都察院。左、右都御史，左、右副都御史，左、右佥都御史。其属，经历司，经历一人，都事一人。司务厅，司务二人。。照磨所，照磨，检校。司狱司，司狱，各一人。十三道监察御史一百十人，浙江、江西、河南、山东各十人，福建、广东、广西、四川、贵州各七人，陕西、湖广、山西各八人，云南十一人。其在外加都御史或副、佥都御史衔者，有总督，有提督，有巡抚，有总督兼巡抚，提督兼巡抚，及经略、总理、赞理、巡视、抚治等员。
都御史职专纠劾百司，辩明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪、小人搆党、作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正、上书陈言变乱成宪、希进用者，劾。遇朝觐、考察，同吏部司贤否陟黜。大狱重囚会鞫于外朝，偕刑部、大理谳平之。其奉敕内地，拊循外地，各专其敕行事。
十三道监察御史，主察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在内两京刷卷，巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城，轮值登闻鼓。在外巡按，清军，提督学校，巡盐，茶马，巡漕，巡关，儹运，印马，屯田。师行则监军纪功，各以其事专监察。而巡按则代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断。按临所至，必先审录罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辩之。诸祭祀坛场，省其墙宇祭器。存恤孤老，巡视仓库，查算钱粮，勉励学校，表扬善类，翦除豪蠹，以正风俗，振纲纪。凡朝会纠仪，祭祀监礼。凡政事得失，军民利病，皆得直言无避。有大政，集阙廷预议焉。盖六部至重，然有专司，而都察院总宪纲，惟所见闻得纠察。诸御史纠劾，务明著实迹，开写年月，毋虚文泛诋，讦拾细琐。出按复命，都御史覆劾其称职不称职以闻。凡御史犯罪，加三等，有赃从重论。
初，吴元年置御史台，设左、右御史大夫，御史中丞，侍御史，治书侍御史，殿中侍御史，察院监察御史，经历，都事，照磨、管勾。以邓愈、汤和为御史大夫，刘基、章溢为御史中丞，谕之曰：「国家立三大府，中书总政事，都督掌军旅，御史掌纠察。朝廷纪纲尽系于此，而台察之任尤清要。卿等当正己以率下，忠勤以事上，毋委靡因循以纵奸，毋假公济私以害物。」洪武九年汰侍御史及治书、殿中侍御史。十年七月诏遣监察御史巡按州县。十三年专设左、右中丞，左、右侍御史，寻罢御史台。十五年更置都察院，设监察都御史八人，秩正七品。分监察御史为浙江、河南、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、广东、广西、四川十二道，各道置御史或五人或三、四人，秩正九品。每道铸印二，一畀御史久次者掌之，一藏内府，有事受印以出，既事纳之，文曰「绳愆纠缪」。以秀才李原名、詹徽等为都御史，吴荃等为试监察御史。十六年升都察院为正三品，设左、右都御史各一人，正三品，左、右副都御史各一人，正四品，左、右佥都御史各二人，正五品，经历一人，正七品，知事一人，正八品。十七年升都御史正二品，副都御史正三品，佥都御史正四品，十二道监察御史正七品。二十三年，左副都御史袁泰言，「各道印篆相同，虑有诈伪」，乃更铸监察御史印曰「某道监察御史印」，其巡按印曰「巡按某处监察御史印」。建文元年改设都御史一人，革佥都御史。二年改为御史府，设御史大夫，改十二道为左、右两院，止设御史二十八人。成祖复旧制。
