万历元年，河决房村，筑堤洼子头至秦沟口。明年，给事中郑岳言：「运道自茶城至淮安五百余里，自嘉靖四十四年河水大发，淮口出水之际，海沙渐淤，今且高与山等。自淮而上，河流不迅，泥水愈淤。于是邳州浅，房村决，吕、梁二洪平，茶城倒流，皆坐此也。今不治海口之沙，乃日筑徐、沛间堤岸，桃、宿而下，听其所之。民之为鱼，未有已时也。」因献宋李公义、王令图濬川爬法。命河臣勘奏，从其所言。而是年秋，淮、河并溢。明年八月，河决砀山及邵家口、曹家庄、韩登家口而北，淮亦决高家堰而东，徐、邳、淮南北漂没千里。自此桃、清上下河道淤塞，漕艘梗阻者数年，淮、扬多水患矣。总河都御史傅希挚改筑砀山月隄，暂留三口为泄水之路。其冬，并塞之。
四年二月，督漕侍郎吴桂芳言：「淮、扬洪潦奔冲，盖缘海滨汊港久堙，入海止云梯一径，致海拥横沙，河流泛溢，而盐、安、高、宝不可收拾。国家转运，惟知急漕，而不暇急民，故朝廷设官，亦主治河，而不知治海。请设水利佥事一员，专疏海道，审度地利，如草湾及老黄河皆可趋海，何必专事云梯哉？」帝优诏报可。
桂芳复言：「黄水抵清河与淮合流，经清江浦外河，东至草湾，又折而西南，过淮安、新城外河，转入安东县前，直下云梯关入海。近年关口多壅，河流日浅，惟草湾地低下，黄河冲决，骎骎欲夺安东入海，以县治所关，屡决屡塞。去岁，草湾迤东自决一口，宜于决口之西开挑新口，以迎埽湾之溜，而于金城至五港岸筑堤束水。语云：『救一路哭，不当复计一家哭。』今淮、扬、凤、泗、邳、徐不啻一路矣。安东自众流汇围，祇文庙、县署仅存椽瓦，其势垂陷，不如委之，以拯全淮。」帝不欲弃安东，而命开草湾如所请。八月，工竣，长万一千一百余丈，塞决口二十二，役夫四万四千。帝以海口开濬，水患渐平，赉桂芳等有差。
未几，河决韦家楼，又决沛县缕水堤，丰、曹二县长堤，丰、沛、徐州、睢宁、金乡、鱼台、单、曹田庐漂溺无算，河流啮宿迁城。帝从桂芳请，迁县治、筑土城避之。于是御史陈世宝请复老黄河故道，言：「河自桃源三义镇历清河县北，至大河口会淮入海。运道自淮安天妃庙乱淮而下，十里至大河口，从三义镇出口向桃源大河而去，凡七十余里，是为老黄河。至嘉靖初，三义镇口淤，而黄河改趋清河县南与淮会，自此运道不由大河口而径由清河北上矣。近者，崔镇屡决，河势渐趋故道。若仍开三义镇口引河入清河北，或令出大河口与淮流合，或从清河西别开一河，引淮出河上游，则运道无恐，而淮、泗之水不为黄流所涨。」部覆允行。
桂芳言：「淮水向经清河会黄河趋海。自去秋河决崔镇，清江正河淤淀，淮口梗塞。于是淮弱河强，不能夺草湾入海之途，而全淮南徙，横灌山阳、高、宝间，向来湖水不逾五尺，堤仅七尺，今堤加丈二，而水更过之。宜急护湖堤以杀水势。」部议以为必淮有所归，而后堤可保，请令桂芳等熟计。报可。
开河、护堤二说未定，而河复决崔镇，宿、沛、清、桃两岸多坏，黄河日淤垫，淮水为河所迫，徙而南，时五年八月也。希挚议塞决口，束水归漕。桂芳欲冲刷成河，以为老黄河入海之路。帝令急塞决口，而俟水势稍定，乃从桂芳言。时给事中汤聘尹议导淮入江以避黄，会桂芳言：「黄水向老黄河故道而去，下奔如驶，淮遂乘虚涌入清口故道，淮、扬水势渐消。」部议行勘，以河、淮既合，乃寝其议。
淮、泗之水不下清口而下山阳，从黄浦口入海。浦口不能尽泄，浸淫高、宝邵伯诸湖，而湖堤尽没，则以淮、泗本不入湖，而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又缘清口向未淤塞，而今淤塞故也。清口之淤塞者，又缘黄河淤塞日高，淮水不得不让河而南徙也。盖淮水并力敌黄，胜负或亦相半，自高家堰废坏，而清口内通济桥、朱家等口淮水内灌，于是淮、泗之力分，而黄河得以全力制其敝，此清口所以独淤于今岁也。下流既淤，则上流不得不决。
每岁粮艘以四五月毕运，而堤以六七月坏。水发之时不能为力，水落之后方图堵塞。甫及春初，运事又迫，仅完堤工，于河身无与。河身不挑则来年益高。上流之决，必及于徐、吕，而不止于邳、迁；下流之涸，将尽乎邳、迁，而不止于清、桃。须不惜一年粮运，不惜数万帑藏，开挑正河，宽限责成，乃为一劳永逸。
至高家堰、朱家等口，宜及时筑塞，使淮、泗并力足以敌黄，则淮水之故道可复，高、宝之大患可减。若兴、盐海口堙塞，亦宜大加疏濬。而湖堤多建减水大闸，堤下多开支河。要未有不先黄河而可以治淮，亦未有不疏通淮水而可以固堤者也。
