崇祯元年起河南副使，加右参政，移霸州。四年移山海关饬兵备。父鹤，总督陕西被逮。嗣昌三疏请代，得减死。五年夏，擢右佥都御史，巡抚永平、山海诸处。嗣昌父子不附奄，无嫌于东林。侍郎迁安郭巩以逆案谪戍广西，其乡人为讼冤。嗣昌以部民故，闻于朝，给事中姚思孝驳之，自是与东林郄。
九年秋，兵部尚书张凤翼卒，帝顾廷臣无可任者，即家起嗣昌。三疏辞，不许。明年三月抵京，召对。嗣昌通籍后，积岁林居，博涉文籍，多识先朝故事，工笔札，有口辨。帝与语，大信爱之。凤翼故柔靡，兵事无所区画。嗣昌锐意振刷，帝益以为能。每对必移时，所奏请无不听，曰：「恨用卿晚。」嗣昌乃议大举平贼。请以陕西、河南、湖广、江北为四正，四巡抚分勦而专防；以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为六隅，六巡抚分防而协勦。是谓十面之网。而总督、总理二臣，随贼所向，专征讨。福建巡抚熊文灿者，讨海贼有功，大言自诡足办贼。嗣昌闻而善之。会总督洪承畴、王家祯分驻陕西、河南。家祯故庸材，不足任，嗣昌乃荐文灿代之。因议增兵十二万，增饷二百八十万。其措饷之策有四：曰因粮，曰溢地，曰事例，曰驿递。因粮者，因旧额之粮，量为加派，亩输粮六合，石折银八钱，伤地不与，岁得银百九十二万九千有奇。溢地者，民间土田溢原额者，核实输赋，岁得银四十万六千有奇。事例者，富民输资为监生，一岁而止。驿递者，前此邮驿裁省之银，以二十万充饷。议上，帝乃传谕：「流寇延蔓，生民涂炭，不集兵无以平寇，不增赋无以饷兵。勉从廷议，暂累吾民一年，除此腹心大患。其改因粮为均输，布告天下，使知为民去害之意。」寻议诸州县练壮丁捍本土，诏抚按饬行。贼攻淅川，左良玉不救，城陷。山西总兵王忠援河南，称疾不进，兵噪而归。嗣昌请逮戮失事诸帅，以肃军令。遂逮忠及故总兵张全昌。良玉以六安功，落职戴罪自赎。
嗣昌既建「四正六隅」之说，欲专委重文灿。文灿顾主抚议，与前策抵牾。帝谯让文灿，嗣昌亦心望。既已任之，则曲为之解。乃上疏曰：「网张十面，必以河南、陕西为杀贼之地。然陕有李自成、惠登相等，大部未能勦绝，法当驱关东贼不使合，而使陕抚断商、雒，郧抚断郧、襄，安抚断英、六，凤抚断亳、颍，而应抚之军出灵、陕，保抚之军渡延津。然后总理提边兵，监臣提禁旅，豫抚提陈永福诸军，并力合勦。若关中大贼逸出关东，则秦督提曹变蛟等出关协击。期三月尽诸剧寇。巡抚不用命，立解其兵柄，简一监司代之。总兵不用命，立夺其帅印，简一副将代之。监司、副将以下，悉以尚方剑从事。则人人効力，何贼不平。」乃尅今年十二月至明年二月为灭贼之期。帝可其奏。是时，贼大入四川，朝士尤洪承畴纵贼。嗣昌因言于帝曰：「熊文灿在事三月，承畴七年不效。论者绳文灿急，而承畴纵寇莫为言。」帝知嗣昌有意左右之，变色曰：「督、理二臣但责成及时平贼，奈何以久近藉之口！」嗣昌乃不敢言。文灿既主抚议，所加饷天子遣一侍郎督之，本借以勦贼，文灿悉以资抚。帝既不复诘，廷臣亦莫言之。