永乐元年改北平道为北京道。十九年罢北京道，增设贵州、云南、交阯三道。洪熙元年称行在都察院，同六部，又定巡按以八月出巡。宣德十年罢交阯道，始定为十三道。正统中，去「行在」字。嘉靖中，以清屯，增副都御史三人，寻罢。隆庆中，以提督京营，增右都御史三人，寻亦罢。
总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道一员。太祖时，尝置京畿都漕运司，设漕运使。永乐间，设漕运总兵官，以平江伯陈瑄治漕。宣德中，又遣侍郎、都御史、少卿等官督运。至景泰二年，因漕运不继，始命副都御史王竑总督，因兼巡抚淮、扬、庐、凤四府，徐、和、滁三州，治淮安。成化八年分设巡抚、总漕各一员。九年复旧。正德十三年又分设。十六年又复旧。嘉靖三十六年，以倭警，添设提督军务巡抚凤阳都御史。四十年归并，改总督漕运兼提督军务。万历七年加兼管河道。
总督蓟辽、保定等处军务兼理粮饷一员。嘉靖二十九年置。先是，蓟、辽有警，间遣重臣巡视，或称提督。至是以边患益甚，始置总督，开府密云，辖顺天、保定、辽东三巡抚，兼理粮饷。万历九年加兼巡抚顺天等处。十一年复旧。天启元年置辽东经略。崇祯四年并入总督。十一年又增设总督于保定。
总督宣大、山西等处军务兼理粮饷一员。正统元年始遣佥都御史巡抚宣大。景泰二年，宣府、大同各设巡抚，遣尚书石璞总理军务。成化、弘治间，有警则遣。正德八年设总制。嘉靖初，兼辖偏、保。二十九年去偏、保，定设总督宣大、山西等处衔。三十八年令防秋日驻宣府。四十三年移驻怀来。隆庆四年移驻阳和。
总督陕西三边军务一员。弘治十年，火筛入寇，议遣重臣总督陕西、甘肃、延绥、宁夏军务，乃起左都御史王越任之。十五年以后，或设或罢。至嘉靖四年，始定设，初称提督军务。七年改为总制。十九年避制字，改为总督，开府固原，防秋驻花马池。
总督两广军务兼理粮饷带管盐法兼巡抚广东地方一员。永乐二年遣给事中雷填巡抚广西。十九年遣郭瑄、艾广巡抚广东。景泰三年，苗寇起，以两广宜协济应援，乃设总督。成化元年兼巡抚事，驻梧州。正德十四年改总督为总制，寻改提督。嘉靖四十五年另设广东巡抚，改提督为总督，止兼巡抚广西，驻肇庆。隆庆三年又设广西巡抚，除兼职。四年革广东巡抚，改为提督两广军务兼理粮饷，巡抚广东。万历三年仍改总督，加带管盐法。
总督四川、陕西、河南、湖广等处军务一员。正德五年设，寻罢。嘉靖二十七年，以苗患，又设总督四川、湖广、贵州、云南等处军务。四十二年罢。天启元年，以土官奢崇明反，又设四川、湖广、云南、贵州、广西五省总督。四年兼巡抚贵州。
总理河漕兼提督军务一员。永乐九年遣尚书治河，自后间遣侍郎、都御史。成化后，始称总督河道。正德四年定设都御史。嘉靖二十年以都御史加工部职衔，提督河南、山东、直隶河道。隆庆四年加提督军务。万历五年改总理河漕兼提督军务。八年革。