海口自云梯关四套以下，阔七八里至十余里，深三四丈。欲别议开凿，必须深阔相类，方可注放，工力甚难。且未至海口，干地犹可施工，其将入海之地，潮汐往来，与旧口等耳。旧口皆系积沙，人力虽不可濬，水力自能冲刷，海无可濬之理。惟当导河归海，则以水治水，即濬海之策也。河亦非可以人力导，惟当缮治堤防，俾无旁决，则水由地中，沙随水去，即导河之策也。
频年以来，日以缮堤为事，顾卑薄而不能支，迫近而不能容，杂以浮沙而不能久。是以河决崔镇，水多北溃，为无堤也。淮决高家堰、黄浦口，水多东溃，堤弗固也。不咎制之未备，而咎筑堤为下策，岂通论哉！上流既旁溃，又岐下流而分之，其趋云梯入海口者，譬犹强弩之末耳。水势益分则力益弱，安能导积沙以注海。
故今日濬海急务，必先塞决以导河，尤当固堤以杜决，而欲堤之不决，必真土而勿杂浮沙，高厚而勿惜巨费，让远而勿与争地，则堤乃可固也。沿河堤固，而崔镇口塞，则黄不旁决而冲漕力专。高家堰筑，朱家口塞，则淮不旁决而会黄力专。淮、黄既合，自有控海之势。又惧其分而力弱也，必暂塞清江浦河，而严司启闭以防其内奔。姑置草湾河，而专复云梯以还其故道。仍接筑淮安新城长堤，以防其末流。使黄、淮力全，涓滴悉趋于海，则力强且专，下流之积沙自去，海不濬而辟，河不挑而深，所谓固堤即以导河，导河即以濬海也。
黄水入徐，历邳、宿、桃、清，至清口会淮而东入海。淮水自洛及凤，历盱、泗，至清口会河而东入海。此两河故道也。元漕江南粟，则由扬州直北庙湾入海，未尝溯淮。陈瑄始堤管家诸湖，通淮为运道。虑淮水涨溢，则筑高家堰堤以捍之，起武家墩，经大、小涧至阜宁湖，而淮不东侵。又虑黄河涨溢，则堤新城北以捍之，起清江浦，沿钵池山、柳浦湾迤东，而黄不南侵。
其后，堤岸渐倾，水从高堰决入，淮郡遂同鱼鼈。而当事者未考其故，谓海口壅闭，宜亟穿支渠。讵知草湾一开，西桥以上正河遂至淤阻。夫新河阔二十余丈，深仅丈许，较故道仅三十之一，岂能受全河之水？下流既壅，上流自溃，此崔镇诸口所由决也。今新河复塞，故河渐已通流，虽深阔未及原河十一，而两河全下，沙随水刷，欲其全复河身不难也。河身既复，阔者七八里，狭亦不下三四百丈，滔滔东下，何水不容？匪惟不必别凿他所，即草湾亦可置勿濬矣。
故为今计，惟修复陈瑄故迹，高筑南北两堤，以断两河之内灌，则淮、扬昏垫可免。塞黄浦口，筑宝应堤，濬东关等浅，修五闸，复五坝，则淮南运道无虞。坚塞桃源以下崔镇口诸决，则全河可归故道。黄、淮既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复，而桃、清浅阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬捞之说，仅可行诸闸河，前人屡试无功，徒费工料。
七年十月，两河工成，赉季驯、一麟银币，而遣给事中尹瑾勘实。八年春进季驯太子太保工部尚书，荫一子。一麟等迁擢有差。是役也，筑高家堰堤六十余里，归仁集堤四十余里，柳浦湾堤东西七十余里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千余丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十余里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸于甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑，费帑金五十六万有奇。其秋擢季驯南京兵部尚书。季驯又请复新集至小浮桥故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等不可而止。自桂芳、季驯时罢总河不设，其后但以督漕兼理河道。高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患。
至十五年，封丘、偃师、东明、长垣屡被冲决。大学士申时行言：「河所决地在三省，守臣画地分修，易推委。河道未大坏，不必设都御史，宜遣风力老成给事中一人行河。」乃命工科都给事中常居敬往。居敬请修筑大社集东至白茅集长堤百里。从之。