至明年三月，嗣昌以灭贼逾期，疏引罪，荐人自代。帝不许，而命察行间功罪。乃上疏曰：「洪承畴专办秦贼，贼往来秦、蜀自如，勦抚俱无功，不免于罪。熊文灿兼办江北、河南、湖广贼，抚刘国能、张献忠，战舞阳、光山，勦抚俱有功，应免罪。诸巡抚则河南常道立、湖广余应桂有功，陕西孙传庭、山西宋贤、山东颜继祖、保定张其平、江南张国维、江西解学龙、浙江喻思恂有劳，郧阳戴东旻无功过，凤阳朱大典、安庆史可法宜策励图功。总兵则河南左良玉有功，陕西曹变蛟、左光先无功，山西虎大威、山东倪宠、江北牟文绶、保定钱中选有劳无功，河南张任学、宁夏祖大弼无功过。承畴宜遣逮，因军民爱戴，请削宫保、尚书，以侍郎行事。变蛟、光先贬五秩，与大弼期五月平贼，逾期并承畴逮治。大典贬三秩，可法戴罪自赎。」议上，帝悉从之。
嗣昌既终右文灿，而文灿实不知兵。既降国能、献忠，谓抚必可恃。嗣昌亦阴主之，所请无不曲徇，自是不复言「十面张网」之策矣。是月，帝御经筵毕，嗣昌奏对有「善战服上刑」等语。帝怫然，诘之曰：「今天下一统，非战国兵争比。小丑跳梁，不能伸大司马九伐之法，奈何为是言？」嗣昌惭。当是时，流贼既大炽，朝廷又有东顾忧，嗣昌复阴主互市策。适太阴掩荧惑，帝减膳修省，嗣昌则历引汉永平、唐元和、宋太平兴国事，盖为互市地云。给事中何楷疏驳之，给事中钱增、御史林兰友相继论列，帝不问。
六月改礼部尚书兼东阁大学士，入参机务，仍掌兵部事。嗣昌既以夺情入政府，又夺情起陈新甲总督，于是楷、兰友及少詹事黄道周抗疏诋斥，修撰刘同升、编修赵士春继之。帝怒，并镌三级，留翰林。刑部主事张若麒上疏丑诋道周，遂镌道周六级，并同升、士春皆谪外。已而南京御史成勇、兵部尚书范景文等言之，亦获谴。嗣昌自是益不理于人口。
我大清兵入墙子岭、青口山，蓟辽保定总督吴阿衡方醉，不能军，败死。京城戒严，召卢象升帅师入衞。象升主战，嗣昌与监督中官高起潜主款，议不合，交恶。编修杨廷麟劾嗣昌误国。嗣昌怒，改廷麟职方主事监象升军，而戒诸将毋轻战。诸将本恇怯，率借口持重观望，所在列城多破。嗣昌据军中报，请旨授方略。比下军前，则机宜已变，进止乖违，疆事益坏云。象升既阵亡，嗣昌亦贬三秩，戴罪视事。
十二年正月，济南告陷，德王被执，游骑北抵兖州。二月，大清兵北旋，给事中李希沆言：「圣明御极以来，北兵三至。己巳之罪未正，致有丙子。丙子之罪未正，致有今日。」语侵嗣昌。御史王志举亦劾嗣昌误国四大罪，请用丁汝夔、袁崇焕故事。帝怒，希沆贬秩，志举夺官。初，帝以嗣昌才而用之，非廷臣意。知其必有言，言者辄斥。嗣昌既有罪，帝又数逐言官，中外益不平。嗣昌亦不自安，屡疏引罪，乃落职冠带视事。未几，以叙功复之。