巡抚浙江等处地方兼提督军务一员。永乐初，遣尚书治两浙农事。以后或巡视或督鹾，有事则遣。嘉靖二十六年以海警，始命都御史巡抚浙江，兼管福建福、兴、建宁、漳、泉海道地方，提督军务。二十七年改巡抚为巡视。二十八年罢。三十一年复设。
巡抚顺天等府地方兼整饬蓟州等处边备一员。成化二年始专设都御史赞理军务，巡抚顺天、永平二府，寻兼抚河间、真定、保定，凡五府。七年兼理八府。八年以畿辅地广，从居庸关中分，设二巡抚，其东为巡抚顺天、永平二府，驻遵化。崇祯二年又于永平分设巡抚兼提督山海军务，其旧者止辖顺天。
巡抚陕西地方赞理军务一员。宣德初，遣尚书、侍郎出镇。正统间，命右都御史陈镒、王文等出入更代。景泰初，耿九畴以刑部侍郎出镇，文移不得径下按察司，特改都御史巡抚。成化二年加提督军务，后改赞理，驻西安，防秋驻固原。
巡抚贵州兼督理湖北、川东等处地方提督军务一员。正统十四年以苗乱置总督，镇守贵州、湖北、川东等处。景泰元年另设贵州巡抚。成化八年罢。十一年复设。正德二年又罢。五年又复设。嘉靖四十二年裁革总督，令巡抚兼理湖北、川东等处提督军务。
通政使掌受内外章疏敷奏封驳之事。凡四方陈情建言，申诉冤滞，或告不法等事，于底簿内誊写诉告缘由，赍状奏闻。凡天下臣民实封入递，即于公厅启视，节写副本，然后奏闻。即五军、六部、都察院等衙门，有事关机密重大者，其入奏仍用本司印信。凡诸司公文、勘合辨验允当，编号注写，公文用「日照之记」、勘合用「验正之记」关防之。凡在外之题本、奏本，在京之奏本，并受之，于早朝汇而进之。有径自封进者则参驳。午朝则引奏臣民之言事者，有机密则不时入奏。有违误则籍而汇请。凡抄发、照驳诸司公移及勘合、讼牒、勾提件数、给繇人员，月终类奏，岁终通奏。凡议大政、大狱及会推文武大臣，必参预。
初，洪武三年置察言司，设司令二人，掌受四方章奏，寻罢。十年置通政使司，以曾秉正为通政使，刘仁为左通政，谕之曰：「政犹水也，欲其常通，故以『通政』名官。卿其审命令以正百司，达幽隐以通庶务。当执奏者勿忌避，当驳正者勿阿随，当敷陈者毋隐蔽，当引见者毋留难。」十二年拨承敕监给事中、殿廷仪礼司、九关通事使隶焉。建文中，改司为寺，通政使为通政卿，通政参议为少卿，寺丞增置左、右补阙，左、右拾遗各一人。成祖复旧制。成化二年置提督誊黄右通政，不理司事，录武官黄衞所袭替之故，以征选事。万历九年革。
卿掌审谳平反刑狱之政令。少卿、寺丞赞之。左、右寺分理京畿、十三布政司刑名之事。凡刑部、都察院、五军断事官所推问狱讼，皆移案牍，引囚徒，诣寺详谳。左、右寺寺正，各随其所辖而覆审之。既按律例，必复问其款状，情允罪服，始呈堂准拟具奏。不则驳令改拟，曰照驳。三拟不当，则纠问官，曰参驳。有牾律失入者，调他司再讯，曰番异。犹不惬，则请下九卿会讯，曰圆审。已评允而招由未明，移再讯，曰追驳。屡驳不合，则请旨发落，曰制决。凡狱既具，未经本寺评允，诸司毋得发遣。误则纠之。