初，黄河由徐州小浮桥入运，其河深且近洪，能刷洪以深河，利于运道。后渐徙沛县飞云桥及徐州大、小溜沟。至嘉靖末，决邵家口，出秦沟，由浊河口入运，河浅，迫茶城，茶城岁淤，运道数害。万历五年冬，河复南趋，出小浮桥故道，未几复堙。潘季驯之塞崔镇也，厚筑堤岸，束水归漕。嗣后水发，河臣辄加堤，而河身日高矣。于是督漕佥都御史杨一魁欲复黄河故道，请自归德以下丁家道口濬至石将军庙，令河仍自小浮桥出。又言：「善治水者，以疏不以障。年来堤上加堤，水高凌空，不啻过颡。滨河城郭，决水可灌。宜测河身深浅，随处挑濬，而于黄河分流故道，设减水石门以泄暴涨。」给事中王士性则请复老黄河故道。大略言：
自徐而下，河身日高，而为堤以束之，堤与徐州城等。束益急，流益迅，委全力于淮而淮不任。故昔之黄、淮合，今黄强而淮益缩，不复合矣。黄强而一启天妃、通济诸闸，则灌运河如建瓴。高、宝一梗，江南之运坐废。淮缩则退而侵泗。为祖陵计，不得不建石堤护之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而后入海。淮安、高宝、盐、兴数百万生灵之命托之一丸泥，决则尽成鱼虾矣。
纷纷之议，有欲增堤泗州者，有欲开颜家、灌口、永济三河，南甃高家堰、北筑滚水坝者。总不如复河故道，为一劳永逸之计也。河故道由三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北别有济运河，在县南盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子滩凡九十里，洼下不耕，无室庐坟墓之碍，虽开河费巨，而故道一复，为利无穷。
时帝从居敬言，罢老黄河议，而季驯抵官，言：「新集故道，故老言『铜帮铁底』，当开，但岁俭费繁，未能遽行。」又言：「黄水浊而强，汶、泗清且弱，交会茶城。伏秋黄水发，则倒灌入漕，沙停而淤，势所必至。然黄水一落，漕即从之，沙随水去，不濬自通，纵有浅阻，不过旬日。往时建古洪、内华二闸，黄涨则闭闸以遏浊流，黄退则启闸以纵泉水。近者居敬复增建镇口闸，去河愈近，则吐纳愈易。但当严闸禁如清江浦三闸之法，则河渠永赖矣。」帝方委季驯，即从其言，罢故道之议。未几，水患益甚。
十七年六月，黄水暴涨，决兽医口月堤，漫李景高口新堤，冲入夏镇内河，坏田庐，没人民无算。十月，决口塞。十八年，大溢，徐州水积城中者逾年。众议迁城改河。季驯濬魁山支河以通之，起苏伯湖至小河口，积水乃消。十九年九月，泗州大水，州治渰三尺，居民沉溺十九，浸及祖陵。而山阳复河决，江都、邵伯又因湖水下注，田庐浸伤。工部尚书曾同亨上其事，议者纷起。乃命工科给事中张贞观往泗州勘视水势，而从给事中杨其休言，放季驯归，用舒应龙为工部尚书总督河道。
二十年三月，季驯将去，条上辨惑者六事，力言河不两行，新河不当开，支渠不当濬。又著书曰河防一览，大旨在筑堤障河，束水归漕；筑堰障淮，逼淮注黄。以清刷浊，沙随水去。合则流急，急则荡涤而河深；分则流缓，缓则停滞而沙积。上流既急，则海口自辟而无待于开。其治堤之法，有缕堤以束其流，有遥堤以宽其势，有滚水坝以泄其怒。法甚详，言甚辨。然当是时，水势横溃，徐、泗、淮、扬间无岁不受患，祖陵被水。季驯谓当自消，已而不验。于是季驯言诎，而分黄导淮之议由此起矣。
贞观抵泗州言：「臣谒祖陵，见泗城如水上浮盂，盂中之水复满。祖陵自神路至三桥、丹墀，无一不被水。且高堰危如累卵，又高、宝隐祸也。今欲泄淮，当以辟海口积沙为第一义。然泄淮不若杀黄，而杀黄于淮流之既合，不若杀于未合。但杀于既合者与运无妨，杀于未合者与运稍碍。别标本，究利害，必当杀于未合之先。至于广入海之途，则自鲍家口、黄家营至鱼沟、金城左右，地势颇下，似当因而利导之。」贞观又会应龙及总漕陈于陛等言：「淮、黄同趋者惟海，而淮之由黄达海者惟清口。自海沙开濬无期，因而河身日高；自河流倒灌无已，因而清口日塞。以致淮水上浸祖陵，漫及高、宝，而兴、泰运堤亦冲决矣。今议辟清口沙，且分黄河之流于清口上流十里地，去口不远，不至为运道梗。分于上，复合于下，则冲海之力专。合必于草湾之下，恐其复冲正河，为淮城患也。塞鲍家口、黄家营二决，恐横冲新河，散溢无归。两岸俱堤，则东北清、沭、海、安洼下地不虞溃决。计费凡三十六万有奇。若海口之塞，则潮汐莫窥其涯，难施畚锸。惟淮、黄合流东下，河身涤而渐深，海口刷而渐辟，亦事理之可必者。」帝悉从其请。乃议于清口上流北岸，开腰铺支河达于草湾。
