼總督顧養謙兼理朝鮮事，召宋應昌、李如松還。是年，振江北、湖廣、河南、浙江、山東饑。河南礦賊大起。烏斯藏入貢。
二十二年春正月己亥，詔以各省災傷，山東、河南、徐、淮尤甚，盜賊四起，有司玩愒，朝廷詔令不行。自今以安民弭盜為撫按有司黜陟。二月癸丑，皇長子常洛出閤講學。甲子，遣使振河南，免田租。三月癸卯，詔修國史。夏四月己酉朔，日有食之。五月辛卯，禮部尚書陳于陛、南京禮部尚書沈一貫並兼東閣大學士，預機務。庚子，王錫爵致仕。六月己酉，雷雨，西華門災，敕修省。秋七月丙申，河套部長卜失兔犯延綏。是月，延綏總兵官麻貴敗河套部敵於下馬關。冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠總督川、貴軍務，討播州宣慰使楊應龍。丁卯，詔倭使入朝。是月，炒花犯遼東，總兵官董一元敗之。是年，琉球、烏斯藏入貢。
二十三年春正月癸卯，遣都督僉事李宗城、指揮楊方亨封平秀吉為日本國王。三月乙未，賜朱之蕃等進士及第、出身有差。夏五月丁酉，京師地震，敕修省。秋九月戊寅，青海部長永邵卜犯甘肅，參將達雲敗之。乙酉，詔復建文年號。冬十一月辛未，湖廣災，蠲振有差。十二月辛丑，大學士趙志臯等請發留中章奏，不報。是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
二十四年春二月戊申，麻貴襲河套部，敗之。三月乙亥，乾清、坤寧兩宮災，敕修省。壬辰，下詔自責。是月，火落赤犯洮河，總兵官劉綎破走之。夏四月己亥，李宗城自倭營奔還王京。五月戊辰，河套部敵犯甘肅，總兵官楊濬擊破之。庚午，復議封倭，命都督僉事楊方亨、遊擊沈惟敬往。六月，振福建饑。秋七月丁卯，吏部尚書孫丕揚請發推補官員章疏，不報。戊寅，仁聖皇太后崩。乙酉，始遣中官開礦於畿內。未幾，河南、山東、山西、浙江、陝西悉令開採，以中官領之。羣臣屢諫，不聽。閏八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大學士趙志臯請視朝，發章奏，罷採礦，不報。九月乙未，楊方亨至日本，平秀吉不受封，復侵朝鮮。乙卯，葬孝安莊皇后。是月，河套部犯寧夏。總兵官李如柏擊敗之。是秋，河決黃堌口。冬十月丙子，停刑。乙酉，始命中官榷稅通州。是後，各省皆設稅使。羣臣屢諫，不聽。十二月乙亥，陳于陛卒。