初，吴元年置大理司卿，秩正三品。洪武元年革。三年置磨勘司，凡诸司刑名、钱粮，有冤滥隐匿者，稽其功过以闻。寻亦革。十四年复置大理寺，改卿秩正五品，左、右少卿从五品，左、右寺丞正六品。其属，左、右寺正各一人，寺副各二人，左评事四人，右评事八人。又置审刑司，共平庶狱。凡大理寺所理之刑，审刑司复详议之。十七年改建刑部、都察院、大理寺、审刑司、五军断事官署于太平门外，名其所曰贯城。十九年罢审刑司。二十二年复，卿秩正三品。二十九年又罢，尽移案牍于后湖。建文初复置，改左、右寺为司，寺正为都评事，寺副为副都评事，司务为都典簿。祖初，仍置大理寺，其左、右寺设官，复如洪武时。又因左、右二寺评事多寡不等，所治事亦繁简不均，以二寺评事均分，左、右各六人，如刑部、都察院十二司道，各带管直隶地方审录。永乐二年仍复旧。后定都北京，又改分寺属。弘治元年裁减右评事四人。万历九年，更定左、右寺分理天下刑狱。浙江、福建、山东、广东、四川、贵州六司道，左寺理之。江西、陕西、河南、山西、湖广、广西、云南七司道，右寺理之。以能按律出人罪者为称职。司务典出纳文移。
詹事府。詹事一人，少詹事二人，府丞二人，主簿厅，主簿一人，录事二人，通事舍人二人。左春坊，大学士，左庶子，左谕德，各一人，左中允，左赞善，左司直郎，各二人，左清纪郎一人，左司谏二人，右春坊，亦如之。司经局，洗马一人，校书，正字，各二人。
詹事掌统府、坊、局之政事，以辅导太子。少詹事佐之。凡入侍太子，与坊、局翰林官番直进讲尚书、春秋、资治通鉴、大学衍义、贞观政要诸书。前期纂辑成章进御，然后赴文华殿讲读。讲读毕，率其僚属，以朝廷所处分军国重事及抚谕诸蕃恩义，陈说于太子。凡朝贺，必先奏朝廷，乃具启本以进。凡府僚暨坊、局官与翰林院职互相兼，试士、修书皆与焉。通事舍人典东宫朝谒、辞见之礼，承令劳问之事，凡廷臣朝贺、进笺、进春、进历于太子，则引入而举案。
春坊大学士掌太子上奏请、下启笺及讲读之事，皆审慎而监省之。庶子、谕德、中允、赞善各奉其职以从。凡东宫监国、抚军、出狩，及朝会出入，覆启，画诺，必审署以移詹事。诸祥眚必启告。内外庶政可为规鉴者，随事而赞谕。伶人、仆御有改变新声、导逢非礼者，则陈古义，申典制，纠正而请斥远之。司直、清纪郎掌弹劾宫僚，纠举职事。文华殿讲读毕，诸臣班退，有独留奏事及私谒者，则共纠之。司谏掌箴诲鉴戒，以拾遗补过。凡有启事于东宫，与司直、清纪执笔纪令旨，规正其伪缪者。
先是，洪武初，置大本堂，充古今图籍其中，召四方名儒训导太子、亲王。诸儒专经面授，分番夜直。已而，太子居文华堂，诸儒迭班侍从，又选才俊之士入充伴读，时时赐宴、赋诗，商榷今古，评论文学。是时，东宫官属，自太子少师、少傅、少保、宾客外，则有左、右詹事，同知詹事院事，副詹事，詹事丞，左、右率府使，同知左、右率府事，左、右率府副使，谕德，赞善大夫，皆以勋旧大臣兼领其职。又有文学、中舍、正字、侍正、洗马、庶子及赞读等官。十五年更定左、右春坊官，各置庶子、谕德、中允、赞善、司直郎，又各设大学士。寻定司经局官，设洗马、校书、正字。二十二年以官联无统，始置詹事院。二十五年改院为府，定詹事秩正三品，春坊大学士正五品，司经局洗马从五品。虽各有印，而事总于詹事府。二十九年增设左、右春坊清纪郎、司谏、通事舍人。建文中，增少卿、寺丞各一人，宾客二人。又置资德院资德一人，资善二人。其属，赞读、赞书、著作郎各二人，掌典籍各一人。成祖复旧制。英宗初，命大学士提调讲读官。