二十一年春，贞观报命，议开归、徐达小河口，以救徐、邳之溢；导浊河入小浮桥故道，以纾镇口之患。下总河会官集议，未定。五月，大雨，河决单县黄堌口，一由徐州出小浮桥，一由旧河达镇口闸。邳城陷水中，高、宝诸湖堤决口无算。明年，湖堤尽筑塞，而黄水大涨，清口沙垫，淮水不能东下，于是挟上源阜陵诸湖与山溪之水，暴浸祖陵，泗城渰没。二十三年，又决高邮中堤及高家堰、高良涧，而水患益急矣。
先是，御史陈邦科言：「固堤束水未收刷沙之利，而反致冲决。法当用濬，其方有三。冬春水涸，令沿河浅夫乘时捞浅，则沙不停而去，一也。官民船往来，船尾悉系钯犁，乘风搜涤，则沙不宁而去，二也。倣水磨、水碓之法，置为木机，乘水滚荡，则沙不留而去，三也。至淮必不可不会黄，故高堰断不可弃。湖溢必伤堤，故周家桥溃处断不可开。已弃之道必淤满，故老黄河、草湾等处断不可复。」疏下所司议。户部郎中华存礼则请复黄河故道，幷濬草湾。而是时，腰铺犹未开，工部侍郎沈节甫言：「复黄河未可轻议，至诸策皆第补偏救弊而已，宜概停罢。」乃召应龙还工部，时二十二年九月也。
既而给事中吴应明言：「先因黄河迁徙无常，设遥、缕二堤束水归漕，及水过沙停，河身日高，徐、邳以下居民尽在水底。今清口外则黄流阻遏，清口内则淤沙横截，强河横灌上流约百里许，淮水仅出沙上之浮流，而潴蓄于盱、泗者遂为祖陵患矣。张贞观所议腰铺支河归之草湾，或从清河南岸别开小河至骆家营、马厂等地，出会大河，建闸启闭，一遇运浅，即行此河，亦策之便者。」至治泗水，则有议开老子山，引淮水入江者。宜置闸以时启闭，拆张福堤而堤清口，使河水无南向。部议下河漕诸臣会勘。直隶巡按牛应元因谒祖陵，目击河患，绘图以进，因上疏言：
黄高淮壅，起于嘉靖末年河臣凿徐、吕二洪巨石，而沙日停，河身日高，溃决由此起。当事者计无复之，两岸筑长堤以束，曰缕堤。缕堤复决，更于数里外筑重堤以防，曰遥堤。虽岁决岁补，而莫可谁何矣。
黄、淮交会，本自清河北二十里骆家营，折而东至大河口会淮，所称老黄河是也。陈瑄以其迂曲，从骆家营开一支河，为见今河道，而老黄河淤矣。万历间，复开草湾支河，黄舍故道而趋，以致清口交会之地，二水相持，淮不胜黄，则窜入各闸口，淮安士民于各闸口筑一土埂以防之。嗣后黄、淮暴涨，水退沙停，清口遂淤，今称门限沙是也。当事者不思挑门限沙，乃傍土埂筑高堰，横亘六十里，置全淮正流之口不事，复将从旁入黄之张福口一幷筑堤塞之，遂倒流而为泗陵患矣。前岁，科臣贞观议辟门限沙，裁张福堤，其所重又在支河腰铺之开。
总之，全口淤沙未尽挑辟，即腰铺工成，淮水未能出也。况下流鲍、王诸口已决，难以施工。岂若复黄河故道，尽辟清口淤沙之为要乎？且疏上流，不若科臣应明所议，就草湾下流濬诸决口，俾由安东归五港，或于周家桥量为疏通，而急塞黄堌口，挑萧、砀渠道，濬符离浅阻。至宿迁小河为淮水入黄正路，急宜挑辟，使有所归。
应龙言：「张福堤已决百余丈，清口方挑沙，而腰铺之开尤不可废。」工部侍郎沈思孝因言：「老黄河自三义镇至叶家冲仅八千余丈，河形尚存。宜亟开濬，则河分为二，一从故道抵颜家河入海，一从清口会淮，患当自弭。请遣风力科臣一人，与河漕诸臣定画一之计。」乃命礼科给事中张企程往勘。而以水患累年，迄无成画，迁延糜费，罢应龙职为民，常居敬、张贞观、彭应参等皆谴责有差。
御史高举请「疏周家桥，裁张福堤，辟门限沙，建滚水石坝于周家桥、大小涧口、武家墩、绿杨沟上下，而坝外濬河筑岸，使行地中。改塘埂十二闸为坝，灌闸外十二河，以辟入海之路。濬芒稻河，且多建滨江水闸，以广入江之途。然海口日壅，则河沙日积，河身日高，而淮亦不能安流。有灌口者，视诸口颇大，而近日所决蒋家、鲍家、畀家三口直与相射，宜挑濬成河，俾由此入海。」工部主事樊兆程亦议辟海口，而言：「旧海口决不可濬，当自鲍家营至五港口挑濬成河，令从灌口入海。」俱下工部。请幷委企程勘议。
是时，总河工部尚书杨一魁被论，乞罢，因言：「清口宜濬，黄河故道宜复，高堰不必修，石堤不必砌，减水闸坝不必用。」帝不允辞，而诏以尽心任事。御史夏之臣则言：「海口沙不可劈，草湾河不必濬，腰铺新河四十里不必开，云梯关不必辟，惟当急开高堰，以救祖陵。」且言：「历年以来，高良涧土堤每遇伏秋即冲决，大涧口石堤每遇汹涌即崩溃。是高堰在，为高、宝之利小；而高堰决，则为高、宝之害大也。孰若明议而明开之，使知趋避乎？」给事中黄运泰则又言：「黄河下流未泄，而遽开高堰、周桥以泄淮水，则淮流南下，黄必乘之，高、宝间尽为沼，而运道月河必冲决矣。不如濬五港口，达灌口门，以入于海之为得也。」诏幷行勘议。