先是，京师被兵，枢臣皆坐罪。二年，王洽下狱死，复论大辟。九年，张凤翼出督师，服毒死，犹削籍。及是，亡七十余城，而帝眷嗣昌不衰。嗣昌乃荐四川巡抚傅宗龙自代。帝命嗣昌议文武诸臣失事罪，分五等：曰守边失机，曰残破城邑，曰失陷藩封，曰失亡主帅，曰纵敌出塞。于是中官则蓟镇总监邓希诏、分监孙茂霖，巡抚则顺天陈祖苞、保定张其平、山东颜继祖，总兵则蓟镇吴国俊、陈国威，山东倪宠，援勦祖宽、李重镇及他副将以下，至州县有司，凡三十六人，同日弃市。而嗣昌贬削不及，物议益哗。
当戒严时，廷臣多请练边兵。嗣昌因定议：宣府、大同、山西三镇兵十七万八千八百有奇，三总兵各练万，总督练三万。以二万驻怀来，一万驻阳和，东西策应。余授镇监、巡抚以下分练。延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮五镇兵十五万五千七百有奇。五总兵各练万，总督练三万。以二万驻固原，一万驻延安，东西策应。余授巡抚、副将以下分练。辽东、蓟镇兵二十四万有奇。五总兵各练万，总督练五万。外自锦州，内抵居庸，东西策应。余授镇监、巡抚以下分练。汰通州、昌平督治二侍郎，设保定一总督，合畿辅、山东、河北兵，得十五万七千有奇。四总兵各练二万，总督练三万。北自昌平，南抵河北，闻警策应。余授巡抚以下分练。又以畿辅重地，议增监司四人。于是大名、广平、顺德增一人，真定、保定、河间各一人。蓟辽总督下增监军三人。议上，帝悉从之。嗣昌所议兵凡七十三万有奇，然民流饷绌，未尝有实也。
帝又采副将杨德政议，府汰通判，设练备，秩次守备，州汰判官，县汰主簿，设练总，秩次把总，并受辖于正官，专练民兵。府千，州七百，县五百，捍乡土，不他调。嗣昌以势有缓急，请先行畿辅、山东、河南、山西，从之。于是有练饷之议。初，嗣昌增勦饷，期一年而止。后饷尽而贼未平，诏征其半。至是，督饷侍郎张伯鲸请全征。帝虑失信，嗣昌曰：「无伤也，加赋出于土田，土田尽归有力家，百亩增银三四钱，稍抑兼并耳。」大学士薛国观、程国祥皆赞之。于是勦饷外复增练饷七百三十万。论者谓：「九边自有额饷，概予新饷，则旧者安归？边兵多虚额，今指为实数，饷尽虚糜，而练数仍不足。且兵以分防不能常聚，故有抽练之议，抽练而其余遂不问。且抽练仍虚文，边防愈益弱。至州县民兵益无实，徒糜厚饷。」以嗣昌主之，事巨莫敢难也。神宗末增赋五百二十万，崇祯初再增百四十万，总名辽饷。至是，复增勦饷、练饷，额溢之。先后增赋千六百七十万。民不聊生，益起为盗矣。
五月，熊文灿所抚贼张献忠反谷城，罗汝才等九营皆反。八月，傅宗龙抵京，嗣昌解部务，还内阁。未几，罗𤠉山败书闻。帝大惊，诏逮文灿。特旨命嗣昌督师，赐尚方剑，以便宜诛赏。九月朔，召见平台。嗣昌曰：「君言不宿于家，臣朝受命，夕启行，军资甲仗望敕所司遄发。」帝悦，曰：「卿能如此，朕复何忧。」翊日，赐白金百、大红纻丝四表里、斗牛衣一、赏功银四万、银牌千五百、币帛千。嗣昌条七事以献，悉报可。四日召见赐宴，手觞三爵，御制赠行诗一章。嗣昌跪诵，拜且泣。越二日，陛辞，赐膳。二十九日抵襄阳，入文灿军。文灿就逮，嗣昌犹为疏辩云。