按詹事府多由他官兼掌。天顺以前，或尚书、侍郎、都御史，成化以后，率以礼部尚书、侍郎由翰林出身者兼掌之。其协理者无常员。春坊大学士，景泰间，倪谦、刘定之而后，仅杨廷和一任之，后不复设。其司直、司谏、清纪郎亦不常置。惟嘉靖十八年以陆深为詹事，崔铣为少詹事，王教、罗洪先、华察等为谕德、赞善、洗马，皇甫涍、唐顺之等为司直、司谏，皆天下名儒。自明初宋濂诸人后，宫僚莫盛于此。嗣是，出合讲读，每点别员，本府坊局仅为翰林官迁转之阶。
学士掌制诰、史册、文翰之事，以考议制度，详正文书，备天子顾问。凡经筵日讲，纂修实录、玉牒、史志诸书，编纂六曹章奏，皆奉敕而统承之。诰敕，以学士一人兼领。大政事、大典礼，集诸臣会议，则与诸司参决其可否。车驾幸太学听讲，凡郊祀庆成诸宴，则学士侍坐于四品京卿上。
史官掌修国史。凡天文、地理、宗潢、礼乐、兵刑诸大政，及诏敕、书檄，批答王言，皆籍而记之，以备实录。国家有纂修著作之书，则分掌考辑撰述之事。经筵充展卷官，乡试充考试官，会试充同考官，殿试充收卷官。凡记注起居，编纂六曹章奏，誊黄册封等咸充之。庶吉士读书翰林院，以学士一人教习之。侍书掌以六书供侍。待诏掌应对。孔目掌文移。
吴元年，初置翰林院，秩正三品，设学士，侍讲学士，直学士，修撰、典簿，编修。洪武二年置学士承旨，正三品，改学士，从三品。增设待制，应奉，典籍，等官。十三年增设检阅。十四年定学士为正五品，革承旨、直学士、待制、应奉、检阅、典簿，设孔目、五经博士、侍书、待诏、检讨。令编修、检讨、典籍同左春坊左司直郎、正字、赞读考驳诸司奏启，平允则署其衔曰「翰林院兼平驳诸司文章事某官某」，列名书之。十八年更定品员，以侍读先侍讲。建文时，仍设承旨，改侍读、侍讲两学士为文学博士，设文翰、文史二馆，文翰以居侍读、侍讲、侍书、五经博士、典籍、待诏，文史以居修撰、编修、检讨。改孔目为典簿，改中书舍人为侍书，以隶翰林。又设文渊阁待诏及拾遗、补阙等官。成祖初复旧。其年九月，特简讲、读、编、检等官参预机务，谓之内阁。然解缙、胡广等既直文渊阁，犹相继署院事。至洪熙以后，杨士奇等加至师保，礼绝百僚，始不复署。正统七年，翰林院落成，学士钱习礼不设杨士奇、杨荣公座，曰「此非三公府也」，二杨以闻。乃命工部具椅案，礼部定位次，以内阁固翰林职也。其在六部，自成化时，周洪谟以后，礼部尚书、侍郎必由翰林，吏部两侍郎必有一由于翰林。其由翰林者，尚书则兼学士，侍郎则兼侍读、侍讲学士。其在詹事府暨坊、局官，视其品级，必带本院衔。
史官，自洪武十四年置修撰三人，编修、检讨各四人。其后由一甲进士除授及庶吉士留馆授职，往往溢额，无定员。嘉靖八年复定讲、读、修撰各三人，编修、检讨各六人，皆从吏部推补，如诸司例。然未几，即以侍从人少，诏采方正有学术者以充其选，因改御史胡经、员外郎陈束、主事唐顺之等七人俱为编修。以后仍循旧例，由庶吉士除授，卒无定额。崇祯七年又考选推官、知县为编修、检讨，盖亦创举，非常制也。
庶吉士自洪武初有六科庶吉士。十八年以进士在翰林院、承敕监等近侍者，俱称庶吉士。永乐二年始定为翰林院庶吉士，选进士文学优等及善书者为之。三年试之。其留者，二甲授编修，三甲授检讨；不得留者，则为给事中、御史，或出为州县官。宣德五年始命学士教习。万历以后，掌教习者，专以吏、礼二部侍郎二人。