企程乃上言：「前此河不为陵患，自隆庆末年高、宝、淮、扬告急，当事狃于目前，清口既淤，又筑高堰以遏之，堤张福以束之，障全淮之水与黄角胜，不虞其势不敌也。迨后甃石加筑，堙塞愈坚，举七十二溪之水汇于泗者，仅留数丈一口出之，出者什一，停者什九。河身日高，流日壅，淮日益不得出，而潴蓄日益深，安得不倒流旁溢为陵泗患乎？今议疏淮以安陵，疏黄以导淮者，言人人殊。而谓高堰当决者，臣以为屏翰淮、扬，殆不可少。莫若于其南五十里开周家桥注草子湖，大加开濬，一由金家湾入芒稻河注之江，一由子婴沟入广洋湖达之海，则淮水上流半有宣泄矣。于其北十五里开武家墩，注永济河，由窰湾闸出口直达泾河，从射阳湖入海，则淮水下流半有归宿矣。此急救祖陵第一义也。」会是时，祖陵积水稍退，一魁以闻，帝大悦，仍谕诸臣急协议宣泄。
于是企程、一魁共议欲分杀黄流以纵淮，别疏海口以导黄。而督漕尚书褚𫓧则以江北岁祲，民不堪大役，欲先泄淮而徐议分黄。御史应元折衷其说，言：「导淮势便而功易，分黄功大而利远。顾河臣所请，亦第六十八万金，国家亦何靳于此？」御史陈煃尝令宝应，虑周家桥既开，则以高邮、邵伯为壑，运道、民产、盐场交受其害，上疏争之，语甚激，大旨，分黄为先，而淮不必深治。且欲多开入海之路，令高、宝诸湖之水皆东，而后周家桥、武家墩之水可注。而淮安知府马化龙复进分黄五难之说。颍州兵备道李弘道又谓宜开高堰。𫓧遂据以上闻。给事中林熙春驳之，言：「淮犹昔日之淮，而河非昔日之河。先是河身未高，而淮尚安流，今则河身既高，而淮受倒灌，此导淮固以为淮，分黄亦以为淮。」工部乃覆奏云：「先议开腰铺支河以分黄流，以倭儆、灾伤停寝，遂贻今日之患。今黄家坝分黄之工若复沮格，淮壅为害，谁职其咎？请令治河诸臣导淮分黄，亟行兴举。」报可。
二十四年八月，一魁兴工未竣，复条上分淮导黄事宜十事。十月，河工告成，直隶巡按御史蒋春芳以闻，复条上善后事宜十六事。乃赏赉一魁等有差。是役也，役夫二十万，开桃源黄河坝新河，起黄家嘴，至安东五港、灌口，长三百余里，分泄黄水入海，以抑黄强。辟清口沙七里，建武家墩、高良涧、周家桥石闸，泄淮水三道入海，且引其支流入江。于是泗陵水患平，而淮、扬安矣。
然是时，一魁专力桃、清、淮、泗间，而上流单县黄堌口之决，以为不必塞。𫓧及春芳皆请塞之。给事中李应策言：「漕臣主运，河臣主工，各自为见。宜再令析议。」一魁言：「黄堌口一支由虞城、夏邑接砀山、萧县、宿州至宿迁，出白洋河，一小支分萧县两河口，出徐州小浮桥，相距不满四十里。当疏濬与正河会，更通镇口闸里湖之水，与小浮桥二水会，则黄堌口不必塞，而运道无滞矣。」从之。于是议濬小浮桥、沂河口、小河口以济徐、邳运道，以泄砀、萧漫流，培归仁堤以护陵寝。
运道通利，河徙不相妨，已有明验。惟议者以祖陵为虑，请征往事折之。洪武二十四年，河决原武，东南至寿州入淮。永乐九年，河北入鱼台。未几，复南决，由涡河经怀远入淮。时两河合流，历凤、泗以出清口，未闻为祖陵患。正统十三年，河北冲张秋。景泰中，徐有贞塞之，复由涡河入淮。弘治二年，河又北冲，白昂、刘大夏塞之，复南流，一由中牟至颍、寿，一由亳州至涡河入淮，一由宿迁小河口会泗。全河大势纵横颍、亳、凤、泗间，下溢符离、睢、宿，未闻为祖陵虑，亦不闻堤及归仁也。正德三年后，河渐北徙，由小浮桥、飞云桥、谷亭三道入漕，尽趋徐、邳，出二洪，运道虽济，而泛溢实甚。嘉靖十一年，朱裳始有涡河一支中经凤阳祖陵未敢轻举之说。然当时，犹时濬祥符之董盆口、宁陵之五里铺、荥泽之孙家渡、兰阳之赵皮寨，又或决睢州之地丘店、界牌口、野鸡冈，宁陵之杨村铺，俱入旧河，从亳、凤入淮，南流未绝，亦何尝为祖陵患。
嘉靖二十五年后，南流故道始尽塞，或由秦沟入漕，或由浊河入漕。五十年来全河尽出徐、邳，夺泗入淮。而当事者方认客作主，日筑堤而窘之，以致河流日壅，淮不敌黄，退而内潴，遂贻盱、泗祖陵之患。此实由内水之停壅，不由外水之冲射也。万历七年，潘季驯始虑黄流倒灌小河、白洋等口，挟诸河水冲射祖陵，乃作归仁堤为保障计，复张大其说，谓祖陵命脉全赖此堤。习闻其说者，遂疑黄堌之决，下啮归仁，不知黄堌一决，下流易泄，必无上灌之虞。况今小河不日竣工，引河复归故道，去归仁益远，奚烦过计为？