十月朔，嗣昌大誓三军，督理中官刘元斌，湖广巡抚方孔炤，总兵官左良玉、陈洪范等毕会。贼贺一龙等掠叶，围沈丘，焚项城之郛，寇光山。副将张琮、刁明忠率京军逾山行九十里，及其巢。先驱射贼，殪绛袍而驰者二人，追奔四十里，斩首千七百五十。嗣昌称诏颁赐。十一月，兴世王王国宁以众千人来归，受之于襄阳，处其妻子樊城。表良玉平贼将军。诸将积骄玩，无鬬志。献忠、罗汝才、惠登相等八营遁郧阳、兴安山间，掠南漳、谷城、房、竹山、竹谿。嗣昌鞭刁明忠，斩监军佥事殷大白以徇。檄巡抚方孔炤遣杨世恩、罗安邦勦汝才、登相，全军覆于香油坪。嗣昌劾逮孔炤，奏辟永州推官万元吉为军前监纪，从之。
当是时，李自成潜伏陕右，贺一龙、左金王等四营跳梁汉东，嗣昌专勦献忠。献忠屡败于兴安，求抚，不许。其党托天王常国安、金翅鹏刘希原来降，献忠走入川，良玉追之。嗣昌牒令还，良玉不从。二月七日与陕西副将贺人龙、李国奇夹击献忠于玛瑙山，大破之，斩馘三千六百二十，坠岩谷死者无算。其党扫地王曹威等授首，十反王杨友贤率众降。是月也，帝念嗣昌，发银万两犒师，赐斗牛衣、良马、金鞍各二。使者甫出国门，而玛瑙山之捷至。大悦，再发银五万，币帛千犒师。论功，加太子少保。而湖广将张应元、汪之凤败贼水石坝，获其军师。四川将张令、方国安败之千江河。李国奇、贺人龙等败之寒溪寺、盐井。川、陕、湖广诸将毕集，复连败之黄墪、木瓜溪，军声大振。汝才、登相求抚，献忠持之，敛兵南漳、远安间。杀安抚官姚宗中，走大宁、大昌，犯巫山，为川中患。献忠遁兴安、平利山中，良玉围而不攻，贼得收散亡，由兴安、房县走白羊山而西，与汝才等合。嗣昌以群贼合，其势复张，乃由襄阳赴夷陵，扼其要害。帝念嗣昌行间劳苦，赐敕发赏功银万，赐鞍马二。罢郧阳抚治王鳌永，诏废将猛如虎军前立功。黄得功、宋纪大破贼商城，贺一龙五大部降而复叛。郑嘉栋、贺人龙大破汝才、登相开县。汝才偕小秦王东奔，登相越开县而西，自是二贼始分。
当是时，诸部士马居山谷，罹炎暑瘴毒，物故十二三。京兵之在荆门、云南兵之在简坪、湖广兵之在马蝗坡者，久屯思归，夜亡多。关河大旱，人相食，土寇蜂起。陕西窦开远、河南李际遇为之魁。饥民从之，所在告警。嗣昌以闻。帝发帑金五万，营医药，责诸将进兵。而陕之长武，川之新宁、大竹，湖广之罗田又相继报陷。嗣昌乃下招抚令，为谕帖万纸，散之贼中。七月，监军孔贞会等大破汝才丰邑坪。其党混世王、小秦王率其下降，贼魁整十万及登相、王光恩亦相继降。于是群贼尽萃于蜀中。嗣昌遂入川，以八月泛舟上，谓川地阨塞，诸军合而蹙之，可尽殄。而人龙以秦师自开县噪而西归，应元等败绩于夔之土地岭，献忠势复张，汝才与之合。闻督师西，遂急趋大昌，犯观音岩，守将邵仲光不能御，遂突净壁，陷大昌。嗣昌斩仲光，劾逮四川巡抚邵捷春。