国子监。祭酒一人，司业一人，其属，绳愆厅，监丞一人，博士厅，五经博士五人，率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂，助教十五人，学正十人，学录七人，典簿厅，典簿一人，典籍厅，典籍一人，掌馔厅，掌馔二人。
祭酒、司业，掌国学诸生训导之政令。凡举人、贡生、官生、恩生、功生、例生、土官、外国生、幼勋臣及勋戚大臣子弟之入监者，奉监规而训课之，造以明体达用之学，以孝弟、礼义、忠信、廉耻为之本，以六经、诸史为之业，务各期以敦伦善行，敬业乐群，以修举古乐正、成均之师道。有不率者，扑以夏楚，不悛，徙谪之。其率教者，有升堂积分超格敍用之法。课业倣书，季呈翰林院考校，文册岁终奏上。每岁仲春秋上丁，遣大臣祀先师，则总其礼仪。车驾幸学，则执经坐讲。新进士释褐，则坐而受拜。监丞掌绳愆厅之事，以参领监务，坚明其约束，诸师生有过及廪膳不洁，并纠惩之，而书之于集愆册。博士掌分经讲授，而时其考课。凡经，以易、诗、书、春秋、礼记，人专一经，大学、中庸、论语、孟子兼习之。助教、学士、学录掌六堂之训诲，士子肄业本堂，则为讲说经义文字，导约之以规矩。典簿典文移金钱出纳支受。典籍典书籍。掌馔掌饮馔。
明初，即置国子学。设博士、助教、学正、学录、典乐、典书、典膳等官。吴元年定国子学官制，增设祭酒、司业、典簿。洪武八年又置中都国子学，命国子学分官领之。十三年改典膳为掌馔。十五年改为国子监，秩从四品，设祭酒一人，司业一人，监丞、典簿各一人，博士三人，助教十六人，学正、学录各三人，掌馔一人。中都国子监制亦如之。十六年以宋讷为祭酒，敕谕之曰：「太学天下贤关，礼义所由出，人材所由兴。卿夙学耆德，故特命为祭酒。尚体朕立教之意，俾诸生有成，士习丕变，国家其有赖焉。」又命曹国公李文忠领监事，车驾时幸。二十四年更定国子监品秩、员数。中都国子监设祭酒、司业、监丞、典簿、博士、学正、学录、掌馔各一人，助教二人，品秩与在京同。二十六年罢中都国子监。建文中，升监丞为堂上官，革学正、学录。成祖复旧制。永乐元年置国子监于北京，设祭酒、司业、监丞、典簿、博士、学正、学录、掌馔各一人，助教二人。宣德九年省司业。弘治十五年复设。明初，祭酒、司业，择有学行者任之，后皆由翰林院官迁转。
衍圣公，孔氏世袭，正二品。袍带、诰命、朝班一品。其属，掌书、典籍、司乐、知印、奏差、书写各一人。曲阜知县，孔氏世职。翰林院世袭五经博士，孔氏二人，颜氏一人，曾氏一人，仲氏一人，孟氏一人，周氏一人，程氏二人，邵氏一人，张氏一人，朱氏二人，刘氏一人，教授司，教授，学录、学司，孔、颜、曾、孟四氏，各一人。又尼山、洙泗二书院，各学录一人。
先是，元代封孔子后裔为衍圣公，赐三品印。洪武元年，太祖既以孔希学袭封衍圣公，因谓礼臣曰：「孔子万世帝王之师，待其后嗣，秩止三品，弗称褒崇，其授希学秩二品，赐以银印。」又命复孔、颜、孟三家子孙徭役。十八年敕工部询问，凡有圣贤子孙以罪输作者，释之。永乐二十二年赐衍圣公宅于京师，加一品金织衣。正统元年诏免凡圣贤子孙差役，选周、程、张、朱诸儒子孙聪明俊秀可教养者，不拘名数，送所在儒学读书，仍给廪馔。成化元年给孔、颜、孟三氏学印，令三年贡有学行者一人，入国子监。六年命衍圣公始袭者在监读书一年。