一魁既开小浮桥，筑义安山，濬小河口，引武沂泉济运。及是年四月，河复大决黄堌口，溢夏邑、永城，由宿州符离桥出宿迁新河口入大河，其半由徐州入旧河济运。上源水枯，而义安束水横坝复冲二十余丈，小浮桥水脉微细，二洪告涸，运道阻涩。一魁因议挑黄堌口迤上埽湾、淤嘴二处，且大挑其下李吉口北下浊河，救小浮桥上流数十里之涸。复上言：「黄河南旋至韩家道、盘岔河、丁家庄，俱岸阔百丈，深逾二丈，乃铜帮铁底故道也。至刘家洼，始强半南流，得山西坡、永涸湖以为壑，出溪口入符离河，亦故道也。惟徐、邳运道浅涸，所以首议开小浮桥，再加挑辟，必大为运道之利。乃欲自黄堌挽回全河，必须挑四百里淤高之河身，筑三百里南岸之长堤，不惟所费不赀，窃恐后患无已。」御史杨光训等亦议挑埽湾直渠，展济浊河，及筑山西坡归仁堤，与一魁合，独𫓧异议。帝命从一魁言。
一魁复言：「归仁在西北，泗州在东南，相距百九十里，中隔重冈叠嶂。且归仁之北有白洋河、朱家沟、周家沟、胡家沟、小河口泄入运河，势如建瓴，即无归仁，祖陵无足虑。浊河淤垫，高出地上，曹、单间阔一二百丈，深二三丈，尚不免横流，徐、邳间仅百丈，深止丈余，徐西有浅至二三尺者，而夏、永、韩家道口至符离，河阔深视曹、单，避高就下，水之本性，河流所弃，自古难复。且运河本藉山东诸泉，不资黄水，惟当倣正统间二洪南北口建闸之制，于镇口之下，大浮桥之上，吕梁之下洪，邳州之沙坊，各建石闸，节宣汶、泗，而以小浮桥、沂河口二水助之，更于镇口西筑坝截黄，开唐家口而注之龙沟，会小浮桥入运，以杜灌淤镇口之害，实万全计也。」报可。
二十七年春，东星上言：「河自商、虞而下，由丁家道口抵韩家道口、赵家圈、石将军庙、两河口，出小浮桥下二洪，乃贾鲁故道也。自元及我朝行之甚利。嘉靖三十七年，北徙浊河，而此河遂淤。潘季驯议复开之，以工费浩繁而止。今河东决黄堌，由韩家道口至赵家圈百余里，冲刷成河，即季驯议复之故道也。由赵家圈至两河口，直接三仙台新渠，长仅四十里，募夫五万濬之，逾月当竣，而大挑运河，小挑浊河，俱可节省。惟李吉口故道尝挑复淤，去冬已挑数里，前功难弃，然至镇口三百里而遥，不若赵家圈至两河口四十里而近。况大浮桥已建闸蓄汶、泗之水，则镇口济运亦无藉黄流。」报可。六月，功成，加东星工部尚书，一魁及余官赏赉有差。
初，给事中杨廷兰因黄堌之决，请开泇河，给事中杨应文亦主其说。既而直隶巡按御史佴祺复言之。东星既开赵家圈，复采众说，凿泇河，以地多沙石，工未就而东星病。河既南徙，李吉口淤淀日高，北流遂绝，而赵家圈亦日就淤塞，徐、邳间三百里，河水尺余，粮艘阻塞。
二十九年秋，工科给事中张问达疏论之。会开、归大水，河涨商丘，决萧家口，全河尽南注。河身变为平沙，商贾舟胶沙上。南岸蒙墙寺忽徙置北岸，商、虞多被淹没，河势尽趋东南，而黄堌断流。河南巡抚曾如春以闻，曰：「此河徙，非决也。」问达复言：「萧家口在黄堌上流，未有商舟不能行于萧家口而能行于黄堌以东者，运艘大可虑。」帝从其言，方命东星勘议，而东星卒矣。问达复言：「运道之坏，一因黄堌口之决，不早杜塞；更因幷力泇河，以致赵家圈淤塞断流，河身日高，河水日浅，而萧家口遂决，全河奔溃入淮，势及陵寝。东星已逝，宜急补河臣，早定长策。」大学士沈一贯、给事中桂有根皆趣简河臣。
御史高举献三策。请濬黄堌口以下旧河，引黄水注之东，遂塞黄堌口，而遏其南，俟旧河冲刷深，则幷塞新决之口。其二则请开泇河及胶莱河，而言河漕不宜幷于一人，当选择分任其事。江北巡按御史吴崇礼则请自蒙墙寺西北黄河湾曲之所，开濬直河，引水东流。且濬李吉口至坚城集淤道三十余里，而尽塞黄堌以南决口，使河流尽归正漕。工部尚书一魁酌举崇礼之议，以开直河、塞黄堌口、濬淤道为正策，而以泇河为旁策，胶莱为备策。帝命急挑旧河，塞决口，且兼挑泇河以备用。下山东抚按勘视胶莱河。
三十年春，一魁覆河抚如春疏言：「黄河势趋邳、宿，请筑汴堤自归德至灵、虹，以障南徙。且疏小河口，使黄流尽归之，则弥漫自消，祖陵可无患。」帝嘉纳之。已而言者再疏攻一魁。帝以一魁不塞黄堌口，致冲祖陵，斥为民。复用崇礼议，分设河漕二臣，命如春为工部侍郎，总理河道。如春议开虞城王家口，挽全河东归，须费六十万。