贼遂渡河至通江，嗣昌至万县。贼攻巴州不下。嗣昌至梁山，檄诸将分击。贼已陷剑州，趋保宁，将由间道入汉中。赵光远、贺人龙拒之，贼乃转掠，陷梓潼、昭化，抵绵州，将趋成都。十一月，嗣昌至重庆。贼攻罗江，不克，走绵竹。嗣昌至顺庆，诸将不会师。贼转掠至汉州，去中江百里，守将方国安避之去，贼遂纵掠什邡、绵竹、安县、德阳、金堂闲。所至空城而遁，全蜀大震。贼遂由水道下简州、资阳。嗣昌征诸将合击，皆退缩。屡征良玉兵，又不至。贼遂陷荣昌、永川。十二月，陷泸州。
自贼再入川，诸将无一邀击者。嗣昌虽屡檄，令不行。其在重庆也，下令赦汝才罪，降则授官，惟献忠不赦，禽斩者赉万金，爵侯。翌日，自堂皇至庖湢，遍题「有斩督师献者，赉白金三钱。」嗣昌駴愕，疑左右皆贼，勒三日进兵。会雨雪道断，复戒期。三檄人龙，不奉令。初，嗣昌表良玉平贼将军，良玉寖骄，欲贵人龙以抗之。既以玛瑙山功不果，人龙愠，反以情告良玉，良玉亦愠。语载良玉、人龙传。
嗣昌虽有才，然好自用。躬亲簿书，过于繁碎。军行必自裁进止，千里待报，坐失机会。王鳌永尝谏之，不纳。及鳌永罢官，上书于朝曰：「嗣昌用师一年，荡平未奏，此非谋虑之不长，正由操心之太苦也。天下事，总挈大纲则易，独周万目则难。况贼情瞬息更变，今举数千里征伐机宜，尽出嗣昌一人，文牒往返，动逾旬月，坐失事机，无怪乎经年之不战也。其闲能自出奇者，惟玛瑙山一役。若必遵督辅号令，良玉当退守兴安，无此捷矣。臣以为陛下之任嗣昌，不必令其与诸将同功罪，但责其提衡诸将之功罪。嗣昌之驭诸将，不必人人授以机宜，但核其机宜之当否。则嗣昌心有余闲，自能决奇制胜，何至久延岁月，老师糜饷为哉。」
先是，嗣昌以诸将进止不一，纳幕下评事元吉言，用猛如虎为总统，张应元副之。比贼入泸州，如虎及贺人龙、赵光远军至，贼复渡南溪，越成都，走汉州、德阳、绵州、剑州、昭化至广元，又走巴州、达州。诸军疲极，惟如虎军蹑其后。十四年正月，嗣昌知贼必出川，遂统舟师下云阳，檄诸军陆行追贼。人龙军既噪而西，顿兵广元不进，所恃惟如虎。比与贼战开县、黄陵城，大败，将士死亡过半。如虎突围免，马驘关防尽为贼有。
初，贼窜南溪，元吉欲从间道出梓潼，扼归路以待贼。嗣昌檄诸军蹑贼疾追，不得拒贼远，令他逸。诸将乃尽从泸州逐后尘。贼折而东返，归路尽空，不可复遏，嗣昌始悔不用元吉言。贼遂下夔门，抵兴山，攻当阳，犯荆门。嗣昌至夷陵，檄良玉兵，使十九返。良玉撤兴、房兵趋汉中，若相避然。贼所至，烧驿舍，杀塘卒，东西消息中断。郧阳抚治袁继咸闻贼至当阳，急谋发兵。献忠令汝才与相持，而自以轻骑一日夜驰三百里，杀督师使者于道，取军符。以二月十一日抵襄阳近郊，用二十八骑持军符先驰呼城门督师调兵，守者合符而信，入之。夜半从中起，城遂陷。