三十一年春，山东巡抚黄克缵言：「王家口为蒙墙上源，上流既达，则下流不可旁泄，宜遂塞蒙墙口。」从之。时蒙墙决口广八十余丈，如春所开新河未及其半，塞而注之，虑不任受。有献策者言：「河流既回，势若雷霆，藉其势冲之，浅者可深也。」如春遂令放水，水皆泥沙，流少缓，旋淤。夏四月，水暴涨，冲鱼、单、丰、沛间，如春以忧卒。乃命李化龙为工部侍郎，代其任。
给事中宋一韩言：「黄河故道已复，陵、运无虞。决口惧难塞，宜深濬坚城以上浅阻，而增筑徐、邳两岸，使下流有所容，则旧河可塞。」给事中孟成己言：「塞旧河急，而濬新河尤急。」化龙甫至，河大决单县苏家庄及曹县缕堤，又决沛县四铺口太行堤，灌昭阳湖，入夏镇，横冲运道。化龙议开泇河，属之邳州直河，以避河险。给事中侯庆远因言：「泇河成，则他工可徐图，第毋纵河入淮。淮利则洪泽水减，而陵自安矣。」
三十二年正月，部覆化龙疏，大略言：「河自归德而下，合运入海，其路有三：由兰阳道考城，至李吉口，过坚城集，入六座楼，出茶城而向徐、邳，是名浊河，为中路；由曹、单经丰、沛，出飞云桥，泛昭阳湖，入龙塘，出秦沟而向徐、邳，是名银河，为北路；由潘家口过司家道口，至何家堤，经符离，道睢宁，入宿迁，由小河口入运，是名符离河，为南路。南路近陵，北路近运，惟中路既远于陵，且可济运，前河臣兴役未竣，而河形尚在。」因奏开泇有六善。帝从其议。
工部尚书姚继可言：「黄河冲徙，河臣议于坚城集以上开渠引河，使下流疏通，复分六座楼、苑家楼二路杀其水势，既可移丰、沛之患，又不至沼砀山之城。开泇分黄，两工幷举，乞速发帑以济。」允之。八月，化龙奏分水河成。事具泇河志中。加化龙太子少保兵部尚书。会化龙丁艰候代，命曹时聘为工部侍郎，总理河道。是秋，河决丰县，由昭阳湖穿李家港口，出镇口，上灌南阳，而单县决口复溃，鱼台、济宁间平地成湖。
三十三年春，化龙言：「丰之失，由巡守不严，单之失，由下埽不早，而皆由苏家庄之决。南直、山东相推诿，请各罚防河守臣。至年来缓堤防而急挑濬，堤坏水溢，不咎守堤之不力，惟委濬河之不深。夫河北岸自曹县以下无入张秋之路，南岸自虞城以下无入淮之路，惟由徐、邳达镇口为运道。故河北决曹、郓、丰、沛间，则由昭阳湖出李家口，而运道溢；南决虞、夏、徐、邳间，则由小河口及白洋河，而运道涸。今泇河既成，起直河至夏镇，与黄河隔绝，山东、直隶间，河不能制运道之命。独朱旺口以上，决单则单沼，决曹则曹鱼，及丰、沛、徐、邳、鱼、砀皆命悬一线堤防，何可缓也。至中州荆隆口、铜瓦厢皆入张秋之路，孙家渡、野鸡冈、蒙墙寺皆入淮之路，一不守，则北坏运，南犯陵，其害甚大。请西自开封，东至徐、邳，无不守之地，上自司道，下至府县，无不守之人，庶几可息河患。」乃敕时聘申饬焉。
其秋，时聘言：「自苏庄一决，全河北注者三年。初泛丰、沛，继沼单、鱼，陈灿之塞不成，南阳之堤尽坏。今且上灌全济，旁侵运道矣。臣亲诣曹、单，上视王家口新筑之坝，下视朱旺口北溃之流，知河之大可忧者三，而机之不可失者二。河决行堤，泛溢平地，昭阳日垫，下流日淤，水出李家口者日渐微缓，势不得不退而上溢。溢于南，则孙家渡、野鸡冈皆入淮故道，毋谓蒙墙已塞，而无忧于陵。溢于北，则芝麻庄、荆隆口皆入张秋故道，毋谓泇役已成，而无忧于运。且南之夏、商，北之曹、濮，其地益卑，其祸益烈，其挽回益不易，毋谓灾止鱼、济，而无忧于民。顾自王家口以达朱旺，新导之河在焉。疏其下流以出小浮桥，则三百里长河畅流，机可乘者一。自徐而下，清黄并行，沙随水刷，此数十年所未有，因而导水归徐，容受有地，机可乘者二。臣与诸臣熟计，河之中路有南北二支：北出浊河，尝再疏再壅；惟南出小浮桥，地形卑下，其势甚顺，度长三万丈有奇，估银八十万两。公储虚耗，乞多方处给。」疏上留中。时聘乃大挑朱旺口。十一月兴工，用夫五十万。三十四年四月，工成，自朱旺达小浮桥延袤百七十里，渠广堤厚，河归故道。
六月，河决萧县郭煖楼人字口，北支至茶城、镇口。三十五年，决单县。三十九年六月，决徐州狼矢沟。四十年九月，决徐州三山，冲缕堤二百八十丈，遥堤百七十余丈，棃林铺以下二十里正河悉为平陆，邳、睢河水耗竭。总河都御史刘士忠开韩家坝外小渠引水，由是坝以东始通舟楫。四十二年，决灵璧陈铺。四十四年五月，复决狼矢沟，由蛤鳗、周柳诸湖入泇河，出直口，复与黄会。六月，决开封陶家店、张家湾，由会城大堤下陈留，入亳州涡河。四十七年九月，决阳武脾沙堽，由封丘、曹、单至考城，复入旧河。时朝政日弛，河臣奏报多不省。四十二年，刘士忠卒，总河阅三年不补。四十六年闰四月，始命工部侍郎王佐督河道。河防日以废坏，当事者不能有为。
天启元年，河决灵璧双沟、黄舖，由永姬湖出白洋、小河口，仍与黄会，故道湮涸。总河侍郎陈道亨役夫筑塞。时淮安霪雨连旬，黄、淮暴涨数尺，而山阳里外河及清河决口汇成巨浸，水灌淮城，民蚁城以居，舟行街巿。久之始塞。三年，决徐州青田大龙口，徐、邳、灵、睢河并淤，吕梁城南隅陷，沙高平地丈许，双沟决口亦满，上下百五十里悉成平陆。四年六月，决徐州魁山堤，东北灌州城，城中水深一丈三尺，一自南门至云龙山西北大安桥入石狗湖，一由旧支河南流至邓二庄，历租沟东南以达小河，出白洋，仍与黄会。徐民苦渰溺，议集赀迁城。给事中陆文献上徐城不可迁六议。而势不得已，遂迁州治于云龙，河事置不讲矣。六年七月，河决淮安，逆入骆马湖，灌邳、宿。
崇祯二年春，河决曹县十四舖口。四月，决睢宁，至七月中，城尽圮。总河侍郎李若星请迁城避之，而开邳州坝泄水入故道，且塞曹家口匙头湾，逼水北注，以减睢宁之患。从之。四年夏，河决原武湖村舖，又决封丘荆隆口，败曹县塔儿湾大行堤。六月黄、淮交涨，海口壅塞，河决建义诸口，下灌兴化、盐城，水深二丈，村落尽漂没。逡巡逾年，始议筑塞。兴工未几，伏秋水发，黄、淮奔注，兴、盐为壑，而海潮复逆冲，坏范公堤。军民及商灶户死者无算，少壮转徙，丐江、仪、通、泰间，盗贼千百啸聚。至六年，盐城民徐瑞等言其状。帝悯之，命议罚河曹官。而是时，总河朱光祚方议开高堰三闸。淮、扬在朝者合疏言：「建义诸口未塞，民田尽沉水底。三闸一开，高、宝诸邑荡为湖海，而漕粮盐课皆害矣。高堰建闸始于万历二十三年，未几全塞。今高堰日坏，方当急议修筑，可轻言开濬乎？」帝是其言，事遂寝。又从御史吴振缨请，修宿、宁上下西北旧堤，以捍归仁。七年二月，建义决口工成，赐督漕尚书杨一鹏、总河尚书刘荣嗣银币。
八年九月，荣嗣得罪。初，荣嗣以骆马湖运道溃淤，创挽河之议，起宿迁至徐州，别凿新河，分黄水注其中，以通漕运。计工二百余里，金钱五十万。而其所凿邳州上下，悉黄河故道，濬尺许，其下皆沙，挑掘成河，经宿沙落，河坎复平，如此者数四。迨引黄水入其中，波流迅急，沙随水下，率淤浅不可以舟。及漕舟将至，而骆马湖之溃决适平，舟人皆不愿由新河。荣嗣自往督之，欲绳以军法。有入者辄苦淤浅，弁卒多怨。巡漕御史倪于义劾其欺罔误工，南京给事中曹景参复重劾之，逮问，坐赃，父子皆瘐死。郎中胡琏分工独多，亦坐死。其后骆马湖复溃，舟行新河，无不思荣嗣功者。
当是时，河患日棘，而帝又重法惩下，李若星以修濬不力罢官，朱光祚以建义苏嘴决口逮系。六年之中，河臣三易。给事中王家彦尝切言之。光祚亦竟瘐死。而继荣嗣者周鼎修泇利运颇有功，在事五年，竟坐漕舟阻浅，用故决河防例，遣戍烟瘴。给事中沈胤培、刑部侍郎惠世扬、总河侍郎张国维各疏请宽之，乃获宥免云。
十五年，流贼围开封久，守臣谋引黄河灌之。贼侦知，预为备。乘水涨，令其党决河灌城，民尽溺死。总河侍郎张国维方奉诏赴京，奏其状。山东巡抚王永吉上言：「黄河决汴城，直走睢阳，东南注鄢陵、鹿邑，必害亳、泗，侵祖陵，而邳、宿运河必涸。」帝令总河侍郎黄希宪急往捍御，希宪以身居济宁不能摄汴，请特设重臣督理。命工部侍郎周堪赓督修汴河。
十六年二月，堪赓上言：「河之决口有二：一为朱家寨，宽二里许，居河下流，水面宽而水势缓；一为马家口，宽一里余，居河上流，水势猛，深不可测。两口相距三十里，至汴堤之外，合为一流，决一大口，直冲汴城以去，而河之故道则涸为平地。怒涛千顷，工力难施，必广濬旧渠，远数十里，分杀水势，然后畚锸可措。顾筑濬并举，需夫三万。河北荒旱，兖西兵火，竭力以供，不满万人，河南万死一生之余，未审能应募否？是不得不借助于抚镇之兵也。」乃敕兵部速议，而令堪赓刻期兴工。至四月，塞朱家寨决口，修堤四百余丈。马家口工未就，忽冲东岸，诸埽尽漂没。堪赓请停东岸而专事西岸。帝令急竣工。
六月，堪赓言：「马家决口百二十丈，两岸皆筑四之一，中间七十余丈，水深流急，难以措手，请俟霜降后兴工。」已而言：「五月伏水大涨，故道沙滩壅涸者刷深数丈，河之大势尽归于东，运道已通，陵园无恙。」疏甫上，决口再溃。帝趣鸠工，未奏绩而明亡。