献忠缚襄王置堂下，属之酒，曰：「吾欲断杨嗣昌头，嗣昌在远。今借王头，俾嗣昌以陷藩伏法。王努力尽此酒。」遂害之。未几，渡汉水，走河南，与贺一龙、左金王诸贼合。嗣昌初以襄阳重镇，仞深沟方洫而三环之，造飞梁，设横枑，陈利兵而讥诃，非符要合者不得渡。江、汉间列城数十，倚襄阳为天险，贼乃出不意而破之。嗣昌在夷陵，惊悸，上疏请死。下至荆州之沙市，闻洛阳已于正月被陷，福王遇害，益忧惧，遂不食。以三月朔日卒，年五十四。
廷臣闻襄阳之变，交章论列，而嗣昌已死矣。继咸及河南巡按高名衡以自裁闻，其子则以病卒报，莫能明也。帝甚伤悼之，命丁启睿代督师。传谕廷臣：「辅臣二载辛劳，一朝毕命，然功不掩过，其议罪以闻。」定国公徐允祯等请以失陷城寨律议斩。上传制曰：「故辅嗣昌奉命督勦，无城守专责，乃诈城夜袭之檄，严饬再三，地方若罔闻知。及违制陷城，专罪督辅，非通论。且临戎二载，屡著捷功，尽瘁殒身，勤劳难泯。」乃昭雪嗣昌罪，赐祭，归其丧于武陵。嗣昌先以勦贼功进太子少傅，既死，论临、蓝平盗功，进太子太傅。廷臣犹追论不已，帝终念之。后献忠陷武陵，心恨嗣昌，发其七世祖墓，焚嗣昌夫妇柩，断其尸见血，其子孙获半体改葬焉。
吴甡，字鹿友，扬州兴化人。万历四十一年进士。历知邵武、晋江、潍县。天启二年征授御史。初入台，赵南星拟以年例出之。甡乃荐方震孺等，而追论崔文升、李可灼罪，遂得留。后又谏内操宜罢，请召还邹元标、冯从吾、文震孟，乃积与魏忠贤忤。七年二月削其籍。
崇祯改元，起故官。温体仁讦钱谦益，周延儒助之。甡恐帝即用二人，言枚卜大典当就廷推中简用，事乃止。时大治忠贤党，又值京察，甡言此辈罪恶非考功法所能尽，宜先定其罪，毋混察典。御史任赞化以劾体仁谪，甡论救，而力诋王永光媚珰，请罢黜。皆不纳。出按河南。妖人聚徒劫村落，甡遍捕贼魁诛之。奉命振延绥饥，因谕散贼党。帝闻，即命按陕西。劾大将杜文焕冒功，置之法。数为民请命，奏无不允。迁大理寺丞，进左通政。
七年九月超擢右佥都御史，巡抚山西。甡历陈防御、边寇、练兵、恤民四难，及议兵、议将、议饷、议用人四事。每岁暮扼河防秦、豫贼，连三岁，无一贼潜渡，以闲修筑边墙。八年四月上疏言：「晋民有三苦。一苦凶荒，无计糊口。一苦追呼，无力输租。一苦杀掠，无策保全。由此悉为盗。请蠲最残破地十州县租。」帝即敕议行。户部请税间架，甡力争，弗听。其秋，我大清平察哈尔国，旋师略朔州，直抵忻、代，守将屡败。总督杨嗣昌遣副将自代州往侦，亦败走。甡镌五级，嗣昌及大同巡抚叶廷桂镌三级，俱戴罪视事。先是，定襄县地震者再，甡曰：「此必有东师也。」饬有司缮守具，已而果入。定襄以有备，独不被兵。山西大盗贺宗汉、刘浩然、高加计皆前巡抚戴君恩所抚，拥众自恣。甡阳为抚慰，而密令参将虎大威、刘光祚等图之，以次皆被歼。甡行军树二白旗，胁从及老弱妇女跪其下，即免死，全活甚众。在晋四年，军民戴若慈母。谢病归。
十一年二月起兵部左侍郎。其冬，尚书杨嗣昌言边关戒严，甡及添注侍郎惠世扬久不至，请改推。帝怒，落职闲住。十三年冬起故官。明年命协理戎政。帝尝问京营军何以使练者尽精，汰者不哗，甡对曰：「京营边勇营万二千专练骑射，壮丁二万专练火器，廪给厚，而技与散兵无异。宜行分练法，技精者，散兵拔为边勇，否则边勇降为散兵，壮丁亦然。老弱者汰补，革弊当以渐，不可使知有汰兵意。」帝然之。又问别立战营，能得堪战者五万否，甡对：「京营兵合堪战。承平日久，发兵勦贼，辄沿途雇充。将领利月饷，游民利剽敚，归营则本军复充伍。今练兵法要在选将，有战将自有战兵，五万非难。但法忌纷更，不必别立战营也。」帝顾兵部尚书陈新甲，令速选将，而谕甡具疏以闻。赐果饵，拜谢出。
十五年六月擢礼部尚书兼东阁大学士。周延儒再相，冯铨力为多，延儒许复其冠带。铨果以捐资振饥属抚按题叙，延儒拟优旨下户部。公议大沸，延儒患之。冯元飙为甡谋，说延儒引甡共为铨地。延儒默援之，甡遂得柄用。及延儒语铨事，甡唯唯，退召户部尚书傅淑训，告以逆案不可翻，寝其疏不覆。延儒始悟为甡绐。延儒欲起张捷为南京右都御史，甡力尼之。甡居江北，延儒居江南，各树党。延儒引用锦衣都督骆养性，甡持不可。后帝论诸司弊窦，甡言锦衣尤甚，延儒亦言缇骑之害，帝竝纳之。
十六年三月，帝以襄阳、荆州、承天连陷，召对廷臣，陨涕谓甡曰：「卿向历岩疆，可往督湖广师。」甡具疏请得精兵三万，自金陵趋武昌，扼贼南下。帝方念湖北，览疏不悦，留中。甡请面对，帝御昭文阁，谕以所需兵多，猝难集。南京隔远，不必退守。甡奏：「左良玉跋扈甚，督师嗣昌九檄征兵，一旅不发。臣不如嗣昌，而良玉踞江、汉甚于曩时。臣节制不行，徒损威重。南京从襄阳顺流下，窥伺甚易，宜兼顾，非退守。」大学士陈演言：「督师出，则督、抚兵皆其兵。」甡言：「臣请兵，正为督、抚无兵耳。使臣束手待贼，事机一失，有不忍言者。」帝乃令兵部速议发兵。尚书张国维请以总兵唐通、马科及京营兵共一万畀甡。又言此兵方北征，俟敌退始可调。帝命姑俟之。甡屡请，帝曰：「徐之，敌退兵自集，卿独往何益？」
逾月，延儒出督师，朝受命，夕启行。蒋德璟谓倪元璐曰：「上欲吴公速行，缓言相慰者，试之耳，观首辅疾趋可见。」甡卒迟回不肯行。部所拨唐通兵，演又请留，云关门不可无备。甡不得已，以五月辞朝。先一日出劳从骑，帝犹命中官赐银牌给赏。越宿忽下诏责其逗遛，命辍行入直。甡惶恐，两疏引罪，遂许致仕。既行，演及骆养性交搆之，帝益怒。至七月，亲鞫吴昌时，作色曰：「两辅臣负朕，朕待延儒厚，乃纳贿行私，罔知国法。命甡督师，百方延缓，为委卸地。延儒被纠，甡何独无？」既而曰：「朕虽言，终必无纠者，锦衣衞可宣甡候旨。」甡入都，敕法司议罪。十一月遣戍金齿。南京兵部尚书史可法驰疏救，不从。
赞曰：明季士大夫问钱谷不知，问甲兵不知，于是嗣昌得以才显。然迄无成功者，得非功罪淆于爱憎，机宜失于遥制故耶？吴甡按山右有声，及为相，遂不能有为。进不以正，其能正邦乎？抑时势实难，非命世材，固罔知攸济也。
